Das Biomineralisat Perlmutt besteht zu mindestens 95 % (Massenanteil) aus der anorganischen chemischen Verbindung Calciumcarbonat (CaCO3) in der Modifikation Aragonit. Bis zu fünf Prozent bestehen aus organischer Substanz. Das Aragonit liegt in Form pseudo-hexagonaler Plättchen mit 5–15 µm Durchmesser und 0,5 µm Höhe vor. Diese Aragonitplättchen sind horizontal (in der Schalenebene) zu einzelnen Schichten zusammengefügt. Vertikal (quer zur Schalenebene) sind die Plättchen bei Muscheln eher ziegelsteinartig alternierend, bei Schnecken eher in Stapeln angeordnet. Zwischen den einzelnen Plättchen erstreckt sich sowohl in der Schalenebene als auch senkrecht dazu die sogenannte organische Matrix.