മിഷനറിമാരെ വേട്ടയാടുകയും നാടുകടത്തുകയും ചെയ്തശേഷവും, നാഗാസാക്കിയുടെ കത്തോലിക്കന്മാർ ടോക്കുഗാവ ഷോഗുനേറ്റിന്റെ വർഷങ്ങളിലുടനീളം രഹസ്യമായി ആചരിക്കുന്നതിൽ വിജയിച്ചു.
ജപ്പാനിൽ മതപരമായ പ്രത്യയശാസ്ത്രത്തെച്ചൊല്ലി വളരെയധികം പോരാട്ടങ്ങൾ നടന്നിരുന്നു.