Föderalismus findet auch Ausdruck in Ekklesiologie (die Lehre der Kirche). Zum Beispiel ähnelt die Presbyterian der Kirche der parlamentarischen Republikanismus (eine Form des politischen Föderalismus) in großem Umfang. In Presbyterian Konfessionen wird die lokale Kirche von den gewählten Ältesten regiert, von denen einige Ministerebene sind. Jede Kirche schickt dann Vertreter oder Kommissare zu Kirchenkreisen und weiter zu einer allgemeinen Versammlung. Jedes größere Niveau der Versammlung hat Autorität über seine Mitglieder regiert. In dieser staatlichen Struktur hat jede Komponente eine gewisse Souveränität über sich selbst. Wie im politischen Föderalismus, in Presbyterian Ekklesiologie gibt es geteilte Souveränität.
Was passiert in Presbyterian Konfessionen?
 die lokale Kirche von den gewählten Ältesten regiert, von denen einige Ministerebene sind.