എന്നാൽ അവരുടെ രണ്ടാമത്തെ ഭരണകാലം പ്രാദേശിക അരക്ഷിതാവസ്ഥയുടെ പ്രശ്നങ്ങളാൽ വലഞ്ഞിരുന്നു, പ്രത്യേകിച്ച് രാജ്യത്തിന്റെ വടക്കുകിഴക്കൻ മേഖലയിലെ അസമിലും, പ്രാദേശിക കൂട്ടക്കൊലകളിൽ 3,000 പേർ കൊല്ലപ്പെടുകയും പഞ്ചാബിലും, സിഖ് തീവ്രവാദികൾ കൂടുതൽ സ്വയംഭരണാധികാരത്തിനും സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനുമായി അക്രമാസക്തമായ പ്രകടനങ്ങൾ നടത്തുകയും ചെയ്തു.
അവരുടെ രണ്ടാമത്തെ ഭരണകാലത്ത് കൂട്ടക്കൊലകൾ മുതൽ അക്രമാസക്തമായ പ്രകടനങ്ങൾ വരെയുള്ള പ്രശ്നങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നു.