Tiranosaurus
Keberadaan jaringan lunak telah dipertanyakan oleh Thomas Kaye dari Universitas Washington "et al." pada tahun 2008. Mereka menegaskan bahwa apa yang sebenarnya berada di dalam tulang Tiranosaurus tersebut adalah biofilm yang dihasilkan oleh bakteri yang melapisi kekosongan yang sebelumnya diisi oleh pembuluh dan sel darah. Mereka juga menemukan bahwa apa yang sebelumnya diidentifikasikan sebagai sisa-sisa sel darah (akibat keberadaan besi) sebenarnya adalah framboid, yaitu butiran-butiran mineral mikroskopik yang mengandung besi. Mereka menemukan butiran-butiran serupa di fosil-fosil dari berbagai periode, termasuk fosil kelompok moluska "Ammonoidea". Pada "Ammonoidea", besi yang dikandung oleh butiran-butiran ini berada di tempat yang tidak memiliki hubungan apapun dengan darah. Namun, Schweitzer sangat mengkritik klaim-klaim Kaye dan berpendapat bahwa tak ada bukti yang mendukung pernyataan bahwa biofilm dapat memproduksi tabung-tabung yang bercabang dan berongga seperti yang ditemukan pada hasil penelitian Schweitzer. San Antonio, Schweitzer dan rekan-rekannya juga menerbitkan sebuah analisis pada tahun 2011 mengenai bagian kolagen mana saja yang telah ditemukan, dan mereka lalu menyimpulkan bahwa bagian dalam koil ("coil") kolagen-lah yang telah terjaga, dan ini sesuai dengan apa yang akan terjadi setelah degradasi protein jangka panjang. Hasil penelitian yang lain turut menentang pengidentifikasian jaringan lunak sebagai biofilm dan memastikan penemuan "struktur yang bercabang seperti pembuluh" di dalam tulang yang telah terfosilisasi.