ポツダム宣言を受諾するとともに、鈴木貫太郎内閣は総辞職し、かわりに皇族で西欧留学経験をもつ東久邇宮稔彦王(ひがしくにのみや なるひこおう)が組閣した。そして1945年8月後半に進駐軍の受け入れが行われ、9月2日には日本はミズーリ号上において降伏文書に調印し、正式に戦争が終結した。
日本は、ポツダム宣言受諾後、アメリカ軍を主力とする連合国軍により占領される。初期の占領政策は、日本を武装解除し、国際社会にとって再び脅威となることを防ぐため、民主化などの政治改革に重点が置かれていた。また、アメリカ軍によって日本は占領されていたので、占領政策はアメリカの都合を反映したものであった。連合国軍の指令機関である連合国軍最高司令官司令部(GHQ)が東京都に設置され、連合国軍総司令官(SCAP)にはアメリカ軍元帥・ダグラス=マッカーサーが就任した。
GHQは、自ら直接占領統治はせず、日本政府に対して占領政策の指令・勧告を出し、日本政府がそれを実行するという、間接統治の方法をとった。このため、日本本土ではアメリカ軍による軍政は敷かれなかった。しかし、沖縄・奄美・小笠原は、アメリカの軍政下に入った。
首相の東久邇宮稔彦は「国体護持」、「一億総懺悔」などを掲げてGHQと対立した。1945年10月にGHQは日本政府に対して治安維持法の廃止・特別高等警察(特高)の廃止・共産党員ら政治犯の釈放などを指令した(人権指令)ことをきっかけに、10月に東久邇宮内閣は総辞職した。次いで協調外交で国際的によく知られていた幣原喜重郎(しではら きじゅうろう)が組閣した。このころまでに日本軍は解体された。
GHQは幣原に対し、「憲法の自由主義化」、「婦人参政権の付与」、「労働組合の結成奨励」、「教育の自由主義化」、「秘密警察(特高など)の廃止」、「経済の民主化」を内容とする五大改革指令を口頭で指令した。加えて1945年12月には、日本国民の精神的指導に大きな役割を果たした国家神道を解体するため、神道指令を出した(神道と国家の分離)。この頃、GHQの指令により、戦争指導者とみなされた軍人幹部、政治家、右翼活動家などが次々に逮捕された。
翌1946年1月、昭和天皇は詔書において、天皇を「現御神(あきつみかみ)」であるとするのは架空の概念であるとし、天皇の神格を否定した(いわゆる人間宣言)。同じく1月、日本軍の軍人や国家主義者などと見なされた者たち約21万名が公的な地位から追放された(公職追放)。(追放者の中には、自由主義者の石橋湛山もいた。石橋がGHQに反発したことが原因とみられる。)(鳩山一郎は、戦時中の翼賛選挙では翼賛体制の推薦を受けずに立候補して当選した非推薦議員であるにもかかわらず、鳩山一郎も公職追放された。) (※ どうやらGHQが、あまり日本国内の政治史を分かってないようだ。)
戦争犯罪に関しては、1945年9月から、戦争指導者とみられる軍人や政治家が逮捕され、うち28名はA級戦犯として起訴されて、1946年5月から極東軍事裁判(東京裁判)で審理された。A級戦犯については1948年11月に判決が下され、翌12月に東条英機・広田弘毅・板垣征四郎ら7人には死刑が執行された。
GHQは、天皇を占領統治に利用するため、あえて天皇の戦争責任について追及せず、戦犯指定もしなかった。また、極東軍事裁判では天皇は不起訴である。
B級・C級の戦犯は、捕虜虐待などの通常の戦争犯罪の容疑者のことである。B・C級戦犯では、約5700人が訴追され、約1000人が処刑された。だが現代では、処刑されたB・C級戦犯には、実際には冤罪(えんざい)も多かったと考えられている。日本人がB・C級戦犯に含まれているのは当然として、さらに兵士として動員された朝鮮人や台湾人も、B級戦犯またはC級戦犯には含まれていた。
なお、このA/B/Cの分類とはけっして日本の戦犯をさばくための独自の方式ではなく、ヨーロッパ方面においても勝利した連合国がドイツの戦犯をさばくためのニュルンベルク軍事裁判との共通の分類法である。(※ なおB級が主に捕虜虐待で、C級が非人道的行為である。)
国家の指導者が、戦争犯罪人として裁かれるのは、第二次世界大戦以前には例がなく、反対意見もあった。当時からインド人判事パルやオランダ人のレーリンクらが反対意見を書いた。
また、このような軍事裁判は、事後法による裁判であり、公平性などに問題があるとの批判や、日本国民が裁判に参加しなかったことで、国民自身の植民地・占領地への戦争被害に対する責任感を薄れさせたのではないかとの批判がある。
敗戦ののち、政党が次々と結成され、政界は再編された。まず、GHQによる政治犯釈放によって釈放された徳田球一らが、合法政党としての日本共産党を結成した。1945年11月には、旧無産政党を中心に合流した日本社会党が結成された。同月、鳩山一郎ら翼賛選挙の非推薦議員らが中心となって日本自由党を結成した。また同月、翼賛選挙で推薦議員であり、旧立憲民政党系の議員らが中心になって、日本進歩党が結成された。この11月の時点での与党は、日本進歩党であった。
12月には衆議院議員選挙法が改正され、女性にも参政権が与えられ、男女の選挙権年齢が満20歳以上に引き下げられた。また、GHQが政治介入し、旧翼賛選挙で推薦議員だった議員が多く公職追放された。鳩山一郎は翼賛選挙の非推薦議員だったにもかかわらず、なぜか公職追放された。
1946年4月、戦後初の衆議院総選挙が実施され、日本自由党が第一党となった。第二党は日本進歩党となった。しかし、衆議院第一党の日本自由党総裁の鳩山一郎は公職追放されていたため組閣できず、5月、外交官出身の日本自由党議員の吉田茂(よしだ しげる)が新総裁に就任し、第二党の日本進歩党の協力を得て第一次吉田茂内閣を組織した。なお、この総選挙では、日本史上初の女性議員が39人当選している。
1945年後半、GHQは幣原内閣に憲法改正を指示した。日本政府は「憲法の自由主義化」のもとで憲法調査会を設置し、憲法草案を作らせたが、それは依然として保守的(=GHQからすれば「全然反省していない」という風に見えるということ)なものであったため、GHQが独自の改正案を作成した。
そして、その改正案をもとに、日本政府は民間の憲法草案や外国の憲法を参考に、憲法草案を作成した。そして1946年4月に、憲法改正草案として公表した。
日本国民は、この憲法草案を賞賛し、帝国議会はこの草案をもとに正式な憲法をめざして審議に入り、1946年11月3日に日本国憲法として公布され、翌1947年5月3日から施行された。
刑法では、大逆罪や不敬罪や姦通罪(かんつうざい)が廃止された。
民法では、新憲法の男女同権の趣旨にしたがって、父親や長男中心の戸主制度や家督制度が無くなった。
中国大陸において発生していた国共内戦で共産党が優勢になると、GHQは占領方針を転換し、日本を西側陣営に組み込もうとした。
都心部では、空襲で住居を失った人も多く、彼らは防空壕や仮設小屋に住んだ。