Могу ли я получить налоговый вычет при покупке квартиры/ оплате лечения, если оформлен как самозанятый?
Нет. Не сможете получить  возврат за покупку квартиры с суммы уплаченного налога замозятого. 
Но  если вы работаете еще и
официально,  то нужно получить справку 2 ндфл и вернуть налог с суммы удержанного подоходного налога