Какой тип поступления я должен указывать в "МойНалог", когда мне приходят деньги от "ЮМани"? Мне платят исключительно физлица.
вот Сбербанк со своей автоматикой и отправкой отчетов в налоговую сразу после поступления денег мне на карту, говорит, что раз деньги пришли от ООО, значит считаем что это юр лицо и платим автоматом 6%. 
но это ведь не честно.
Вы же должны пробить чек не когда вам пришли деньги от банка, а когда вам заплатили. Вам заплатило физ.лицо, выбили чек. Заплатило юр.лицо - поставили соответствующую галочку и выбили чек. Все последующие движения ваших денежных средств никого не интересуют.

Автоматические чеки от сбера и прочих это не панацея, а инструмент который используется под конкретные задачи, в некоторых случаях он может не подходить.