फ्रांसिस की मृत्यु और उसके संत बनने के दो साल बाद 1228 में निचला बेसिलिका शुरू किया गया था और 14 वीं शताब्दी में भित्ति चित्रों को चित्रित किया गया था, लेकिन अब एक पुनर्जागरण पोर्च गोथिक पक्ष के प्रवेश द्वार से पहले आता है।
फ्रांसिस ने लोअर बैसिलिका बनाने के लिए जोर दिया।