Die Systematik der Ostschermaus wird seit langem kontrovers diskutiert. Für die Art sind mindestens 36 Unterarten beschrieben worden. Nach Untersuchungen der mitochondrialen DNA lassen sich diese Unterarten jedoch zu drei Formen zusammenfassen, die nicht genau den oben genannten Ökotypen entsprechen und für die jeweils auch die Erhebung zu eigenen Arten diskutiert wird: