తొమ్మిది సంవత్సరాల క్రితం మారిన డైమియో ఒమురా 1571లో పోర్చుగీసు వాణిజ్యానికి కేంద్రంగా నాగసాకి ఓడరేవును స్థాపించాడు.
నాగసాకి నౌకాశ్రయం 1500 వ శతాబ్దంలో అత్యంత ప్రాచుర్యం పొందిన వాణిజ్య కేంద్రంగా నిర్ణయించబడింది.