Имеет ли право онлайн агентство брать сервисный сбор 1000 рублей при возврате денежных средств за отмену рейса по инициативе авиакомпании? 
Если это общее правило агентства и оно действовало на момент покупки вами авиабилета, то да. Чаще всего все штрафы и комиссии прописаны в договоре оферты, который размещён на сайте агентства. Покупая билет, вы автоматически соглашаетесь с этими правилами.