Gereja Katolik Roma dan peradaban manusia
Contoh yang paling terkenal yang dirujuk oleh para filsuf kritikus abad pencerahan ini adalah Galileo Galilei yang pada tahun 1633 dicela atas bersikerasnya untuk tetap mengajarkan bahwa alam semesta adalah heliosentris (berputar pada matahari), suatu pandangan yang diajukan oleh Nicolaus Copernicus yang kemungkinan besar adalah juga seorang imam. Setelah melalui penyelidikan selama bertahun-tahun, berbagi konsultasi dengan para Sri Paus, janji-janji yang ditepati untuk kemudian dilanggar oleh Galileo, dan akhirnya sebuah pengadilan oleh Peradilan Inkuisisi Romawi dan Seluruh Dunia, Galileo diputuskan sebagai seseorang yang "dicurigai menentang ajaran Gereja" - dan bukannya seseorang yang terbukti bersalah melawan ajaran Gereja, seperti yang seringkali diceritakan. Walau nantinya ilmu pengetahuan modern membuktikan bahwa dua dari empat hipotesis yang dijunjung dengan teguh oleh Galileo ternyata salah, yaitu hipotesis bahwa matahari adalah pusat alam semesta, dan bahwa bumi mengelilingi matahari dalam sebuah orbit lingkaran yang benar-benar bundar, Paus Yohanes Paulus II, pada tanggal 31 Oktober 1992, secara publik menyatakan penyesalan atas tindakan-tindakan umat Katolik yang memperlakukan Galileo dengan buruk pada masa pengadilan tersebut. Sebuah gambaran dari tindakan-tindakan dalm usaha untuk menjatuhkan Galileo tersedia di Arsip Rahasia Vatikan, yang mencetak ulang sebagian dari gambaran ini di situs internetnya. Kardinal John Henry Newman, pada abad ke-19, menyatakan bahwa mereka yang menyerang Gereja hanya bisa merujuk pada kasus Galileo, yang bagi kebanyakan ahli sejarah sama sekali tidak membuktikan penentangan Gereja terjadap ilmu pengetahuan semenjak banyak anggota Gereja pada masa itu justru didorong oleh pihak Gereja untuk melanjutkan penelitian mereka.