Ranu Pani
Kegiatan pertanian dianggap sebagai salah satu faktor menyempitnya luas danau Ranu Pani, pembukaan perbukitan sebagai lahan pertanian menyebabkan terjadinya erosi. Fungsi pepohonan besar untuk menahan pengikisan tanah tidak dapat digantikan oleh tanaman pertanian.
Selain itu banyaknya pendaki maupun pengunjung yang membuang sampah sembarangan, mengakibatkan menumpuknya berbagai macam limbah dan mengakibatkan kedalaman danau semakin berkurang. Bahkan beberapa kali pendaki kerap membakar sampahnya. Sebelumnya pada tahun 1998 kedalaman Danau Ranu Pani mencapai 12 meter, pada tahun 2013 danau menjadi semakin dangkal pada tengah danau kedalaman hanya mencapai 7 meter. Usaha pembersihan tanaman liar di sekitar Ranu Pani dinilai tidak efektif, sehingga dilakukan program perbaikan lingkungan di sekitar danau dan penanaman pagar hidup di perbatasan danau dengan pemukiman penduduk untuk mengurangi sedimentasi dan masuknya sampah ke danau.
Sejak tahun 2010, TNBTS bekerja sama dengan Universitas Brawijaya dan Badan Kerja Sama Internasional Jepang (JICA) berupaya mengembalikan fungsi danau seperti semula.