Eleonora Maria Józefa
Ferdinand III meninggal pada tahun 1657, ketika Eleonora baru berusia empat tahun. Sementara saudara tirinya menjadi kepala keluarga dan Kaisar Romawi Suci pada usia delapan belas tahun, sang adipatni kecil dibesarkan oleh ibundanya di Wina, bersama dengan saudara perempuannya, Maria Anna Josepha (1654-1689) dan saudara laki-lakinya, Ferdinand-Joseph-Alois.