Oft wurde Buchloe von schweren Brandunglücken heimgesucht. Im deutschen Bauernkrieg standen die Buchloer auf der Seite der Aufständischen, angeführt von dem Buchloer Sebastian Bader. Herzog Ludwig von Baiern, der einen Angriff der Buchloer Haufen auf seine Stadt Landsberg erwartete, ließ am 20. April 1525 als vorbeugende Maßnahme den Markt Buchloe plündern und in Asche legen. Bereits 1533, also acht Jahre nach dem Bauernkrieg, wütete wieder eine Feuersbrunst in Buchloe, die nochmals den halben Ort einäscherte und auch die Pfarrkirche Zu unserer lieben Frau zerstörte. 1546 kam während des Schmalkaldischen Krieges Schertlin von Burtenbach nach Buchloe, ließ den Ort ausplündern und Feuer legen.