
戊辰戦争のころ、1868年3月に新政府は五箇条の誓文(ごかじょう の せいもん)を出した。
これは、公儀世論(こうぎよろん)の尊重や開国和親など新政府の政治方針を、示したものである。
五箇条の御誓文(抜粋)
(※ この「我国未曾有」(以下略)の部分の訳は、扱った教科書もなく、高校教育界では、あまり訳が定まってない。)
このため、『五カ条の誓文』は天皇が神々に誓う型式で公布されたものと思われる。(※ 検定教科書で「神々」に「誓約」など記載されてるのは、上記のような文の加わった古い文献があるため。)
いっぽう民衆に対しては同日と思われる3月15日に、五傍の掲示で、江戸幕府と同様にキリスト教の禁止などの方針を示した。
1868年閏(うるう)4月には、政府組織を定める政体書(せいたいしょ)が出され、その主な内容は「太政官」(だじょうかん)と呼ぶ中央組織の設置と「太政官」への権力の集中、立法・行政・司法の三権分立制、官の4年任期、などである。
これらの(政体書に定められた)制度は、欧米を手本にしたものである。なお、完全には実施されなかった。
同年7月には江戸を東京と改め、9月には元号を発し「明治」とするとともに「一世一元の制」を定めた。
政府は1869年1月に、薩摩・長州・土佐・肥前(ひぜん)の4藩に版籍奉還(はんせきほうかん)を上表させた。つづいて6月、すべての藩に版籍奉還を命じた。
そして旧藩主を知判事として任命し、旧藩主には藩内の石高の10分の1にあたる家禄を与える事にした。
しかし版籍奉還のあとも、徴税と軍事の権限は旧藩主が保有した。
版籍奉還後の中央組織の再編で、祭政一致の理念から神祇官を太政官から独立させた。また、太政官の下に、外務省・大蔵省などの各省を置く組織となった。
新政府の直轄地は一部の地域に限られていた。新政府は、かぎられた直轄地から、税をきびしく徴収したため、税負担の軽減を期待していた民衆の期待は裏切られ、一揆が多発した。
1871年、薩摩・長州・土佐の3藩の兵を東京に集め、その武力を背景に同年7月、廃藩置県を断行した。
すべての知藩事は解任され、旧藩主は東京在住を命じられ、かわって中央政府から府知事・県令が派遣された。
廃藩置県の直後に政府組織も改編され、太政官は正院(せいいん)となり、さらに右院(ういん)と左院(さいん)がもうけられ、正院・右院・左院の三院制となった。そして正院の下に各省が置かれた。
これら一連の改革を通して、政府内では薩摩の西郷隆盛(さいごう たかもり)や長州の木戸孝允(きど たかよし)など、薩長土肥の出身者が権力をにぎるようになった。また、公家の岩倉具視(いわくら ともみ)など少数の公家が権力を握るようになった。特定の藩出身者などの特定勢力出身者が権力をにぎっていったので、のちに藩閥政治といわれるようになった。