Pero bt cotton es ineficaz contra muchas plagas de algodón, sin embargo, como los bugs de plantas, los insectos hedor y los pulgones; dependiendo de las circunstancias todavía puede ser deseable utilizar insecticidas contra estos. Un estudio de 2006 realizado por los investigadores de cornell, el centro de la política agrícola china y la academia china de ciencia sobre la agricultura de algodón bt en china encontró que después de siete años estas plagas secundarias que normalmente fueron controladas por plaguicidas habían aumentado, lo que requiere el uso de pesticidas en niveles similares a algodón no bt y causando menos beneficios para los agricultores debido a los gastos adicionales de las semillas de GM. Sin embargo, un estudio de 2009 de la academia china de ciencias, la universidad de stanford y la universidad de rutgers refutado esto. Concluyeron que el algodón gm controlaba de forma efectiva gusano. Las plagas secundarias eran en su mayoría miridae (bugs de plantas) cuyo aumento estaba relacionado con la temperatura local y las lluvias y sólo continuó aumentando en la mitad de los pueblos estudiados. Por otra parte, el aumento del uso de insecticida para el control de estos insectos secundarios era mucho más pequeño que la reducción del uso total de insecticida debido a la adopción de algodón bt. Un estudio chino de 2012 concluyó que bt cotton mitad el uso de pesticidas y duplicó el nivel de ladybirds, lacewings y arañas. el servicio internacional para la adquisición de aplicaciones agri-Biotecnología (agrobiotecnología) dijo que, en todo el mundo, el algodón gm fue plantado en un área de 25 millones de hectáreas en 2011. Esto fue  69 % de la zona total mundial plantado en algodón.
En qué concluyó un estudio de 2009 que el aumento de los insectos eran dependientes?
temperatura y lluvias