12-ാം നൂറ്റാണ്ട് മുതൽ സെൻ ജപ്പാനിൽ ഉണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും, അതിന്റെ ഉയർച്ച കാമാകുറ ഭരണകാലത്താണ് ആരംഭിച്ചത്, അത് നിഗൂഢ ചൈനീസ് തത്ത്വചിന്തയെ ജാപ്പനീസ് സംവേദനക്ഷമത, പ്രഭാവവാദം, രൂപത്തോടും ആചാരത്തോടുമുള്ള സ്നേഹം എന്നിവയ്ക്ക് അനുയോജ്യമായി കണ്ടെത്തി.
സെൻ ജപ്പാനിൽ ഉണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും കാമകുറ ഭരണകാലം വരെ അത് രാജ്യത്തിന്റെ പ്രധാന മതമായിത്തീർന്നില്ല.