अपने कार्य के पूरा होने से पहले 1588 में मॉर्गन की मृत्यु हो गई, लेकिन 1692 में जमैका में आए एक शक्तिशाली भूकंप ने प्रकृति को समाप्त कर दिया, और पोर्ट रॉयल समुद्र में डूब गया, इसके साथ स्पेनिश से चुराए गए कई खजाने।
अपना काम पूरा करने से पहले ही उसकी मौत हो गई।