संक्रामक रोग के निदान में एक और प्रमुख उपकरण सूक्ष्मदर्शी है । लगभग सभी संस्कृति तकनीकों के ऊपर, कुछ बिंदु पर, संक्रामक एजेंट की निश्चित पहचान के लिए सूक्ष्म परीक्षा पर चर्चा की । माइक्रोस्कोप को सरल उपकरणों के साथ बाहर किया जा सकता है, जैसे कि यौगिक प्रकाश माइक्रोस्कोप, या उपकरणों के साथ एक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप के रूप में जटिल है । रोगियों से प्राप्त नमूनों को सीधे प्रकाश माइक्रोस्कोप के तहत देखा जा सकता है, और अक्सर तेजी से पहचान के लिए नेतृत्व कर सकता है । माइक्रोस्कोपी अक्सर जैव रासायनिक धुंधला तकनीकों के साथ संयोजन में इस्तेमाल किया जाता है, और उत्कृष्ट रूप से विशिष्ट बनाया जा सकता है  जब एंटीबॉडी आधारित तकनीकों के साथ संयोजन में इस्तेमाल किया जाता है. उदाहरण के लिए, एंटीबॉडी का उपयोग कृत्रिम रूप से फ्लोरोसेंट (fluorescently लेबल एंटीबॉडी) को बांधने के लिए निर्देशित किया जा सकता है एक रोगजनक पर मौजूद एक विशिष्ट प्रतिजन की पहचान करें । एक प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप का उपयोग किया जाता है, जो नैदानिक नमूने या संस्कारी कोशिकाओं के भीतर आत्मसात प्रतिजनों के लिए बाध्य एंटीबॉडी का पता लगाने के लिए इस्तेमाल किया जाता है वायरल बीमारियों के निदान में यह तकनीक विशेष रूप से उपयोगी है, जहां लाइट माइक्रोस्कोप सीधे वायरस की पहचान करने में सक्षम नहीं है ।
मरीजों को सीधे नीचे देखे जाने वाले नमूने क्या प्राप्त कर सकते हैं?
लाइट माइक्रोस्कोप