Bohemond VI dari Antiokhia
Masa pemerintahan Bohemond juga terjadi konflik besar antara Mamluk dan Mongol. Tentara Mongol terus mendekat dari Asia Tengah, dengan Armenia Kilikia dan Antiokhia tepat berada di jalurnya. Pasukan Mongol memiliki reputasi kebengisan yang layak disandangnya - jika permukiman dalam jalur mereka tidak segera menyerah, penduduk yang dibantai mencapai puluhan ribu. Negara Kristen Georgia telah ditaklukkan pada tahun 1236. Hethum I dari Armenia, ayah mertua Bohemond, dengan bijaksana memutuskan untuk tunduk kepada kekuasaan Mongol serta, mengutus saudara laki-lakinya Sempad ke istana Mongol di Karakorum pada tahun 1247 untuk merundingkan detailnya. Hethoum kemudian membujuk menantunya Bohemond VI untuk melakukan hal yang sama, dan Antiokhia menjadi negara pembayar upeti Kekaisaran Mongol pada tahun 1260. Hethum dan Bohemond kemudian mengikutsertakan pasukan mereka sendiri selama penaklukan Mongol terhadap Aleppo dan Damaskus tahun 1260. Catatan sejarah, mengutip tulisan-tulisan sejarawan abad pertengahan Templar dari Tirus, sering secara dramatis menggambarkan tiga penguasa Kristen (Hethum, Bohemond, dan Kitbuqa) memasuki kota Damaskus bersama-sama dalam kemenangan, meskipun para sejarawan modern meragukan cerita ini sebagai apokrifa.