पश्चिमी व्यापार का केंद्र बनने के अलावा, नागासाकी ने आज टोकुगावा शोगनों के क्रूर दमन के २५० साल बाद कैथोलिक चर्च के लिए जापान में एक दृढ़ आधार प्रदान किया।
नागासाकी के अधिकांश स्थानीय निवासी कैथोलिक धर्म में परिवर्तित हो गए।