पश्चिमी व्यापार का केंद्र बनने के अलावा, नागासाकी ने आज टोकुगावा शोगनों के क्रूर दमन के २५० साल बाद कैथोलिक चर्च के लिए जापान में एक दृढ़ आधार प्रदान किया।
नागासाकी विदेशी भय का केंद्र बन गया जहां पश्चिमी व्यापार को गैरकानूनी घोषित कर दिया गया था।