സാൻ ഫ്രാൻസിസ്കോ ബസിലിക്ക യഥാർത്ഥത്തിൽ രണ്ട് പള്ളികളാണ്, ഒന്നിന് മുകളിൽ ഒന്നായി, കല്ലറയിലെ വിശുദ്ധന്റെ ലളിതമായ ശവകുടീരത്തിന്റെ മുകളിൽ നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്.
വിശുദ്ധന്റെ ശവകുടീരത്തിന്റെ മുകളിൽ ഒരു പള്ളി പണികഴിപ്പിച്ചിരുന്നു.