Fonemik
Untuk dapat menentukan sebuah bunyi termasuk fonem atau bukan, proses pengkajian harus mencari sebuah kata yang mengandung bunyi tersebut ,lalu membandingkannya dengan kata lain yang mirip. Jika proses pengkajian tersebut menemukan perbedaan makna maka bunyi tersebut merupakan sebuah fonem. Dasar bukti identitas sebuah fonem adalah apa yang disebut fungsi pembeda makna yang terkandung dalam satuan bunyi bahasa . Semisal pembedaan fonem dalam bahasa Indonesia yang terdapat kata lupa dan rupa. /l/ dan /r/ dalam bahasa Indonesia merupakan fonem yang berbeda identitias untuk membedakan makna dari kata lupa dan kata rupa.
Alofon adalah variasi dari sebuah fonem, bunyi yang merupakan proses realisasi atau penjabaran dari sebuah fonem. Sebuah fonem merupakan konsep abstrak karena kehadiran fonem dalam ujaran diwakili oleh alofon yang sifatnya nyata, dapat didengar dan diamati secara empiris. Selain itu alofon-alofon dari sebuah fonem mempunyai kemiripan fonetis atau kemiripan bunyi. Semisal dalam bahasa Indonesia, fonem /i/ setidaknya memiliki empat fonem yaitu perbedaan pengucapan /i/ pada kata cita, tarik, ingkar, dan kali.
Dalam penelitian suatu bahasa, para ahli fonologi mendaftarkan semua fonem di dalam bahasa itu. Keseluruhan fonem yang didaftarkan itu disebut khazanah fonem atau perbendaharaan fonem. Pengkhazanahan fonem dalam suatu sistem bahasa memang memberikan pengertian serta kejelasan yang mendalam terhadap sistem bunyi-bunyi pada bahasa yang bersangkutan. Dalam bahasa Indonesia, khazanah fonem terdiri dari enam buah fonem vokal (a,i,u,e,ә, dan o) dan delapan belas fonem konsonan (p,t,c,k,b,d,j,g,m,ň,ŋ,n,s,h,r,l,w, dan y). Kemudian terdapat penambahan empat fonem yang berasal dari bahasa asing yaitu x,z,f, ʃ dan tiga fonem diftong yaitu ai, au dan oi.