1506 से 1626 तक, यह समान लंबाई के चार भुजाओं के साथ एक ग्रीक क्रोस की सरल ग्राउंड प्लान से बदल गया, जैसा कि ब्रामंटे और उनके कट्टर-दुश्मन माइकल एंजेलो द्वारा पसंद किया गया था, मदेर्नो के लैटिन क्रोस के अंतिम रूप में एक लंबे नेव द्वारा विस्तारित किया गया, जैसा कि काउंटर-रिफॉर्मेशन के पोप द्वारा मांग की गई थी।
रिफॉर्मेशन के पोप ने मांग की कि इस डिजाइन को बदला जाए।