Kapitel XI befasst sich mit Beweisen von Biogeographie, beginnend mit der Beobachtung, dass Unterschiede in Flora und Fauna aus getrennten Regionen nicht allein durch ökologische Unterschiede erklärt werden können; Südamerika, Afrika und Australien haben alle Regionen mit ähnlichen Klimazonen in ähnlichen Breiten, aber diese Regionen haben sehr unterschiedliche Pflanzen und Tiere. Die Arten, die in einem Gebiet eines Kontinents gefunden wurden, sind enger mit Arten verbunden, die in anderen Regionen desselben Kontinents gefunden wurden, als auf Arten, die auf anderen Kontinenten gefunden wurden. Darwin stellte fest, dass die Barrieren für die Migration eine wichtige Rolle bei den Unterschieden zwischen den Arten der verschiedenen Regionen spielten. Das Küsten der Atlantik-und Pazifik-Seiten in Mittelamerika hatte fast keine Arten gemeinsam, obwohl der Isthmus von Panama nur wenige Kilometer breit war.  Seine Erklärung war eine Kombination aus Migration und Abstieg mit Modifikation. Er ging weiter, um zu sagen: Auf diesem Prinzip der Vererbung mit Modifikation, können wir verstehen, wie es ist, dass Abschnitte von Gattungen, ganze Gattungen und sogar Familien auf die beschränkt sind. gleiche Bereiche, wie es so häufig und notorisch der Fall ist. Darwin erklärt, wie eine vulkanische Insel, die ein paar hundert Meilen von einem Kontinent entfernt ist, von einigen Arten von diesem Kontinent besiedelt werden könnte. Diese Arten würden sich im Laufe der Zeit ändern, wären aber immer noch mit Arten auf dem Kontinent zu finden, und Darwin beobachtete, dass dies ein gemeinsames Muster war. Darwin diskutierte Wege, dass die Arten über Ozeane auf die kolonisieren Inseln verteilt werden könnten, von denen viele experimentell untersucht worden waren.
Was hat Darwin gedacht, das erklären könnte, warum verschiedene Regionen so unterschiedliche Arten haben könnten, wenn sie in der Nähe sind?
 Barrieren für die Migration eine wichtige Rolle bei den Unterschieden zwischen den Arten der verschiedenen Regionen spielten.