Die Toxoplasmose führt bei Immunsupprimierten (z. B. Neugeborenen, AIDS-Patienten oder Patienten nach allogener Stammzelltransplantation) zu Erkrankungsbildern, die bei Menschen mit intaktem Immunsystem nicht vorkommen. Besonders schwerwiegend ist die zerebrale Toxoplasmose, die sich in Form von großen raumfordernden Prozessen mit entsprechenden neurologischen Ausfällen äußern kann. Manchmal kann die Diagnosestellung schwierig sein, insbesondere die differenzialdiagnostische Abgrenzung zu ZNS-Lymphomen, die bei Immunsupprimierten ebenfalls um ein Vielfaches häufiger auftreten. Die Diagnose kann durch Nachweis der DNS des Erregers im Liquor mittels Polymerase-Kettenreaktion (PCR) oder direkte Hirnbiopsie gesichert werden. Nicht selten muss aber auf Verdacht hin behandelt werden. Medikamente der ersten Wahl sind die Kombination Pyrimethamin+Sulfadiazin (+Folinsäure zur Milderung von Nebenwirkungen des Sulfonamids), oder bei Sulfonamid-Unverträglichkeit die Kombination Clindamycin+Pyrimethamin (+ Folinsäure). Pyrimethamin ist auch in Kombination mit Makroliden wie Azithromycin oder Clarithromycin wirksam. Diese Kombinationen werden aber in den Behandlungsleitlinien nicht empfohlen. Die Therapiedauer beträgt mindestens 4 Wochen.