कुछ प्रदूषकों के लिए प्रासंगिक जटिल वायुमंडलीय रसायन विज्ञान को पहचानने के अलावा, वायु गुणवत्ता मॉडलरों को परिवर्तनीय मौसम विज्ञान और उत्सर्जन के स्थानिक और अस्थायी वितरण से जुड़ी अनिश्चितताओं से भी निपटना होगा।
वायु गुणवत्ता मॉडलरों को वायुमंडलीय रसायन विज्ञान की व्याख्या करने की आवश्यकता नहीं है।