কিন্তু স্নায়ুযুদ্ধের শেষ পর্যায় থেকেই ইরানের সঙ্গে সুদানের সুসম্পর্ক ও বিভিন্ন মিলিট্যান্ট গ্রুপের প্রতি সুদানি সমর্থনের কারণে পশ্চিমা বিশ্বের সঙ্গে সুদানের সম্পর্ক খারাপ হতে শুরু করে।
কিন্তু ঠান্ডা যুদ্ধ শেষ হওয়ার পর থেকে, ইরানের সাথে সুদানের ভালো সম্পর্ক আর বিভিন্ন জঙ্গী দলের প্রতি সুদানের সমর্থনের কারনে পশ্চিমের সাথে সুদানের সম্পর্ক খারাপ হতে থাকে।