IAIN Pekalongan
Status Fakultas Syariah di Pekalongan dianggap telah tiada (secara de jure telah dipindahkan/direlokasi ke Surakarta namun secara de facto kelengkapan personel sarana dan mahasiswanya masih berada di Pekalongan).
Secara organisatoris sejak awal tahun 1995, Fakultas Syariah di Pekalongan tidak memiliki kelengkapan struktur organisasi dan otoritas kewenangan yang berakibat terjadi kevakuman dan situasi tidak menentu dalam pengelolaan. Ketidakjelasan ini mengakibatkan seolah-olah terjadi salah urus antara IAIN Walisongo dan Fakultas Syariah Surakarta sebab untuk sementara waktu kehidupan di Surakarta masih dalam tahap embrio yang belum memiliki kelengkapan sarana yang diperlukan.
Keadaan demikian menimbulkan situasi tidak menentu dan kebingungan terutama bagi segenap jajaran civitas akademika di Fakultas Sya’riah IAIN Pekalongan dan kebingungan Pimpinan IAIN Walisongo. Keadaan ini sangat berpengaruh pada penurunan etos dan semangat kerja, karena ketidakjelasan nasib masa depan mereka yang tetap berada di Pekalongan, ibarat orang sakit yang tinggal menunggu saat kematiannya tidak memiliki daya dan kekuatan, kecuali menunggu keajaiban pertolongan dari Tuhan Yang Maha Kuasa.