Konflik Chad-Libya
Dari awal Habré sudah mengisolasi dirinya dari anggota GUNT lainnya. Ia juga dibenci oleh anggota GUNT lainnya. Sifat Habré yang bermusuhan dengan Libya ditambah dengan ambisi dan kekejamannya membuat para pengamat menyimpulkan bahwa sang pemimpin perang sepertinya hanya akan puas dengan jabatan tertinggi. Terdapat keyakinan bahwa konfrontasi bersenjata antara Habré dan faksi pro-Libya akan terjadi, khususnya konflik antara Habré melawan Goukouni.