Origenes stand auch im Widerspruch zu seiner Zeit, was das Verhältnis Theologie zu Naturwissenschaften betrifft. Ein Beispiel sind seine Gedanken zum Stern von Betlehem. Als einer der ersten antiken Philosophen durchdachte er konkrete Möglichkeiten, welche astronomische Himmelserscheinung Anlass für den Bericht des Matthäusevangeliums (Mt. 2, 1–19) gewesen sein könnte. Er vermutete, dass die „Magoi aus dem Osten“ (im griech. Urtext „μάγοι ἀπὸ ἀνατολῶν“) chaldäische Sterndeuter gewesen seien, die ein Komet zur Reise nach Jerusalem bzw. Bethlehem veranlasst habe. Zwar zeigen frühchristliche Kunstwerke (wie etwa bei den Kopten und in Ravenna) die „drei Weisen“ in der entsprechenden persischen Tracht, doch eine Kometenerscheinung für das Gestirn wird erst durch Giotto di Bondone im ausgehenden Mittelalter populär.