@follows(mkdir("fasta.dir"))
@transform(SEQUENCEFILES, SEQUENCEFILES_REGEX, r"fasta.dir/\1.fa")
def preprocessReads(infile, outfile):
    '''
    create merged fasta file for use with metaphlan 
    '''
    # check for second read in the pair
    if infile.endswith(".fastq.gz"):
        E.info("converting fastq file to fasta file")
        outf = open(outfile, "w")
        for fastq in Fastq.iterate(IOTools.openFile(infile)):
            outf.write("%s\n%s\n" % (">" + fastq.identifier, fastq.seq))
        outf.close()
    elif infile.endswith(".1.gz"):
        read2 = P.snip(infile, ".1.gz") + ".2.gz"
        assert os.path.exists(read2), "file does not exist %s" % read2

        log = infile.replace("fastq.", "")
        statement = '''python %(scriptsdir)s/fastqs2fasta.py 
                   -a %(infile)s 
                   -b %(read2)s 
                   --log=%(log)s.log 
                   > %(outfile)s'''
        P.run()

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# Estimate taxonomic relative abundances using metaphlan
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dataset/ETHPy150Open CGATOxford/cgat/obsolete/pipeline_metagenomecommunities.py/preprocessReads/original