Kota Kinabalu
Beberapa pemberontakan terhadap pemerintahan tentara Jepang sempat terjadi di "Api-Api". Satu pemberontakan besar yang terjadi pada 10 Oktober 1943 oleh Gerilyawan Kinabalu yang merupakan penduduk pribumi. Tentara Jepang menghentikan pemberontakan ini setelah pemimpinnya, Albert Kwok, ditangkap dan dibunuh pada tahun 1944.
Pada tahap akhir perang, kota ini sekali lagi dihancurkan oleh tentara Sekutu dengan pengeboman siang dan malam dalam waktu lebih dari enam bulan sebagai bagian dari Kampanye Borneo pada tahun 1945. Sebagai akibat dari aksi ini, hanya tiga bangunan yang tetap berdiri. Perang di Borneo Utara berakhir dengan penyerahan diri resmi Angkatan Darat Jepang ke-37 oleh Letjen Baba Masao di Labuan pada 10 September 1945.