ऐनू, एक जातीय रूप से अलग समुदाय है जिसे मानवविज्ञानियों द्वारा द्वीप के मूल अधिवासियों के रूप में माना जाता है और अब लगभग विशेष रूप से होक्काइडो में समूह बनाया गया है, जो अमेरिका में मूल अमेरिकियों के समान एक आंदोलन में नागरिक अधिकारों के लिए अभियान चलाता है।
जापान के मूल निवासियों के पास कोई आधुनिक वंश नहीं है।