Obwohl das Buch kaum auf die menschliche Evolution angedeutet hatte, wurde es schnell zentral in die Debatte, da geistige und moralische Qualitäten als spirituelle Aspekte der immateriellen Seele gesehen wurden, und es wurde geglaubt, dass Tiere keine spirituellen Qualitäten hatten. Dieser Konflikt könnte in Einklang gebracht werden, indem man vermuten lässt, dass es eine übernatürliche Intervention auf dem Weg zu den Menschen gab, oder die Entwicklung als eine zielgerichtete und progressive Besteigung der Position der Menschheit am Kopf der Natur betrachtet. Während viele konservative Theologen die Evolution akzeptierte, argumentierte Charles Hodge in seiner Kritik 1874 Was ist Darwinismus? Der Darwinismus, der eng definiert wurde, als die Ablehnung des Designs, war Atheismus, obwohl er akzeptierte, dass Asa Gray das Design nicht abgelehnt hat. Asa Gray reagierte darauf, dass diese Anklage den Text von Darwin falsch erklärt hat. Bis Anfang des 20 Jahrhunderts waren vier bekannte Autoren der Grundlagen ausdrücklich für die Möglichkeit offen, die Gott durch die Evolution geschaffen hat, aber Fundamentalismus inspirierte die amerikanische Schaffung-Kontroverse, die in den 1920 er Jahren begann. Einige konservative römisch-katholische Schriftsteller und einflussreiche Jesuiten lehnten die Evolution im späten 19 und frühen 20 Jahrhundert ab, aber andere katholische Schriftsteller, beginnend mit Mivart, deuteten darauf hin, dass die frühen Church Väter Genesis nicht buchstäblich in dieser Gegend interpretiert haben.  Der Vatikan erklärte seine offizielle Position in einer 1950 päpstlichen Enzyklika, die hielt, dass die Evolution nicht mit der katholischen Lehre unvereinbar war.
Welcher Wissenschaftler argumentierte, dass Darwinismus Atheismus war?
Charles Hodge