స్పెయిన్లో పదహారవ శతాబ్దపు మ్యాప్మేకర్లు తప్పుగా పేర్లను గందరగోళానికి గురిచేశారు, అందువల్ల చివరికి ఓడరేవు శాన్ జువాన్ అయింది.
ఈ ద్వీపానికి మొదట ప్యూర్టో రికో అని పేరు పెట్టారు, కానీ 1963లో దీనికి శాన్ జువాన్ అని పేరు పెట్టారు.