鳥羽法皇は源平の武士を組織し、荘園を集積していったことで絶大な権力をえた。しかし、このことは鳥羽法皇の権勢の継承という問題を引き起こすことになる。1156(保元元)年、鳥羽法皇が死去すると、次の治天の君の地位をうかがう崇徳上皇と後白河天皇の対立が表面化する。
また、鳥羽法皇の治世末から藤原氏も摂関家の継承をめぐって、関白・藤原忠通と左大臣・藤原頼長が対立していた。
崇徳上皇は権力を取り戻すために頼長らと手を結び、さらに源為義・為朝父子や平忠正らの武士を招集した。一方の後白河天皇は、鳥羽法皇の側近だった藤原通憲(信西)を参謀として、源義朝・平清盛・源頼政らの有力武士たちを動員し、上皇方に先制攻撃を加えた。兵力に劣る上皇方はすぐに総崩れとなり、崇徳上皇は降伏した。この戦いを保元の乱という。
この結果、崇徳上皇は讃岐に流され、為義らは処刑された。この戦後処理では、400年ぶりに上皇が島流しとされたこと、約350年ぶりに死刑が行われたことで当時の貴族たちに大きな衝撃を与えることになった。そして、武士が単なる警護役ではなく政治闘争にも関わるようになったことも貴族層に強く印象付けることになった。後に『愚管抄』を記述する慈円はこの乱によって「武者の世」になったと評した。
保元の乱ののち、後白河天皇は退位し、院政を開始した。この時に政治の主導権を握ったのが藤原通憲であった。通憲は平清盛と手を結び、荘園整理や悪僧・神人の取り締まりなどを行い、時代の変化に対応した政治を行った。しかし、今度は後白河上皇の近臣同士の対立が激しくなり、権勢をもつ通憲への反発が強まった。
1159(平治元)年、通憲に反感を持つ藤原信頼は、清盛が熊野詣に出かけた隙をついて源義朝とむすんで挙兵し、通憲を自害に追い込み、後白河上皇と二条天皇を幽閉した。しかし、帰京した清盛が六波羅の自邸にもどり、二条天皇を脱出させて信頼・義朝討伐の宣旨(命令)を得ることに成功する。そのため、清盛は多くの武士をまとめることに成功し、信頼・義朝らを倒した。信頼は処刑され、義朝は再起を図るために東国に向かう最中に殺害された。そして、義朝の子の頼朝は伊豆に流された。