कुछ प्रदूषकों के लिए प्रासंगिक जटिल वायुमंडलीय रसायन विज्ञान को पहचानने के अलावा, वायु गुणवत्ता मॉडलरों को परिवर्तनीय मौसम विज्ञान और उत्सर्जन के स्थानिक और अस्थायी वितरण से जुड़ी अनिश्चितताओं से भी निपटना होगा।
यह महत्वपूर्ण है कि वायु गुणवत्ता मॉडलर विभिन्न परिवर्तनीय कारकों तक पहुंचने में सक्षम हैं।