इस्तेमाल की जाने वाली विशिष्ट जोखिम विश्लेषण पद्धति एजेंसियों के मिशनों में अंतर और गुणवत्ता और मात्रात्मक रूप से जोखिम स्तर निर्धारित करने में कठिनाई के कारण एजेंसी के अनुसार भिन्न हो सकती है।
प्रत्येक एजेंसी के लिए इस्तेमाल की जाने वाली जोखिम विश्लेषण विधि अलग-अलग होती है।