Sandakan
Sementara itu, Spanyol masih memperkuat blokade aktivitas dagang mereka di Kepulauan Sulu, yang menyebabkan perlawanan blokade dari Jerman setelah beberapa kapal dagang mereka disita oleh Spanyol. Baik Berlin maupun London menyatakan bahwa kepulauan tersebut masih terbuka untuk rute dagang dunia. Kemudian, Inggris mulai bekerja sama dengan Jerman ketika rumor tentang penyitaan kapal dagang mereka oleh Spanyol mulai datang ke Britania Raya yang membuat Inggris menentang tindakan Spanyol tersebut. Inggris dan Jerman kemudian menolak untuk mengakui kedaulatan Spanyol atas Sulu. Namun dengan perlawanan kuat dari Jerman atas penyitaan ilegal dari kapal-kapal mereka dan ketakutan Inggris terhadpa kehadiran Jerman (yang lebih kuat ketimbang Spanyol pada waktu itu), sebuah protokol yang dikenal sebagai Protokol Madrid ditandatangani di Madrid untuk menjaga kedaulatan Spanyol atas kepulauan tersebut, membuat Spanyol terbebas dari perang manapun dengan Kesultanan Sulu tanpa takut akan keterlibatan kekuatan barat asing lainnya, dan ketika berpulang, Spanyol tidak akan ikut campur dalam urusan Inggris di utara Borneo.
Namun, kejayaan Sandakan sebagai ibukota Borneo Utara berakhir ketika Jepang menduduki kota tersebut pada 19 Januari 1942. Pada masa pendudukan mereka, Jepang merestorasi nama sebelumnya dari kota tersebut, "Elopura" dan mendirikan sebuah kamp tahanan perang untuk menahan para musuh mereka. Sekutu berencana memulai serangan ke Sandakan pada September 1944. Ketika Jepang takut akan serangan dari pasukan Sekutu, mereka mulai memindahkan seluruh tahanan dan memaksa mereka untuk berpawai ke Ranau. Ribuan prajurit Inggris dan Australia kehilangan nyawa mereka saat pawai paksa tersebut selain para buruh Jawa dari Hindia Belanda. Hanya enam prajurit Australia yang selamat dari kaml tersebut, semuanya setelah melarikan diri. Sandakan hancur secara keseluruban baik oleh pengeboman dari pasukan Sekutu maupun oleh pendudukan Jepang.