हालांकि ज़ेन 12वीं सदी से जापान में मौजूद था, लेकिन इसका उत्थान कामाकुरा शासन के तहत शुरू हुआ, जिसने रहस्यवादी चीनी दर्शन को जापानी संवेदनशीलता, प्रभाववाद और रूप और अनुष्ठान के प्यार के लिए सराहनीय रूप से उपयुक्त पाया।
हालाँकि ज़ेन शुरू-शुरू में जापान में मौजूद था, फिर भी बौद्धों ने जल्द ही उसका नामो-निशान मिटा दिया।