In der Saison 1989/90 kam es zu einer Regeländerung: Der Cupbewerb in Österreich wird in einem Spiel ausgetragen. Der erste Sieger in diesem Cupspiel war der Bundesligist FK Austria Wien. Bereits 1991 kam es abermals zu einer Sensation im Cupfinale: Dieses Mal setzte sich der Zweitligist SV Stockerau gegen Rapid durch. Nach weiteren Siegen Austrias und Rapids und dem letzten Innsbrucker Titelgewinn 1993 reüssierten ab Ende der 90er Jahre insbesondere die beiden Grazer Klubs GAK und Sturm im ÖFB-Cup. Sturm trug von 1996 bis 1999 in vier aufeinander folgenden Finalteilnahmen drei Titel davon, musste sich 1998 nur Premierensieger SV Ried geschlagen geben. Der GAK konnte von 2000 bis 2004 ebenfalls drei weitere Male die Cuptrophäe an die Mur bringen. Diese Serie war vom Cupsieg des FC Kärnten 2001 unterbrochen, der sich als nunmehr vierter Zweitligist in die Siegerliste eintrug.