Daftar karakter Naruto
Beberapa waktu kemudian, Rin diculik lagi, kali ini oleh ninja Kirigakure yang menyegelkan Isobu, Si Ekor Tiga kepada Rin, menjadikannya Jinchuriki. Dia ditawan ke Konoha dengan tujuan supaya Rin dapat mengeluarkan Isobu untuk menghancurkan Konoha. Rin mencoba menghasut Kakashi yang menyelamatkannya untuk membunuhnya supaya rencana Kiri gagal, namun Kakashi bertekad tidak ingin kehilangan rekan lagi. Rin-pun akhirnya bunuh diri dengan membiarkan dirinya terkena Raikiri Kakashi yang ditujukkan pada ninja Kiri lain, sementara Obito (yang ternyata selamat), melihatnya. Kematian Rin membuat Obito membenci dunia, menjadi murid Madara Uchiha, serta menjalankan Rencana Mugen Tsukuyomi supaya dia dapat tinggal di dunia tempat Rin masih hidup.