Должен ли работник отрабатывать субсидии, полученные работодателем , если общепит ещё закрыт на карантин?
Нет, конечно не должен. 
Во-первых, субсидии  - это подарок тому, кто выплнил определенные условия (сохранил рабочие места).
Во-вторых, их получил работодатель, и, собственно, работники тут совершенно ни при чем.
Единственное, что должен работник - отработать положенное по трудовому договору, причем только в той части, что не противоречит Трудовому Кодесу.