Im Jahr 1821 gewann Mexiko seine Unabhängigkeit aus Spanien, und San Diego wurde Teil des mexikanischen Territoriums von Alta Kalifornien. Im Jahr 1822 begann Mexiko, seine Autorität über das Gebiet von Alta Kalifornien zu erweitern. Das Fort auf dem Presidio Hill wurde nach und nach aufgegeben, während die Stadt San Diego auf der Ebene unterhalb des Presidio Hill aufgewachsen ist. Die Mission wurde von der mexikanischen Regierung im Jahr 1833 säkularisierten, und die meisten der Mission-Länder wurden an wohlhabende Californio-Siedler verkauft. Die 432 Bewohner der Stadt baten den Gouverneur, ein Pueblo zu bilden, und Juan María Osuna wurde zum ersten Alkalde (Magistrat) gewählt und besiegte Pío Pico in der Abstimmung. (Siehe, Liste der Bürgermeister von San Diego.) Allerdings hatte San Diego die Bevölkerung in den 1830 er Jahren verloren und 1838 verlor die Stadt ihren Pueblo-Status, weil ihre Größe auf schätzungsweise 100 bis 100 sank. 150 Bewohner. Jenseits der mexikanischen Land erweiterte die Zahl der kalifornischen Ranchos, die bescheiden in die lokale Wirtschaft aufgenommen wurden.
Was ist passiert, als die Bevölkerung sich auf mehr Ebene unter dem Presidio Hill verlagerte?
Das Fort auf dem Presidio Hill wurde nach und nach verlassen