يتناول الفصل الحادي عشر الادلة من العميقة, بدءا من ملاحظة ان الاختلافات في النباتات والحيوانات من مناطق منفصلة لا يمكن شرحها بال الاختلافات البيئية وحدها ؛ امريكا الجنوبية وافريقيا واستراليا لديها مناطق ذاتناخي مماثلة في خطوط العرض نفسها, ولكن تلك المناطق لديها نباتات وحيوانات مختلفة جدا. الانواع الموجودة في منطقة واحدة من القارة اكثر الحلفاء مع الانواع الموجودة في مناطق اخرى من القارة نفسها اكثر من الانواع الموجودة في القارات الاخرى. واشار داروين الى ان الحواجز التي امام الهجرة تلعب دورا هاما في الاختلافات بين انواع المناطق المختلفة. ان حياة البحر الساحلي للمحيط الاطلسي والمحيط الهادئ في امريكا الوسطى لم يكن لديها تقريبا اي نوع مشترك على الرغم من ان البرزخ بنما كان على بعد بضعة اميال فقط.  كان تفسيره مزيجا من الهجرة وال النسب مع التعديل. وقال: على هذا مبدا الميراث مع التعديل, يمكننا ان نفهم كيف هو ان اقسام من اجناس, وال اجناس باكملها, وحتى العائلات تقتصر على نفس المناطق, كما هو الحال عادة و المعروف. شرح داروين كيف تشكل جزيرة البراكين على بعد بضع مئات من الاميال من القارة من قبل بضعة انواع من تلك القارة. هذه الانواع ستصبح معدلة بمرور الوقت, ولكن لا يزال لها صلة بال الانواع الموجودة في القارة, وقال داروين ان هذا كان نمط شائع. وناقش داروين الطرق التي يمكن ان تنتشر فيها الانواع عبر المحيطات لاس تعمار الجزر, والعديد منها قام بالتحقيق في التجارب.
لماذا لا يمكن تفسير الاختلافات في النباتات والحيوانات من خلال الاختلافات في المناطق وحدها?
امريكا الجنوبية وافريقيا واستراليا لديها مناطق ذاتناخي مماثلة في خطوط العرض نفسها, ولكن تلك المناطق لديها نباتات وحيوانات مختلفة جدا