मिनामोटो की मृत्यु 1199 में हुई और सामंती ढांचा उसकी विधवा के परिवार होजो के संरक्षण में चला गया, जो एक मुखिया शोगून के साथ रीजेंट के रूप में खेलने में संतुष्ट थे, ठीक उसी तरह जैसे फुजीवारा ने सम्राट के साथ किया था।
मिनामोटो की मृत्यु 1199 में एक बीमारी के शिकार होने के बाद हुई।