Esta situación prevaleció hasta 1639, cuando la mayor parte de alsacia fue conquistada por Francia a fin de mantener fuera de las manos de los habsburgo españoles, que querían un camino claro a sus posesiones valiosas y rebeldes en los países bajos españoles. Acosado por los enemigos y tratando de ganar una mano libre en Hungría, los habsburgo vendieron su territorio sundgau (principalmente en alsacia superior) a Francia en 1646, que lo había ocupado, por la suma de 1.2 millones de táleros. Cuando se concluyeron las hostilidades en 1648 con el tratado de westfalia, la mayor parte de alsacia fue reconocida como parte de Francia, aunque algunas ciudades permanecieron independientes. las estipulaciones del tratado sobre alsacia eran complejas; aunque el rey francés ganó la soberanía, los derechos existentes y las costumbres de los habitantes fueron preservados en gran medida. Francia continuó manteniendo su frontera aduanera a lo largo de las montañas de los vosges donde había estado, dejando a alsacia más orientada económicamente a las tierras vecinas de habla alemana. el idioma alemán permaneció en uso en la administración local, en las escuelas, y en la Universidad (Luterana) de estrasburgo, que continuó sorteo a los estudiantes de otras tierras de habla alemana. El Edicto de fontainebleau de 1685, por el cual el rey francés ordenó la represión del protestantismo francés, no se aplicó en alsacia. Francia se esforzará por promover el catolicismo; la catedral de estrasburgo, por ejemplo, que había sido luterana de 1524 a 1681, fue devuelta a la Iglesia Católica. Sin embargo, en comparación con el resto de Francia, alsacia disfrutó de un clima de tolerancia religiosa.
En 1685 el edicto fontainebleau por medio del rey francés ordenó qué hacer?
la represión del protestantismo francés