Petrus Martir Vermigli
Pergerakan Vermigli menjauh dari keyakinan Katolik ortodoks mulai tampak pada 1539 saat ia berkotbah tentang , sebuah ayat yang umum dipakai sebagai bukti doktrin api penyucian. Vermigli tak memakai pandangan ini dalam kotbahnya, meskipun ia tak secara terbuka membantu keberadaan api penyucian. Gaetano da Thiene, seorang penentang "spirituali", melaporkan gugatannya terhadap Vermigli kepada wali raja Spanyol dari Napoli Don Pedro de Toledo, yang melarang Vermigli berkotbah. Larangan tersebut dihapuskan pada banding Vermigli di Roma, di mana ia meraih beberapa bantuan dari para teman berkuasa yang ia miliki di Padua, seperti Kardinal Pole dan Bembo. Disamping kontroversi tersebut, Vermigli masih tersohor di Kongregasi Lateran. Ia diangkat menjadi salah satu dari empat pengunjung oleh kapitel-umum pada 1540. Para pengunjung tersebut memegang jabatan rektor umum dengan memeriksa rumah-rumah keagamaan dari Kongregasi .
Pada 1541, Kongregasi memilih Vermigli pada jabatan prior Basilika San Frediano di Lucca. Prior di San Frediano memegang beberapa otoritas episkopal atas separuh kota tersebut, serta kontrol atas rumah-rumah keagamaan Lateran. Seperti jabatan sebelumnya di Spoleto, para biarawan dari biara San Frediano serta rohaniwan Lucca dikenal karena kurang bermoral, yang berujung pada kemunculan Lutheran di tempat tersebut. Vermigli memandang tugasnya sebagai salah satu pendidikan serta koreksi moral. Ia mendirikan sebuah kolese berbasis prinsip humanis dari pendidikan dan dihimpun berdasarkan pada St John's College, Cambridge yang baru didirikan, dan Corpus Christi College, Oxford. Bahasa pengantarnya adalah Yunani, Latin dan Ibrani. Beberapa profesornya adalah humanis Immanuel Tremellius, Paolo Lacizi, Celio Secondo Curione, dan Girolamo Zanchi, semuanya kemudian akan berpindah ke Protestanisme. Kongregasi tersebut mengauki karya Vermigli dengan memilihnya pada komisi disipliner tujuh kanon pada Mei 1542.