Maluku
Selain dari adanya pengaruh kebudayaan hal yang paling signifikan dari efek kehadiran Portugis adalah gangguan dan disorganisasi perdagangan Asia namun di samping itu adalah adanya penyebaran Agama Kristen di Indonesia Timur termasuk Maluku. Portugis yang telah menaklukkan Malaka pada awal abad keenambelas dan pengaruh mereka terasa sangat kuat di Maluku dan kawasan lain di timur Indonesia. Setelah penaklukan Portugis atas Malaka pada bulan Agustus 1511, Afonso de Albuquerque pelajari rute ke Kepulauan Banda dan Kpulauan Rempah-Rempah lainnya dengan mengirim sebuah penjelajahan tiga kapal ekspedisi di bawah pimpinan António de Abreu, Simao Afonso Bisigudo dan Francisco Serrano. Di tengah perjalanan untuk kembali, Francisco Serrao yang terdampar di pulau Hitu (Ambon utara) pada 1512. Ia mendirikan hubungan dengan penguasa lokal yang terkesan dengan kemampuan militer. Adanya pertikaian antara Kerajaan Ternate dan Tidore juga melibatkan Portugis.