MAN 2 Bogor
Sementara menjelang penegerian mulai tahun pelajaran 1994/1995 tempat kegiatan belajar mengajar kembali ke kompleks MTsN Babakansirna. Pada tahun itu Yayasan Al-Manar baru memiliki bangunan darurat 2 lokal yang dapat ditempati hanya satu lokal dan digunakan sebagai ruang kantor. Berhubung Bapak Syarif Hidayat, BA yang menjabat adalah PNS di Babakansirna, maka segera diusahakan untuk mutasi ke MA Al-Manar setelah proses penegerian, Bapak Syarif Hidayat diangkat sebagai kepala Madrasah pertama MAN Persiapan. Jabatan ini dijabat sampai 30 November 1999 dan kemudian digantikan oleh Drs. M. Taufiqurrahman (Guru MAN Cibinong Kabupten Bogor) sampai tahun 2008 kemudian digantikan oleh Ibu Bapak Dr. H. Asep Ruhiat, M.M.Pd. sampai akhir tahun 2015 karena berpindah tugas menjadi Kepala MAN Cibinong.
Setelah itu, pada awal tahun 2016 pucuk kepemimpinan diamanatkan kepada Ibu Dra. Hj. N. Nani Ruhyani, M.Pd yang sebelumnya diamanahi Kepala MAN Jonggol Kabupaten Bogor sampai dengan sekarang. Saat ini, ditangan beliaulah MAN 2 Bogor terus berbenah menjadi madrasah unggulan tidak hanya di kancah provinsi namun juga di tingkat nasional.