Nach dem gescheiterten italienischen Angriff auf Griechenland zu Beginn des Zweiten Weltkriegs gingen die Griechen im Winter 1940 zur Gegenoffensive über und besetzten am 6. Dezember auch Saranda. Im Oktober 1944 landeten 1200 britische Marinesoldaten an der Küste nördlich von Saranda, um die deutschen Truppen im Ort zu bekämpfen. Die kommunistischen Partisanen hatten aber bereits Saranda umzingelt und verlangten, dass die Briten das albanische Territorium wieder verließen. Bei den Kämpfen um die Stadt wurden die Reste des Klosters der vierzig Märtyrer zerstört. 1945 wurden 1520 Einwohner gezählt.