Athrun Zala
Setelah kembali ke ZAFT, Athrun pun diberi medali Nebula atas prestasinya menghancurkan Strike, dan menjadi pasukan khusus ZAFT yang berada langsung di bawah Dewan PLANT. Ia pun diberi ZMGF-X09A Justice Gundam sebagai pengganti Aegis, dan misi pertamanya adalah untuk mengambil kembali ZMGF-X10A Freedom Gundam yang dicuri oleh Kira Yamato dengan bantuan Lacus Clyne. Lacus pun dituduh sebagai pengkhianat karena dianggap memberikan informasi berharga mengenai operasi Spit Break dan tentunya Freedom. Tapi, Athrun tidak lantas memercayai hal itu hingga ia bertemu secara langsung dengan Lacus. Setelah bercakap-cakap, ia tersadarkan untuk apa ia bertarung, apakah untuk mendapatkan medali atau mengikuti perintah ayahnya. Lacus pada saat itu merujuk Athrun sebagai Athrun dari ZAFT. Dan setelah itu, ia bahkan menyelamatkan Lacus dari percobaan pembunuhan oleh beberapa agen.
Athrun pun mencoba untuk mengikuti perintah ayahnya, dengan mengendarai Justice Gundam. Sebelum menemukan Kira, ia kembali ke lokasi di mana ia bertarung dengan Kira dengan menggunakan Aegis dan Strike. Akhirnya ia berbicara dengan Pastur Malchio, yang memberikannya informasi mengenai perang Valentine Berdarah Pertama yang terbaru.