अगली तीन शताब्दियों तक नेपाल के तीन शहर-राज्य थे-घाटी में कान्तिपुर (अब काठमांडू के रूप में जाना जाता है), ललितपुर (अब पाटन के रूप में जाना जाता है), और भक्तपुर (कभी-कभी भदगांव भी कहा जाता है), उनके आंतरिक क्षेत्रों के साथ।
अठारहवीं शताब्दी में नेपाल ने अंततः एक आंतरिक संघर्ष के कारण उन नगर-राज्यों को खो दिया।