Wird eine Magenspiegelung abgelehnt, kann Helicobacter über Atemtest, Antikörpertest oder Antigentest im Stuhl nachgewiesen werden. Ein Ausschluss einer Krebserkrankung ist dann aber nicht möglich. Der Atemtest ist dabei ausreichend sicher. Der Antikörpertest wird zur Therapieentscheidung nicht empfohlen. Bei einem Zwölffingerdarmgeschwür ersetzt ein Atemtest die Gewebeentnahme.