Kapal segel merah
Orang-orang Jepang memimpin pemberontakan yang gagal di Dilao melawan Spanyol pada tahun 1606-1607. Jumlah populasi mereka meningkat kembali dengan adanya larangan atas agama Kristen oleh Tokugawa Ieyasu pada tahun 1614, ketika 300 pengungsi Kristen Jepang di bawah pimpinan Takayama Ukon memutuskan untuk menetap di Filipina. Mereka lah asal-muasal dari 200.000 penduduk keturunan Jepang yang cukup banyak terdapat saat di Filipina.