Яндекс списывает деньги с карты, которая удалена из профиля. 
Возможно вы удалили карту, но не отвязали (не отключили) услугу, привязанную к ней. Просмотрите и отключите в своем профиле Яндекс все активные подписки  - это может быть Яндекс.Плюс, Кинопоиск HD, Музыка, Такси и т.д.
Если Яндекс снимает деньги с обозначением YM - значит списание проходит через сервис ЮMoney. Обратитесь в их поддержку, укажите подробности списаний и запросите отвязку карты.