Im Jahr 1609, während er noch da war, schrieb Smyth einen Trakt mit dem Titel  Der Charakter der Bestie, oder die falsche Verfassung der Kirche. Darin äußerte er zwei Vorschläge: zuerst sind Säuglinge nicht zu taufen; und zweitens, Antichristians umgebaut sind durch Taufe in die wahre Kirche zugelassen zu werden. Daher war seine Überzeugung, dass eine biblischen Kirche nur von regenerieren Gläubigen bestehen sollte, die auf einem persönlichen Geständnis des Glaubens getauft wurden. Er lehnte die Lehre der Separatisten-Bewegung für die Taufe (paedobaptism) ab. Kurz danach verließ Smyth die Gruppe, und der Laie Thomas Helwys übernahm die Führung und führte 1611. die Kirche zurück nach England. Letztlich wurde Smyth für die Taufe der Gläubigen als einzige biblische Taufe engagiert. Er wurde auf der Grundlage seiner Interpretation der Schrift überzeugt, dass Säuglinge nicht Verdammt sein sollten, wenn sie in den Kinderschuhen sterben.
Smyth schrieb einen Trakt mit dem Titel was?
 Der Charakter der Bestie, oder die falsche Verfassung der Kirche.