ولكن القطن bt غير فعال ضد العديد من الافات القطنية, ومع ذلك, مثل الحشرات النباتية, والحشرات الكريهة, و المن ؛ وذلك اعتمادا على الظروف التي قد لا يزال من المرغوب فيها استخدام مبيدات الحشرات ضد هذه. وفي عام 2006, وجدت دراسة قام بها الباحثون في كورنيل, ومركز السياسة الزراعية الصينية, والاكاديمية الصينية للعلوم بشان زراعة القطن في الصين, ان هذه الافات الثانوية التي تسيطر عليها عادة المبيدات قد زادت بعد سبع سنوات, مما اقتضى استخدام المبيدات. على مستويات مماثلة ل القطن غير bt وتسبب ارباح اقل للمزارعين بسبب النفقات الاضافية للبذور الالية العالمية. ومع ذلك, دراسة في عام 2009 من قبل الاكاديمية الصينية للعلوم, جامعة ستانفورد و جامعة روتجرز دحضت ذلك. وخلص الى ان قطن الالية العالمية يتحكم بشكل فعال في القطن. وغالبا ما كانت الافات الثانوية (الحشرات النباتية) التي كانت زيادةها مرتبطة بدرجة الحرارة المحلية ومطر الامطار, ولم تستمر الا في زيادة نصف القرى التي تدرس. وعلاوة على ذلك, فان زيادة استخدام مبيدات الحشرات لمكافحة هذه الحشرات الثانوية كانت اقل بكثير من التخفيض في الاستخدام الكلي بمبيدات الحشرات بسبب اعتماد القطن. وقد خلصت دراسة صينية في عام 2012 الى ان القطن bt النصف من استخدام المبيدات وضاعف مستوى, وال lacewings وال العناكب. وقالت الخدمة الدولية لشراء تطبيقات التكنولوجيا الحيوية (isaaa) انه في جميع انحاء العالم, تم زرع القطن في جميع انحاء العالم على مساحة 25 مليون هكتار في عام 2011., وهذا هو  69 % من اجمالي المساحة في جميع انحاء العالم زرعت في القطن.
على ماذا خلصت دراسة في عام 2009 الى ان زيادة الحشرات كانت تعتمد?
درجة الحرارة والمطر