農学では、宮崎安貞が『農業全書』を著した。
本草学とは、もともとは医薬になる植物などを研究する学問だったが、しだいに博物学的に植物・動物などを研究する学問になっていった。
この分野では朱子学者の貝原益軒が植物の分類の研究を行い『大和本草』を著した。また、稲生若水は『庶物類纂』を著し、本草学の範囲を大きく広げた。
天文学では、渋川春海(安井算哲)が、従来の宣明暦の誤差を修正した貞享暦をつくった。この功績により、当時の将軍綱吉は幕府に天文方を創設し、渋川春海を天文方に任命した。
数学では、土木工事などの計算の必要から日本独自の和算が発達した。中でも、関孝和は、筆算の研究、円周率、連立一次方程式の理論などを研究した。
地理学では、長崎で通訳をしていた西川如見が、オランダ人との接触によって得られた外国事情に関する知識を基にして、本格的な世界地理のテキストである『華夷通商考』を著した。
幕政が安定すると、幕府は歴史に関心を持ち始めた。
また、歴史学や和歌などでは、教育方法が従来は師匠から弟子への秘伝として閉鎖的な教育方法で伝えられてきたが、それを改めようとする風潮が起きてきた。
林羅山・林鵞峰の父子は、幕府に歴史書の編纂を命じられて、編年体の歴史書である『本朝通鑑』を著した。
いっぽう、水戸藩主の徳川光圀は、多数の学者を集めて紀伝体の歴史書『大日本史』の編集に着手した。
新井白石は、独自の歴史観にたち『読史余論』および『古史通』を著した。
契沖は、和歌を道徳的に解釈しようとする従来の手法を批判し、文献学的な方法で万葉集を研究して『万葉代匠記』を著した。
北村季吟は、綱吉の代に幕府の歌学方として登用され、将軍らに和歌を教えるかたわら、『源氏物語』や『枕草子』など古典の研究を行い、注釈書を著した。
戸田茂睡は、和歌で、中世以来の制約にとらわれるべきではないと、和歌の革新を説いた。
朱子学からは、神道を儒教流に解釈する垂加神道(すいか しんとう)を唱える山崎闇斎(やまざき あんさい)が出た。
中江藤樹(なかえとうじゅ)は(儒学のひとつである)陽明学(ようめいがく)を学んだ。中江の門人の熊沢蕃山(くまざわ ばんざん)は、幕政を批判したため、幽閉された。
いっぽう、『論語』や『孟子』など古代中国の古典を、直接、原典にあたって研究しようという古学(こがく)が起きた
古学では、京都の町人出身の学者 伊藤仁斎(いとう じんさい)とその子 東涯(とうがい)父子は、京都の堀川(ほりかわ)に私塾 古義堂(こぎどう)を開き、古学にもとづく儒学の講義を行った。
江戸では、(伊藤仁斎よりも40歳ほど若い)荻生徂徠(おぎゅう そらい)が中国語の研究を通じて古学の研究を行った。
荻生徂徠は、柳沢吉保(やなぎさわ よしやす)・将軍吉宗(よしむね)の政治顧問として用いられ、幕政にも関わった。また、徂徠は江戸に私塾 蘐園塾(けんえんじゅく)を開いた。
俳句では、「わび」「さび」と言った落ちついた作風の松尾芭蕉(まつお ばしょう)は、もともと、強調表現や派手な表現を得意とした談林派(だんりんは)の出身である。