তাদের অতীত কর্মকান্ড এবং মিশরের বর্তমান পরিস্থিতিতে কি করণীয় - এসব নিয়ে ব্রাদারহুডের নানা গোষ্ঠীর মধ্যে মতপার্থক্য আছে।
তাদের অতীত কর্মকাণ্ড এবং মিশরের বর্তমান পরিস্থিতিতে কী করতে হবে, সেই বিষয়ে ভ্রাতৃসংঘের বিভিন্ন দলের মধ্যে মতপার্থক্য রয়েছে।