Bakteri komensal
Banyak organisme dalam saluran usus yang membantu memecah produk-produk limbah yang kompleks menjadi zat sederhana dan membantu dalam pembuatan senyawa kimia yang penting bagi kehidupan manusia. Beberapa bakteri dalam saluran pencernaan membantu manusia dalam pengolahan makanan dan menghasilkan vitamin B yang dibutuhkan untuk kesehatan manusia serta tidak menimbulkan bahaya. Senada dengan pengertian pada "The Free Dictionary", dalam "Reservois of Antibiotic Resistance Network" juga menyebutkan bahwa di dalam usus manusia terdapat banyak bakteri yang membantu manusia untuk mencerna makanan dan memperoleh nutrisi seperti vitamin B dan K, mendorong sistem kekebalan tubuh untuk mengembangkan dan mencegah kolonisasi bakteri patogen yang menyebabkan penyakit. "Escherichia coli" adalah salah satu bakteri komensal yang terdapat di dalam usus manusia. Bakteri ini juga dapat ditemukan di dalam usus hewan. Bakteri lain yang juga sering menghuni usus manusia dan juga hewan adalah "Klebsiella", "Proteus", "Enterobacter", "Serratia", "Citrobacter", "Morganella", "Providencia", dan "Edwardsiella".