وقال المعارضين جيفرسون ان موقفه هو الدمار والرفض الحكومي للمسيحية, ولكن هذا كان كاريكاتير. في انشاء جامعة فرجينيا, شجع جيفرسون جميع الطوائف المنفصلة على ان يكون لديهم الدعاة من نفسها, على الرغم من ان هناك حظر دستوري على الدولة التي تدعم استاذ من ا الالو, والتي ناشئة عن النظام الاساسي في فرجينيا للحرية الدينية. وقد اكد البعض ان هذا الترتيب كان متوافق تماما مع اراء جيفرسون بشان الفصل بين الكنيسة والدولة ؛ ومع ذلك, يشير البعض الاخر الى دعم جيفرسون لنظام يقوم فيه الطلاب في الجامعة بحضور العبادة الدينية كل صباح كدليل على ان اراءه كانت. لا يتماشى مع الفصل الدقيق. لا يزال علماء اخرين, مثل مارك ديفيد هول, يحاولون تجنب المسالة باكملها من خلال الجدال بان الاجتهاد القانوني الامريكي يركز بشكل ضيق جدا على هذه رسالة جيفرسون واحدة في حين فشل في حساب التاريخ الاخر ذات الصلة
ما هو المخطط الذي دعمه جيفرسون على ما يبدو عندما يتعلق الامر لطلاب الجامعات?
بحضور العبادة الدينية كل صباح