Uni Polandia-Swedia
Di Swedia, ia menghadapi masalah yang besar akibat agamanya yang berbeda. Sigismund adalah seorang Katolik yang taat, sementara sebagian besar warga Swedia (termasuk Karl) sudah menjadi penganut Lutheranisme. Terdapat kekhawatiran bahwa Sigismund akan mendukung Katolik dalam upaya melawan kaum Protestan. Pada periode ini, Adipati Karl dan kawan-kawan Protestannya kalah jumlah bila dibandingkan dengan pendukung Sigismund. Meskipun begitu, setelah kematian Raja Johan, sebuah sinode yang dihimpunkan oleh Adipati Karl di Uppsala menolak liturgi baru dan membuat pernyataan iman anti-Katolik pada tanggal 5 Maret 1593. Kitab Suci dan tiga kredo Protestan dianggap sebagai fondasi iman Kristen yang sebenarnya, dan Pengakuan Iman Augsburg diterapkan pada tanggal 9 Januari 1594 di Uppsala. Selain itu, Sigismund ditentang oleh perwakilan kepercayaan Lutheran dan bangsawan rendah. Akibat ketegangan politik dan religius ini, pada tanggal 19 Februari Sigismund menyatakan kesediaannya untuk menjamin kebebasan beragama bagi orang-orang Protestan dan melarang orang Katolik menunjukkan imannya di muka umum atau memegang jabatan tinggi.