Почему  цены в магазинах указаны в рублях и копейках, например   39.99,  87.99 и так далее, если  копейки уже давно не выпускаются?
Не выпускаются, не значит не используются. При оплате картой сумма с нее списывается именно до копейки.
99 копеек это обычно маркетинговый ход, но бывают ситуации, когда продавец просто вынужден включать в цену товара копейки. Это связано с правилами начисления цены, принятыми у продавца. У меня к примеру в столовой на работе так. Пирожок может стоить, к примеру, 23.68 - посчитали себестоимость, наценку, разделили на количество, а округлять запрещено... В аптеках ещё такое бывает.