Aufgrund des bei BARF im Rohzustand verwendeten Futtermittels können sich vorhandene Krankheitserreger schnell verbreiten. Dabei stellen Zoonosen wie etwa Salmonellose, Escherichia-coli-Infektion, Bakterienruhr oder Campylobacter-Enteritis weniger eine Gefährdung für die Tiere selbst als vielmehr für die sie umgebenden Personen dar. Als besonders gefährdet gelten ältere Menschen, Kinder, Schwangere und Personen mit einer Immunschwäche. Die Universität Zürich veröffentlichte 2019 eine Untersuchung, welche 51 Futterproben verschiedener Anbieter analysierte. Es zeigten sich überdurchschnittlich erhöhte Werte an unterschiedlichen multiresistenten Bakterien. Unter anderem wurden bei 73 Prozent der Proben eine Grenzwertüberschreitung an Enterobakterien und bei 61 Prozent der Proben ESBL-produzierende Bakterien nachgewiesen. Die Autoren schlussfolgerten daraus, dass die BARF-Ernährung ein Gesundheitsrisiko für Menschen und Tiere darstellt.