Excavata
Excavata tertentu sering dianggap eukariota primitif, sebagian berdasarkan penempatan mereka pada banyak pohon evolusioner. hal ini dapat mendorong usulan bahwa excavata adalah tingkat parafiletik yang termasuk moyang dari eukariota yang hidup sekarang. Namun penempatan excavata tertentu sebagai 'cabang awal' mungkin merupakan artifak analisis yang diakibatkan oleh tarikan cabang panjang, seperti yang telah dilihat pada beberapa grup lain, contohnya, microsporidia.