Зображення патогена, що викликає ГРВІ, отримане за допомогою електронного мікроскопа
Патоген (від греч. παθογένεια - греч. πάθος - "Страждання" і греч. γἰγνομαι - "Породжує" [1]) - будь мікроорганізм (включаючи гриби, віруси, бактерії, і проч.), а також особливий білок - пріон, здатний викликати патологічний стан ( хвороба) іншої живої істоти. У більш загальному випадку під патогеном розуміють будь-який чинник зовнішнього середовища, здатний викликати пошкодження будь-яких систем організму або розвиток будь-яких захворювань [2]. Патогенними мікроорганізмами називаються паразитуючі мікроорганізми (особливо бактерії у тварин, гриби у рослин) по відношенню до їх господареві.
Негативний вплив патогенів на організм може здійснюватися різними механізмами, що викликають інтоксикацію, руйнування тканин, порушення регуляторних механізмів або іншими шляхами. Негативний вплив інфекційних патогенних мікроорганізмів зазвичай пов'язане з їх розмноженням в організмі і впливом продуктів їх життєдіяльності на господаря. Інфекційні патогени, як правило, мають здатність мігрувати між різними хозяеваемі (переміщаючись різними шляхами передачі), викликаючи інфекційне захворювання в популяції хазяїв.
Для більшості інфекційних захворювань патоген є специфічним збудником - тобто дане захворювання може викликати виключно даний патоген, наявність даного патогена в організмі означає наявність цього захворювання, а при відсутності патогена в організмі дане захворювання виникнути не може.