ابتداء من 1940 s وتواصل في 1970 s, حقق المكتب في قضايا التجسس ضد الولايات المتحدة وحلفاؤها. وقد تم اعتقال ثمانية عملاء النازي الذين خططوا لعمليات التخريب ضد اهداف امريكية, وتم تنفيذ ستة عملاء (من جانب واحد) تحت الحكم عليهم. وخلال هذا الوقت ايضا, كان هناك جهد مشترك بين الولايات المتحدة والمملكة المتحدة (مشروع venona) والذي شارك معه مكتب التحقيقات الفيدرالي بشكل كبير في كسر رموز الاتصالات الدبلوماسية والاتصالات في روسيا, مما يسمح لحكومات الولايات المتحدة والمملكة المتحدة قراءة الاتصالات السوفياتية. واكد هذا الجهد وجود الامريكيين الذين يعملون في الولايات المتحدة من اجل الاستخبارات السوفياتية. هوفر كان يدير هذا المشروع ولكنه فشل في ابلاغ وكالة المخابرات المركزية (وكالة المخابرات المركزية) حتى عام 1952. قضية اخرى ملحوظة هي اعتقال تجسس سوفييتية رودولف هابيل في عام 1957. اكتشاف جاسوس سوفييتية يعمل في الولايات المتحدة سمح هوفر بالمتابعة هوسه منذ فترة طويلة بالتهديد الذي يراه من اليسار الامريكي, والذي تتراوح بين الحزب الشيوعي في الولايات المتحدة الامريكية (cpusa) الى الليبراليين الامريكيين.
متى بدا مكتب التحقيقات الفدرالي بالتحقيق في التجسس?
1940 s