എന്നിരുന്നാലും, 1009-ൽ മതഭ്രാന്തനായ ഖലീഫ (അറബ് ഭരണാധികാരി) ഹക്കീം പള്ളികൾ നശിപ്പിക്കുകയും 1071-ൽ സെൽജുക് തുർക്കികൾ ജറുസലേം പിടിച്ചെടുക്കുകയും ക്രിസ്തീയ തീർത്ഥാടകരെ ആക്രമിക്കാൻ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തു.
ഖലീഫ ഹക്കീം തന്റെ മതപരമായ ആചാരങ്ങൾക്കായി ഈ സ്ഥലം ഉപയോഗിക്കാൻ ആഗ്രഹിച്ചതിനാലാണ് പള്ളികൾ തകർത്തത്.