Mit der Vorstellung von Claris FileMaker Pro im Oktober 1990 sprang die Versionsnummer auf 1.0 zurück. FileMaker war zu dem Zeitpunkt das erste Datenbankprogramm, mit dem es möglich war, im laufenden Betrieb die Datenbankstruktur zu ändern, neue Datenfelder zu definieren und bereits existierende zu löschen. Ab Version FileMaker Pro 2 (1992) war FileMaker neben Mac OS auch für Windows verfügbar. Ab der Version 3.0 (1996) ist FileMaker ein relationales Datenbanksystem, in dem mehrere FileMaker-Dateien (Tabellen) miteinander relational verknüpft sein können. Mit der Version 4.0 (1997) verfügte FileMaker über ODBC-Import und rudimentäre SQL-Fähigkeiten sowie über eine eigene Plug-in-Architektur. Seit 1998 wird das Programm von dem eigens gegründeten, aus Claris hervorgegangenem Unternehmen FileMaker, Inc. hergestellt und vertrieben. 1999 erschien die Version 5, im Mai 2001 die Version 5.5, die erstmals neben dem klassischen Mac OS und Windows auch nativ unter dem Apple-Betriebssystem Mac OS X lief. Im September 2002 erschien die Version FileMaker 6. Darin unterstützte FileMaker erstmals Im- und Export von XML-Daten.