Operasi militer Indonesia di Aceh 2003-2004
Sekalipun darurat militer telah dihentikan, operasi-operasi militer terus dilakukan oleh TNI. Diperkirakan 2.000 orang terbunuh sejak Mei 2003. TNI mengatakan kebanyakan korban adalah tentara GAM, namun kelompok-kelompok HAM internasional dan setempat, termasuk komisi HAM pemerintah, menemukan bahwa sebagian besar korban adalah warga sipil. Bukti menunjukkan bahwa TNI sering tidak membedakan antara anggota GAM dan non-kombatan. Penyelidikan-penyelidikan juga menemukan GAM turut bersalah atas kebrutalan yang terjadi di Aceh.