Lempeng Halmahera
Susunan tektonik wilayah Laut Maluku cukup unik. Ini adalah satu-satunya contoh tabrakan antarbusur aktif di dunia yang menenggelamkan sebuah cekungan samudra melalui subduksi secara dua arah. Lempeng Laut Maluku telah ditenggelamkan oleh dua lempeng tektonik mikro, Lempeng Halmahera dan Lempeng Sangihe. Kerumitannya saat ini dikenal sebagai Zona Tabrakan Laut Maluku.
Keberadaan Halmahera sebagai lempeng tektonik yang terpisah dari Lempeng Laut Maluku belum disepakati oleh para paleogeolog. Ada yang melihat Halmahera sebagai sambungan timur Lempeng Laut Maluku dan Sangihe sebagai sambungan baratnya. Hal yang tampak saat ini adalah Halmahera merupakan bagian dari perpanjangan Laut Maluku yang bersubduksi pada masa Neogene antara 45 dan 25 juta tahun yang lalu.