উত্তর ভিয়েতনামে হামলার পাশাপাশি গহীন জঙ্গলে এন.এল.এফের আস্তানাগুলো ছিল অপারেশন রোলিং থান্ডারের প্রধান লক্ষ্যবস্তু।
উত্তর ভিয়েতনামে হামলা ছাড়াও, গভীর বনে এনএলএফ এর বাড়িগুলি অপারেশন রোলিং থান্ডারের মূল লক্ষ্য ছিল।