కానీ ఆమె రెండవ పదవీ కాలం ప్రాంతీయ అశాంతి సమస్యలతో నిండిపోయింది, ముఖ్యంగా ఈశాన్య ప్రాంతమైన అస్సాంలో, ఇక్కడ స్థానిక ఊచకోతలు 3,000 మంది మరణించారు, పంజాబ్లో సిక్కు మిలిటెంట్లు అధిక స్వయంప్రతిపత్తి, స్వాతంత్ర్యం కోసం హింసాత్మక ప్రదర్శనలు నిర్వహించారు.
ఆమె రెండవ పదవీకాలం ఊచకోతల నుండి హింసాత్మక ప్రదర్శనలు వరకు అనేక సమస్యలతో బాధపడింది.