Während Galerius gegen die Sassaniden kämpfte, konnte Diokletian eine Erhebung in Ägypten niederschlagen. Anführer dieser Rebellion waren Lucius Domitius Domitianus und ein Mann namens Achilleus. Über beide ist so gut wie nichts bekannt, aber Diokletian konnte diesen Aufstand, der vielleicht durch das neue Steueredikt entbrannt war, erst durch das Zusammenziehen starker Truppenkontingente beenden; Alexandria kapitulierte wohl im Frühjahr 298. Aufgrund der Bedrohung der Südgrenze Ägyptens durch die Blemmyer verlegte Diokletian die Grenze zum ersten Katarakt zurück; anschließend begab er sich wieder an die persische Grenze. Die besondere Bedeutung Afrikas für Diokletian zeigt sich auch darin, dass nach der Vereinheitlichung des römischen Münzsystems mit wenigen Motiven auf den Rückseiten (die Vorderseiten zeigten die Porträts der Kaiser) auch Münzen geprägt wurden, die an seinen Besuch in Karthago erinnern, auf denen eine personifizierte Karthago Früchte oder Früchtekörbe in beiden Händen hält.