Pertempuran Lade
Sementara itu, Dionysios dari Phokaia merebut tiga kapal Persia dan berlayar pergi. Dia tidak pergi ke kampung halamannya, Phokaia, karena dia tahu bahwa kotanya itu pasti akan ditaklukkan oleh Persia dan seluruh penduduknya akan dijadikan budak. Dionysios memutuskan untuk berangkat ke Fenisia, di sana dia menyerang kapal-kapal dagang dan merampas banyak barang berhaga. Setelah itu dia berlayar menuju Sisilia dan menjadi seorang bajak laut. Sebagai bajak laut, Dionysisos hanya menyerang kapal dagang Kartago atau Tyrsenia dan tidak menyerang kapal Yunani.
Sebagian besar Karia menyerah kepada Persia seusai Pertempuran Lade, meskipun beberapa benteng tetap harus ditaklukkan melalui kekerasan. Armada dan pasukan Persia menjalani musim dingin di Miletos, sebelum kemudian berlayar pada tahun 493 SM untuk benar-benar mengalahkan sisa-sisa pertahanan terakhir pemberontak. Mereka menyerang dan merebut pulau Khios, Lesbos dan Tenedos, lalu bergerak menuju Asia Kecil dan menaklukkan tiap kota Ionia yang tersisa. Meskipun kota-kota Ionia tak diragukan lagi mengalami kerusakan akibat pemberontakan mereka, namun tampaknya tidak ada yang mangalami nasib seburuk Miletos. Pasukan Persia kemudian menaklukkan kembali permukiman-permukiman di sisi Asia di Propontis, sedangkan armada Persia berlayar menuju pesisir Eropa Hellepontos dan menaklukkan tiap permukiman di sana. Setelah seluruh Asia Kecil berhasil dikuasai kembali oleh Persia, pemberontak akhirnya benar-benar berakhir.