फेमा को विशेष मिशन से संबंधित चुनौतियों का भी सामना करना पड़ता है, जिसमें आपदा सहायता अनुरोधों के लिए समय पर प्रतिक्रिया प्रदान करना, लागत-प्रभावी शमन प्रयासों के माध्यम से भविष्य की आपदाओं से नुकसान और नुकसान को रोकना या कम करना और अन्य संघीय, राज्य और स्थानीय कार्यक्रमों के साथ प्रभावी रूप से काम करना शामिल है।
फेमा के पास मिशन से संबंधित चुनौतियां हैं जो अद्वितीय हैं।