Zumindest lokal sind Goldhamster offenbar häufig. Hauptbedrohung ist die Zerstörung des Lebensraumes durch den Bau von Siedlungen. In Syrien wird die Art außerdem von den Bauern als Schädling eingestuft und durch Fang und Vergiftung intensiv bekämpft. Der Bestand ist rückläufig und möglicherweise fragmentiert, die IUCN führt den Syrischen Goldhamster daher als gefährdet („vulnerable“).