Tritunggal
Beberapa kalangan mengemukakan bahwa Yohanes menyajikan suatu hierarki ketika mengutip Yesus yang mengatakan, "Bapa lebih besar dari pada Aku", suatu pernyataan yang digunakan sebagai perbantahan oleh kelompok nontrinitaris seperti Arianisme. Namun, para Bapa Gereja seperti Agustinus dari Hippo berpendapat bahwa pernyataan tersebut adalah untuk dipahami sebagai Yesus yang berbicara dalam rupa seorang manusia biasa.