In den Jahren 2005 und 2006 wurde das Warenhaus vollständig umgebaut und durch einen nördlich anschließenden Erweiterungsbau um eine Fläche von 13.600 Quadratmetern erweitert; Architektin war Ulrike Lauber. Nach der vollständigen Wiedereröffnung im Oktober 2006 umfasste der Oberpollinger zusammen mit dem baulich vom Stammhaus getrennten, knapp 200 Meter entfernten Karstadt Haus Oberpollinger am Dom nun eine Verkaufsfläche von 53.000 Quadratmetern und war damit kurzzeitig nach dem KaDeWe das zweitgrößte Warenhaus in Deutschland.