सोलहवीं सदी के स्पेन के नक़्शे निर्माताओं ने गलती से नामों को भ्रमित कर दिया, जिससे अंत में बंदरगाह सैन जुआन बन गया और पूरे द्वीप को नक्शों पर एक बार समृद्ध बंदरगाह-विन्यासक कहा गया, नाम अटक गए।
इस द्वीप का नाम पहले प्यूर्टो रिको रखा गया था, लेकिन 1963 में इसका नाम बदलकर सैन जुआन कर दिया गया।