नाइकू (आंतरिक मंदिर) दो मंदिरों में से अधिक महत्वपूर्ण है, क्योंकि यह सूर्य देवी और शिंटो के सर्वोच्च देवता अमाटेसू को समर्पित है।
मंदिरों के संबंध में नाइकू का कोई महत्व नहीं है और वह किसी देवता को समर्पित नहीं है।