Michael I. hinterließ zehn Kinder, wovon sein Sohn Alexei die Nachfolge antrat. Während der Regierungszeit Alexei I. herrschte eine starke Unterdrückung der Bauern. Die zusätzliche hohe Steuerlast führte ab 1648 immer wieder zu Aufständen. 1649 wurde die Leibeigenschaft per Gesetz festgelegt. Alexei führte seit 1654 einen Krieg mit Polen, in den auch Schweden 1656 eintrat und gegen Russland kämpfte. 1658 überwarf er sich mit dem Patriarchen Nikon über die von diesem eingeleiteten kirchlichen Reformen. Der Konflikt führte 1666 zur Spaltung der russisch-orthodoxen Kirche. Ende 1655 schloss Russland mit Polen einen Waffenstillstand und wandte sich gegen Schweden. Der Friede von Andrussowo 1667 beendete die Kriegshandlungen und Smolensk, Kiew und die Ostukraine wurden Teil Russlands. In östlicher Richtung dehnte Alexei sein Reich mit der Eroberung Ostsibiriens bis an die Grenze Chinas aus.