1561-ൽ പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് നേതാക്കൾ സ്കോട്ടിഷ് പാർലമെന്റിന്റെ നിയന്ത്രണം ഏറ്റെടുക്കുകയും മാർപ്പാപ്പയുടെ അധികാരം ഇല്ലാതാക്കുകയും ചെയ്തതിനാൽ മേരി സ്കോട്ട്ലൻഡിലേക്ക് മടങ്ങി.
കത്തോലിക്കാ നേതാക്കൾ ഉറച്ചുനിൽക്കുകയും സ്കോട്ടിഷ് പാർലമെൻറിൻറെ നിയന്ത്രണം കാത്തുസൂക്ഷിക്കുകയും ചെയ്തു.