ऊपरी बेसिलिका में, जो 24 घंटे की गहन बहाली के बाद वर्ष 2000 में फिर से खोला गया था, एप्स और बायें अनुप्रस्थ में सिमाब्यू का काम काला पड़ गया है और उनके चित्रों में ऑक्सीकृत सफेद सीसा होने के कारण वह फोटो नेगेटिव दिखने लगा है, फिर भी आप अभी भी क्रूस पर चढ़े लोगों की पीड़ा की तीव्रता को महसूस कर सकते हैं, जो कि भूकंप की विनाशकारी शक्ति से अछूता है।
व्यापक क्षति के कारण ऊपरी बैसिलिका को कभी भी खोला नहीं गया था।