Große Bereiche der Rur und des Rurtals bis Linnich sind als Naturschutzgebiete ausgewiesen. Dabei handelt es sich um Oberes Rurtal mit den Felsbildungen der Ehrensteinley, Mittleres Rurtal mit den Felsbildungen der Perdsley und Wiselsley, Rurtal mit den Felsbildungen der Uhusley, Buntsandsteinfelsen im Rurtal zwischen Heimbach und Kreuzau, Rur in Jülich, Rurmäander zwischen Floßdorf und Broich, Buntsandsteinfelsen bei Blens und Rurtal von Abenden bis zum Einmündungsbereich der Rur ins Staubecken Obermaubach. Diese Gebiete sind teilweise auch als Fauna-Flora-Habitat-Gebiet ausgewiesen. Probleme gibt es an als Kletterfelsen genutzten Buntsandsteinfelsen im Rurtal bzw. in Nebentälern, wo der Lebensraum im Einstiegsbereich von Kletterrouten oder durch „Ausfegen“ von lockerem Geröll oder Felsvegetation degradiert wird oder verloren geht. Insbesondere wird das Vorkommen der Mauereidechse beunruhigt und Eiablageplätze an den Feldfüßen zerstört.