कोफुकुजी की कई कलाकृतियां और कलाकृतियां इसके नवीनतम भवन, राष्ट्रीय खजाने के संग्रहालय में रखी हुई हैं, जो कोफुकुजी के विशाल सांस्कृतिक और ऐतिहासिक महत्व के सम्मान में 1958 में बनाया गया था।
राष्ट्रीय खजाने का संग्रहालय जला दिया गया था लेकिन अधिकांश कलाकृतियों और कलाकृतियों को बचाया गया था।