कई बैपटिस्ट चर्च संगठनात्मक समूहों के साथ संबद्ध करने के लिए चुनते हैं जो बिना नियंत्रण के फैलोशिप प्रदान करते हैं । सबसे बड़ा ऐसा समूह दक्षिणी बैपटिस्ट सम्मेलन है । वहाँ भी छोटे सहकारी समूहों की एक पर्याप्त संख्या है । अंत में, वहाँ बैपटिस्ट चर्च हैं जो किसी भी संप्रदाय, संगठन या संघ के स्वायत्त और स्वतंत्र रहना चुनते हैं । यह सुझाव दिया गया है कि एक प्राथमिक बैपटिस्ट सिद्धांत यह है कि स्थानीय बैपटिस्ट चर्च स्वतंत्र और आत्म-शासी हैं । और यदि ऐसा है तो शब्द 'बैपटिस्ट संप्रदाय' को कुछ हद तक असंगत माना जा सकता है ।
यह सुझाव दिया गया है कि एक प्राथमिक बैपटिस्ट सिद्धांत यह है कि स्थानीय बैपटिस्ट चर्च क्या हैं?
स्वतंत्र और आत्म-शासी