सैंटोरिनी लगभग 1500 ई. पू. तक साइक्लोड्स के कई अन्य द्वीपों की तरह दिखता था, जब इसके ज्वालामुखी का एक विशाल विस्फोट द्वीप के पूरे आंतरिक हिस्से को वायुमंडल में ले गया, जिसके बाद वर्षों तक पृथ्वी की जलवायु बदल गई।
सैंटोरिनी हमेशा अन्य सभी द्वीपों की तरह दिखता है, पहाड़ एक ज्वालामुखी है लेकिन यह सक्रिय नहीं है।