たとえばヒトは、動物界・セキツイ動物門・哺乳綱・霊長目・ヒト科・ヒト属・ヒト である。
イヌは、動物界・セキツイ動物門・哺乳綱・食肉目・イヌ科・イヌ属・イヌ である。
このように、属(ぞく、genus)・科(か、family)・目(もく、order)・綱(こう、class)・門(もん、divisio)・界(かい、kingdom) という階層に分類される。
ある生物の種(しゅ)の名前には、世界共通の学名がある。学名のつけかたには、二名法(にめいほう、binominal)という命名法にもとづく国際規約が定められている。
たとえばヒトの学名は Homo sapiens 。 このように、二名法では2単語のラテン語で表す。最初の Homo は属名(ぞくめい、genus)。 sapiens が種小名(しゅしょうめい、species epithet)である。このように二名法では、属名と種小名を併記する。このようなな命名法を、18世紀の中ごろにカール・フォン・リンネが確立した。
いっぽう、ヒト や イヌ や ネコ などと言った、ある種について、日本で一般的に使われる呼び名は、和名(わめい)である。
かつて生物の分類で「界」というのが、よく使われ、「二界説」や「五界説」などが使われていたが、1977年代ごろからリボソ-ムRNAなどの研究が進み、やがて、それらRNAなどの研究の知見を反映した「ドメイン」という分類が生物の分類に使われるようになった。
植物界と動物界の2つに分ける。昔からある分類法。
単細胞生物からなる原生生物界(げんせい せいぶつかい)を加えて、植物界と原生生物界と動物界の3つに分ける。ヘッケルが提唱した。また、へッケルは生物の分類を、樹木形であらわす系統樹(けいとうじゅ、phylogenetic tree)として表現した。
全ての生物は真核生物と原核生物とに分類される。この知見を生物の分類に反映して、五界説などが提唱された。
五界説は、つぎの5つの界からなる。
この5つの界からなる。
ホイタッカーやマーグリスによって提唱された。
原生生物界は、他の界に入らなかった系統の寄せ集めである。
食物連鎖の観点から見ると、植物界・動物界・菌界は、それぞれ、植物=生産者、動物=消費者、菌=分解者というふうに理解できる。
リボソームRNAの構造をもとにした分類が、カール・ウーズにより1977年代後半に提唱された(六界説)。
そして、この分類のためウーズは、ドメインという分類を提唱し、すべての生物は 細菌ドメイン または 古細菌ドメイン または 真核生物ドメイン の3つのグループのうちの、いずれかのグループに属すると1990年に提唱した(3ドメイン説)。
ドメインは界より上位の分類である。
遺伝子などの解析結果から、古細菌は、細菌よりも真核生物に近いことが分かっている。
五界説における原生生物界、菌界、植物界、動物界の4つの界は、真核生物ドメインに属する。
なお大腸菌もネンジュモも、単細胞の原核生物である。現在では、「細菌」の分類の条件として、原核生物であることを要求するのが一般的である。
シアノバクテリアは光合成を行える。なのでシアノバクテリアをついつい植物に分類しがちであるが、しかし上述のような理由からシアノバクテリアは細菌に分類する場合が多い。