अध्याय vi शुरू होता है कि अगले तीन अध्यायों को सिद्धांत के लिए संभव आपत्ति का पता चलेगा, पहला ऐसा कि अक्सर बारीकी से संबंधित प्रजातियों के बीच कोई मध्यवर्ती रूप नहीं मिलता है, हालांकि सिद्धांत का अर्थ है कि इस तरह के रूप में अस्तित्व में होना चाहिए था । जैसे डार्विन ने उल्लेख किया, पहले, क्यों, यदि प्रजातियां अन्य प्रजातियों से उतरा फाइन असंख़्य द्वारा उतरे हैं, तो क्या हम हर जगह अनगिनत संक्रमणकालीन रूप नहीं देखते हैं? सभी प्रकृति भ्रम में क्यों नहीं है, प्रजातियों के बजाय, जैसे हम उन्हें देखते हैं, अच्छी तरह से परिभाषित? डार्विन ने इसे  विभिन्न रूपों के बीच प्रतियोगिता, मध्यवर्ती रूपों के व्यक्तियों की छोटी संख्या के साथ संयुक्त करने के लिए जिम्मेदार ठहराया, अक्सर ऐसे रूपों के विलुप्त होने के लिए अग्रणी. इस कठिनाई को आवास स्थान में संक्रमणकालीन किस्मों के अभाव या अपवाद के रूप में संदर्भित किया जा सकता है ।
डार्विन ने अंत में क्या फैसला किया था कि प्रकृति भिन्नता का अराजकता नहीं है?
 विभिन्न रूपों के बीच प्रतियोगिता, मध्यवर्ती रूपों के व्यक्तियों की छोटी संख्या के साथ संयुक्त करने के लिए जिम्मेदार ठहराया, अक्सर ऐसे रूपों के विलुप्त होने के लिए अग्रणी.