Kapitel VI beginnt mit dem Spruch, dass die nächsten drei Kapitel mögliche Einwände gegen die Theorie ansprechen werden, das erste ist, dass oft keine Zwischenklasse zwischen eng verwandten Arten gefunden werden, obwohl die Theorie besagt, dass solche Formen existiert haben müssen. Wie Darwin bemerkt hat, warum, wenn die Arten von anderen Arten von allmählich feinen Abstufungen abstammen, sehen wir nicht überall unzählige Übergangsregelungen? Warum ist nicht alle Natur in Verwirrung, anstatt die Arten zu sein, wie wir sie sehen, gut definiert? Darwin hat dies zu  der Wettbewerb zwischen verschiedenen Formen, kombiniert mit der kleinen Anzahl von Individuen von Zwischenklasse, die oft zum Aussterben solcher Formen führen. Diese Schwierigkeit kann als Abwesenheit oder Seltenheit von übergangsweise im Lebensraum bezeichnet werden.
Was ist ein möglicher Einwand gegen die Theorie der integrierten Variation?
oft keine Zwischenklasse zwischen eng verwandten Arten gefunden werden