Yoweri Museveni
Dalam bulan Maret 1989, Amnesty Internasional menerbitkan sebuah laporan hak-hak asasi manusia tentang Uganda, yang berjudul "Uganda, the Human Rights Record 1986–1989". Dokumen ini mencatat pelanggaran-pelanggaran hak-hak asasi manusia yang luar biasa yang dilakukan oleh pasukan-pasukan NRA. Dalam salah satu tahap yang paling tegang dalam perang itu, antara Oktober dan Desember 1988, NRA dengan paksa menyingkirkan sekitar 100.000 people dari rumah-rumah mereka di dan di sekitar kota Gulu. Tentara melakukan ratusan hukuman mati tanpa proses pengadilan, sementara mereka memaksa orang-orang itu pindah, membakar habis rumah-rumah dan lumbung. Namun, ada pula beberapa laporan tentang penyiksaan sistematis, yang serupa dengan apa yang dilakukan pada masa rezim Amin dan Obote. Dalam kesimpulannya, laporan itu memberikan sedikit harapan: