Zu den Perforationen von innen gehören auch iatrogene Perforationen im Rahmen einer Endoskopie des Dickdarms oder (sehr selten) des Dünndarms. Häufiger als bei einer diagnostischen Endoskopie entstehen solche Perforationen bei therapeutischen (interventionellen) Endoskopien, z. B. bei Durchführung einer Polypektomie.