Nachfolgend zum akuten Ereignis kann eine Infektion des nicht mehr ausreichend versorgten Lungengewebes zu einer sogenannten Infarktpneumonie führen. Das hinter dem Embolus gelegene Lungenareal kann insbesondere nach größerer Embolie mit Zerstörung eines Teils des bindegewebigen Lungengrundgerüstes infarzieren. Trotz der an sich hohen Regenerationskraft des Lungengewebes sterben dann ganze Bereiche dauerhaft ab. Übersteht dies der Organismus, entstehen funktionslose Narben. Bei Befall größerer Bereiche mit entsprechender Funktionseinbuße kommt es zu Kurzatmigkeit, reduzierter Belastbarkeit und oft dauerhaftem Husten. Die erleichterte Invasion von Keimen in das anfangs nekrotische, anschließend fibrotisch veränderte – und für Antibiotika weitgehend unzugängliche – narbige Gewebe führt auch später häufiger zu Lungenentzündungen. Die fibrotischen Umbauprozesse erhöhen geringfügig auch das Risiko für späteren Lungenkrebs. Es gibt eine hohe Rate der Spätkomplikationen, insbesondere bei erneuten Embolien.