Kota Ambon
Kota Ambon pun memiliki penduduk beragama minoritas lainnya dalam jumlah yang sangat kecil. Agama-agama tersebut ialah Hindu, Buddha, dan Konghucu. Meskipun jumlahnya sangat kecil, ketiga agama berpenganut sangat sedikit ini sangat diperhatikan oleh pemerintah. Pada 2018, Presiden Joko Widodo meresmikan "Hindu Center" dan "Buddha Center". Hal ini dilakukan sebagai perwujudan keinginan gubernur Maluku agar Maluku menjadi laboratorium kerukunan hidup beragama bagi Indonesia. Pura yang terkenal di kota adalah Pura Stana Giri Ciwa, sedangkan wihara yang terkenal ialah Wihara Swarna Giri Tirta. Kota juga memiliki penganut Agama Konghucu dengan jumlah yang sangat kecil, yaitu 7 jiwa pada sensus terakhir.