Liga Prima Indonesia
Perpecahan antara kubu Wishnu Wardhana yang musim sebelumnya memimpin Persebaya pada Divisi Utama 2010–11 dengan kubu Saleh Ismail Mukadar yang memimpin Persebaya 1927 pada Liga Primer Indonesia terus berlanjut ke musim kompetisi ini. Kubu Saleh Ismail Mukadar mendapat dukungan dari Ketua Umum Persebaya yang baru, Cholid Gorumah. Pada tanggal 22 Oktober 2011, Komite Eksekutif PSSI memutuskan bahwa kedua kubu Persebaya harus melakukan merger dan membentuk perusahaan baru dalam waktu 30 hari. Untuk sementara, PT Persebaya Indonesia yang mengelola Persebaya 1927 ditunjuk sebagai pengelola hingga terbentuknya perusahaan baru tersebut. Tim yang akan digunakan sebagian besar terdiri dari pemain-pemain eks Persebaya 1927. Pada perkembangan selanjutnya, proses merger terancam gagal karena kubu Wishnu lebih memilih untuk mengikuti Divisi Utama 2011–12.