എന്നിരുന്നാലും, 1009-ൽ മതഭ്രാന്തനായ ഖലീഫ (അറബ് ഭരണാധികാരി) ഹക്കീം പള്ളികൾ നശിപ്പിക്കുകയും 1071-ൽ സെൽജുക് തുർക്കികൾ ജറുസലേം പിടിച്ചെടുക്കുകയും ക്രിസ്തീയ തീർത്ഥാടകരെ ആക്രമിക്കാൻ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തു.
1000 മുതൽ ക്രിസ്ത്യാനികൾക്ക് യെരൂശലേമിൽ യാതൊരു ശല്യവുമില്ലാതെയായിരുന്നു താമസം.