Der Waldkauz wurde im Jahr 1758 durch Carl von Linné in seiner Systema naturae erstmals wissenschaftlich beschrieben. Die Art trägt bis heute die wissenschaftliche Bezeichnung, die ihr damals gegeben wurde. Der Waldkauz gehört zur Gattung Strix, die wiederum zur Familie Strigidae gehört. Abgesehen von den Schleiereulen umfasst diese Familie alle Eulen der Welt.