ప్రొటెస్టంట్ నాయకులు స్కాటిష్ పార్లమెంటు మీద నియంత్రణ సాధించి పోప్ అధికారాన్ని నిర్మూలించిన కారణంగా, 1561లో 18 సంవత్సరాల మేరీ సంస్కరణల పట్టులో స్కాట్లాండ్కు తిరిగి వచ్చింది.
మేరీ స్కాట్లాండ్కు తిరిగి వచ్చినప్పుడు, ఆమె కౌమారదశలోనే ఉంది.