Если я прописана в Иркутской области, а работаю в Москве, то куда идут мои налоги?
По общему правилу НДФЛ платится по месту вашей работы. 
А точнее - по месту учета налогового агента, которые как раз и является плательщиком НДФЛ за вас. 
Вы сами НДФЛ не платите, за вас это сразу делает ваш работодатель. 
Поэтому, все налоги, которые идут с места вашей работы идут в ту налоговую инспекцию, в которой зарегистрирован ваш работодатель и соответственно, в тот регион, где он зарегистрирован.