മറ്റു പള്ളികളോടുള്ള നയത്തിൽ മാത്രമല്ല ജോൺ പോൾ രണ്ടാമൻ പരിഷ്കരണം പ്രസംഗിക്കുന്നതിലും പ്രതികരിക്കുന്നതിലും കുറ്റം ആരോപിക്കപ്പെടുന്നത്.
ജോൺ പോൾ രണ്ടാമൻ താൻ പഠിപ്പിക്കുന്ന കാര്യങ്ങൾ പ്രാവർത്തികമാക്കുന്നില്ലെന്ന് ആരോപിക്കപ്പെടുന്നു.