ملف تصغير يسار ستخدم مجال قوة لتقليل طاقة امتداد رابطة جزيء الميثان هذا ستخد الميكانيكا الجزيئية الميكانيكا الكلاسيكية لنمذجة الأنظمة البيولوجية فترض أن تقريب بورن أوبنهايمر صحيح وأن الطاقة الكامنة لجميع الأنظمة حسب كدالة للإحداثيات النووية باستخدام مجالات القوة يمكن أن ستخدم الميكانيكا الجزيئية لدراسة الأنظمة الجزيئية المتنوعة في الحجم والتعقيد من الأنظمة البيولوجية الصغيرة إلى الكبيرة وكذلك تجميعات الجزيئات ذات آلاف الملايين من الذرات جميع طرق الميكانيكا الجزيئية الذرية لها نفس الخصائص تحاك كل ذرة على أنها جسيم واحد عي لكل جسيم نصف قطر عادة نصف قطر فان دير فالس قابلية استقطاب وشحنة صافية ثابتة عادة ما ست من حسابات كمومية أو تجارب عام تآثرات الارتباط كنوابض ذات بعد توازن مساو لطول الرابطة التجريبي أو المحسوب متغيرات عن هذا الأساس في المحاكاة ممكنة فعلى سبيل المثال استخدمت العديد من المحاكيات تاريخيا تمثيلا ذريا موحدا عتبر فيه كل مجموعة ميثيل طرفية أو جسر ميثيلين متوسط جسيما واحدا وعادة ما تحاكى أنظمة البروتينات الكبيرة باستخدام نموذج خزرة لتعيين جسمين إلى أربع أجسام لكل حمض أميني مراجع تصنيف فيزياء جزيئية تصنيف قوى بين الجزيئات تصنيف كيمياء حسابية تصنيف نمذجة جزيئية