Rifa'iyah
Setelah dua tahun Haji Ahmad Rifai di Ambon dia telah mengirim kitab sebanyak empat buah dalam bahasa Melayu dan 60 buah judul Tanbih berbahasa Melayu juga surat wasiat tertanggal 21 Dzulhijjah 1277 H kepada menantunya Kyai Maufura bin Nawawi di Keranggongan, Batang yang isinya agar para muridnya beserta keluarganya jangan sekali-kali taat pada pemerintah Belanda dan orang-orang yang berkolaborasi dengannya. Setelah di Ambon Haji Ahmad Rifai bersama Kyai Modjo dan 46 ulama lainnya dipindahkan ke kampung Jawa Tondano, Manado, Sulawesi Utara karena ia bersama ulama-ulama Tarojumah menganggap perlu lahirnya organisasi Rifaiyah secara nasional , dan dia tinggal disana untuk menanti panggilan dari sang Robb, Dia wafat dengan tenang sebagai " Pahlawan Islam dan bukan Pahlawan Nasional" pada Kamis 25 Robiul Akhir 1286 H (usia 86 tahun) , ada riwayat lain yang mengatakan dia wafat pada 1292 H (92 tahun, semoga yang ini benar, karena itu berarti dia panjang umur) di kampung Jawa Tondono Kabupaten Minahasa, Manado Sulawesi Utara dan dimakamkan dikomplek makam pahlawan kiai Modjo disebuah bukit yang terletak kurang lebih 1 km dari kampung Jawa Tondano (Jaton).