उनका जवाब यह था कि कई मामलों में जानवर मध्यवर्ती संरचनाओं के साथ मौजूद हैं जो कार्यात्मक हैं । उन्होंने उड़ान भरी गिलहरी प्रस्तुत की, और उड़ते हुए लीमर के उदाहरण के रूप में उड़ते हुए कि कैसे चमगादड़ गैर-उड़ने वाले पूर्वजों से विकसित हो सकते थे । उन्होंने अकशेरुकी में पाया गया विभिन्न सरल आँखों पर चर्चा की, जो वर्णक के साथ लेपित ऑप्टिक तंत्रिका से अधिक कुछ नहीं है, इसके उदाहरण के रूप में हड्डीवाला आँख विकसित हो सकती थी । डार्विन का निष्कर्ष है: यदि यह प्रदर्शित किया जा सकता है कि  कोई जटिल अंग अस्तित्व में है, जो संभवतः कई, लगातार, मामूली संशोधन द्वारा बनाया नहीं जा सकता था, मेरा सिद्धांत बिल्कुल टूट जाएगा. लेकिन मैं इस तरह का कोई मामला पता नहीं कर सकता.
डार्विन ने आँखों का क्या उदाहरण दिया?
सरल आँखों को अकशेरुकी में पाया, जो वर्णक के साथ लेपित ऑप्टिक तंत्रिका से अधिक कुछ नहीं के साथ शुरू किया