ईसाई धर्म में अपने केंद्रीय अधिकार के लिए एक ख़तरा देखते हुए, हिदेयोशी ने व्यवस्थित रूप से ईसाई गतिविधि को दबा दिया-१५९७ में-नागासाकी में छः मिशनरियों और २० जापानी धर्मान्तरित लोगों को क्रूस पर चढ़ाया गया।
हिदेयोशी ने मसीहियत को अपने अधिकार को बनाए रखने के लिए एक समस्या समझा, और इस प्रकार उन्हें मृत्युदंड के साथ दबा दिया।