Früher wurden die Goldhähnchen wegen ihrer äußerlichen Ähnlichkeit zu Arten der Gattung Laubsänger (Phylloscopus) der großen Familie der Zweigsänger (Sylviidae im alten Sinne) zugerechnet. Diese Familie hat sich jedoch durch neuere Forschung als reines Sammelbecken für äußerlich ähnliche, aber nicht immer durch engere Verwandtschaftsbeziehungen miteinander verbundenen Arten erwiesen (Papierkorb-Taxon, von engl. wastebin taxon). Auch im Fall der Goldhähnchen hat sich auf Basis molekulargenetischer Befunde mittlerweile gezeigt, dass keine engere Verwandtschaft zu den Laubsängern besteht. Neuere Untersuchungen haben dagegen gezeigt, dass die Goldhähnchen nicht einmal mehr in die Überfamilie der Sylvioidea oder die Parvordnung der Sylviida gestellt werden sollten. Eine vermutete Verwandtschaft mit den Meisen (Paridae) und der Überfamilie Paroidea hat sich molekulargenetisch ebenfalls nicht gezeigt. Näher sind die Goldhähnchen dagegen neueren Studien zufolge mit den Verwandten der Baumläufer (Certhioidea) aus der Überfamilie Certhioidea verwandt, die die Schwestergruppe der Goldhähnchen innerhalb der Fliegenschnäpper-Verwandten der Parvordnung Muscicapida bildet. In dieser neuen Systematik werden die Goldhähnchen auch als eigene Überfamilie mit dem Namen Reguloidea geführt.