In der Zeit des Nationalsozialismus wurden auch in Lübbenau Juden verfolgt. Der jüdische Tierarzt Max Plessner wurde während des Novemberpogrome 1938 im KZ Sachsenhausen inhaftiert und beging August 1942 in Lübbenau Suizid. Die ebenfalls jüdische Lübbenauerin Beatrice Ledermann beging drei Monate später Suizid, kurz vor der bevorstehenden Deportation. Am 23. Januar 1944 wurde das Schloss Lübbenau durch einen Brand stark beschädigt. Mit dem nahenden Ende des Zweiten Weltkrieges erfolgte am 19. April 1945 ein Bombenangriff auf den Güterbahnhof in Lübbenau, wobei das Kohlendepot in Brand geriet. Die Verteidigung der Stadt wurde im späteren Tagesverlauf aufgegeben, am frühen Morgen des 20. April 1945 wurde Lübbenau von der vorrückenden Roten Armee eingenommen.