Если вычет за две квартиры уже предоставлен, как может налоговая вернуть этот вычет обратно, если собственник уже на пенсии? 
Не очень понятен ваш вопрос. Если человек на пенсии и не работает, то вычет не получить. Он же не платит подоходный налог, значит и суммы к возврату нет.