২০০৯-১০ মৌসুম মুলার শেষ করেন ১৯ গোল ও ১৬ অ্যাসিস্ট নিয়ে, সাথে বায়ার্ন মিউনিখ জিতে নেয় বুন্দেসলিগা ও ডিএফবি-পোকাল, তিনিই ছিলেন বায়ার্নের হয়ে সর্বোচ্চ গোলদাতা।
২০০৯-১০ মৌসুমে তিনি ১৯টি গোল করেন এবং ১৬টি গোলে সহায়তা করেন, যেখানে বায়ার্ন মিউনিখ বুন্দেসলিগা এবং ডিএফবি-পোকাল জয়লাভ করে, যা বায়ার্নের সর্বোচ্চ গোলদাতা।