Argumen teleologis
Para pendukung pergerakan perancangan cerdas seperti Kornelius G. Hunter, telah menegaskan bahwa naturalisme metodologis dari dasar mana sains dibangun adalah bersifat keagamaan. Mereka sering menyebutnya sebagai 'materialisme ilmiah' atau sebagai 'materialisme metodologis' dan mencampuradukkannya dengan 'naturalisme metafisikak'. Mereka menggunakan pernyataan ini untuk mendukung klaim mereka bahwa ilmu pengetahuan modern adalah ateis, dan mengontraskannya dengan pendekatan yang lebih mereka sukai dari filsafat alam yang dibangkitkan yang menyambut penjelasan supernatural untuk fenomena alam dan mendukung sains teistik. Ini mengabaikan perbedaan antara ilmu pengetahuan dan agama, ditetapkan di Yunani Kuno, di mana ilmu pengetahuan tidak dapat menggunakan penjelasan supernatural.