1179年に平清盛は後白河法皇を幽閉し、平氏の専制体制を作り上げた。このことは他の有力貴族や寺社の不満を高めることとなった。1180年に清盛が、娘の徳子の産んだ安徳天皇を即位させると、後白河法皇の第2皇子の以仁王が源頼政とともに挙兵した。これに清盛は速やかに対応し、以仁王らを攻撃した。頼政は宇治で戦死し、以仁王も奈良に逃亡する最中に討ち取られた。
こうした中、同年6月に清盛は都を摂津の福原に移した。この遷都は瀬戸内海の支配を確保し、平家の指導力を高めるための拠点移動であった。だが、貴族の反対に加え、南都北嶺の僧兵や畿内の源氏の活動が活発になったために半年で京に都を戻した。
以仁王は敗死したが、挙兵と同時に諸国の武士に平氏討伐の令旨を出しており、各地でこれに呼応した各地の武士(在地領主)が立ち上がった。こうして全国に反平家勢力が挙兵したことによって起きた内乱を治承・寿永の乱と呼ぶ。反平家勢力の中でも有力だったのが、平治の乱で敗れて伊豆に流されていた源頼朝、および信濃国木曽の源義仲であった。
源頼朝は、叔父の源行家によって伝えられた以仁王の令旨に応じ、1180年8月に妻・政子の父である北条時政らと挙兵して伊豆国目代の館を奇襲した。目代への襲撃は成功するものの、頼朝挙兵の報を受けた平家方の大庭景親が3000騎の大軍を率いて頼朝討伐を開始した。兵力の乏しい頼朝軍は石橋山(神奈川県)で迎撃するも大敗する(石橋山の戦い)。頼朝は安房国(千葉県南部)へと逃れ、再起をはかった。安房で北条氏とともに挙兵した三浦氏とも合流し、源氏に仕えていた武士たちも頼朝の下に集まりはじめた。そして、千葉常胤や上総広常などの有力な豪族が頼朝に従うと形勢は頼朝の方へ一気に傾いた。そして、同年10月には平家方の大庭らの平家方豪族を倒して源氏ゆかりの地である鎌倉に入った。
清盛は孫の平維盛を大将とした討伐軍を派遣するが、平家軍は駿河国富士川での頼朝軍との合戦(富士川の戦い)に敗北する[1]。しかし、勝利した頼朝は御家人の意見を取り入れてそれ以上の進軍を行わず、鎌倉に帰還して東国経営に専念する。
大敗した平家も立て直しを図り、以仁王に味方した大寺社を焼討し、畿内の源氏勢力を討伐した。特に、1180年12月には反平家の動きを見せた興福寺を、清盛が息子の平重衡に命じて攻撃した南都焼打ちは興福寺と東大寺の堂塔伽藍を焼失させ、奈良の街にも大きな被害をもたらした。しかし、翌1181年2月に清盛が死去する。加えて、畿内・西国を中心とした飢饉(養和の飢饉)は、西国を拠点とする平家に深刻な打撃を与えることとなった。
頼朝のいとこにあたる源義仲は拠点である信濃国で挙兵した。義仲は1181年6月に平家方の豪族を倒すと、北陸道の反平家勢力をまとめ上げて勢力を急拡大する。1183年、平家が再び維盛を大将とした義仲討伐軍を派遣するも、加賀国と越中国の国境にある倶利伽羅峠の戦いで義仲軍に大敗してしまう。勢いに乗った義仲軍は平家方を追撃し、同年7月には京都に進軍してきた。畿内の反平家勢力もこれに呼応するように進撃をはじめた。防衛が難しいと判断した平家は京都を放棄し、安徳天皇を連れて拠点である西国に撤退する(平氏都落ち)。その際、平家方は後白河法皇も西国へと連れ出すことを企図していたが、法皇はいち早く比叡山に脱出しており、失敗した。
入京した義仲は、当初こそ後白河法皇から軍功を称賛されたものの、安徳天皇の次の皇位をめぐる問題から法皇・朝廷との関係が急速に悪化する。さらに飢饉によって疲弊していた京都の市街では義仲軍だけでなく他の反平家勢力も混在していたこともあり、義仲の統制が十分にはなされなかった。そのため、都の治安が急速に悪化し、兵たちによる略奪が横行した。こうした失態を挽回するべく義仲は同年9月に西国へと出陣した。
しかし、義仲が京都を発つ頃には後白河法皇と頼朝とが交渉を始めていた。同年(1183年・寿永2年)10月、交渉の末、頼朝による東海・東山両道の支配権を承認された(寿永二年十月宣旨)。これにより、頼朝は公式に赦免された。
そして、頼朝は弟の源範頼および源義経を将とする軍勢を京に派遣する[2]。源義仲は防戦するも、もはや義仲に付く武士は少なかった。1184年1月、義仲は近江国粟津にて討死した。
義仲と頼朝が争っている間に平家は福原まで進出し、京都奪還をうかがうまでに勢力を回復した。後白河法皇は義仲が討たれると、すぐさま平家討伐の院宣を頼朝に下す。1184年2月、源氏勢は摂津国一の谷での決戦に勝利する。こののち、頼朝勢は義仲の残党や平家に与する勢力を掃討または臣従させ、平家の拠点たる九州・四国まで勢力を伸ばすことに成功する。1185年2月には讃岐国屋島を急襲して平氏を破る(屋島の戦い)。そして、同年3月には長門国の壇ノ浦の戦いにて平家は滅亡し、安徳天皇も海中に没した。
治承・寿永の内乱は源平合戦とも言われ、源氏と平氏の勢力争いのように描かれることが多い。軍記物では「源平の宿命的な対立」も強調されがちである。