Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Selain mereka yang tewas di pesantren, orang lain yang ditangkap dilaporkan diikat dan dipaksa untuk berjalan dua kilometer ke sungai Poso di bagian selatan kota, tempat banyak tawanan tewas, termasuk anak-anak dan bayi, dan ada laporan setelahnya bahwa Sungai Poso tersumbat oleh mayat-mayat. Banyak wanita yang masih hidup kemudian melaporkan bahwa mereka telah diperkosa oleh militan dan juga melihat kerabat mereka yang diserang secara seksual. Seorang warga perempuan mengingat bahwa dia menyaksikan 9 kerabatnya yang dibunuh oleh para militan, termasuk anak bungsunya di kelas tiga SD. Warga laki-laki lainnya, yang selamat dari serangan di pesantren, kepada wartawan mengatakan bahwa dia ditangkap lagi empat hari kemudian dan dibawa ke sungai untuk dieksekusi dan berhasil melarikan diri sekali lagi.