तीसरी समस्या थी साइट भिन्नता की समस्या, जिसकी पहचान 1970 के दशक के मध्य में मात्रात्मक अध्ययनों में स्वयं कार्यक्रम की तुलना में कार्यक्रम के परिणामों में अधिक अंतर के एक समझ में नहीं आने वाले स्रोत के रूप में की गई थी।
मात्रात्मक अध्ययनों ने साइट भिन्नता को चिंताजनक नहीं पाया है।