Die 2004 erschienene Version 7 wurde neu programmiert, das gesamte Datenmodell revidiert und die Funktionalität erweitert. Version 7 unterstützte mehrere Tabellen pro Datei und Unicode. Ergänzend bzw. alternativ zu Beziehungen zwischen Dateien (ab Version 3.0-6) traten nun zusätzlich vielschichtige Relationen zwischen Tabellen innerhalb einer Datei. Mit Version 8 (2005) kam die Möglichkeit hinzu, eigene Funktionen definieren zu können. 2006 erschien die Version FileMaker Pro 8.5, die als neues Layoutobjekt über sogenannte Webviewer-Elemente HTML-Inhalte von Webseiten in FileMaker-Datenbanken direkt einbinden kann.