Seine Antwort war, dass es in vielen Fällen Tiere mit Zwischenklasse gibt, die funktional sind. Er präsentierte fliegende Eichhörnchen und fliegende Lemuren als Beispiele dafür, wie Fledermäuse sich von nicht-fliegenden Vorfahren entwickelt haben könnten. Er diskutierte verschiedene einfache Augen, die bei wirbellose gefunden wurden, angefangen mit nichts mehr als einem Optik mit Pigment, als Beispiele dafür, wie sich das Wirbeltier-Auge entwickelt haben könnte. Darwin schließt: Wenn es gezeigt werden könnte, dass  jede komplexe Orgel existiert, die möglicherweise nicht von zahlreichen, aufeinanderfolgenden, leichten Modifikationen gebildet worden sein könnte, würde meine Theorie absolut brechen. Aber ich kann keinen solchen Fall herausfinden.
Wie hat Darwin seine Theorie gerechtfertigt, nicht zu brechen?
 jede komplexe Orgel existiert, die möglicherweise nicht von zahlreichen, aufeinanderfolgenden, leichten Modifikationen gebildet worden sein könnte, würde meine Theorie absolut brechen.