हालांकि ज़ेन 12वीं सदी से जापान में मौजूद था, लेकिन इसका उत्थान कामाकुरा शासन के तहत शुरू हुआ, जिसने रहस्यवादी चीनी दर्शन को जापानी संवेदनशीलता, प्रभाववाद और रूप और अनुष्ठान के प्यार के लिए सराहनीय रूप से उपयुक्त पाया।
यद्यपि ज़ेन जापान में मौजूद था, लेकिन कामाकुरा शासन तक यह देश का मुख्य धर्म नहीं बना था।