Der Prozess wurde durch Hungerstreiks der Angeklagten erschwert, die damit auf den Prozess und insbesondere ihre verschärften Haftbedingungen aufmerksam machen und Erleichterungen diesbezüglich erreichen wollten. Nachdem die ersten beiden Hungerstreiks 1973 keine Auswirkungen auf die Haftbedingungen hatten, wurde Mitte September 1974 ein dritter Hungerstreik begonnen, der 145 Tage andauerte und an dessen Folgen Holger Meins starb. Die Angeklagten selbst sagten, dass sie sich im „Krieg gegen den Staat“ befänden. Aufgrund der u. a. durch den Hungerstreik herbeigeführten körperlichen Beeinträchtigungen, die in den ersten Verhandlungstagen zentrales Thema der Verhandlung waren, bestellte das Gericht vier Gutachter zur Untersuchung der Gefangenen. Sie stellten bei allen Gefangenen zahlreiche körperliche Beeinträchtigungen fest, die jedenfalls auch von den verschärften Haftbedingungen und der langen Untersuchungshaft herrührten und empfahlen eine Lockerung der Haftbedingungen sowie eine Begrenzung der täglichen Verhandlungszeit auf drei Stunden. Das Gericht hingegen schloss die Angeklagten aufgrund der neuen Gesetzeslage von der Verhandlung aus, weil diese die Verhandlungsunfähigkeit selbst herbeigeführt hätten durch die Hungerstreiks. Der Bundesgerichtshof bestätigte dies nach einer Beschwerde gegen diesen Beschluss, betonte aber, dass die Angeklagten immer dann, wenn sie an der Verhandlung teilnehmen wollten, dies dürften, soweit keine anderen Ausschlussgründe gegeben seien (beispielsweise Störung der Verhandlung durch die Angeklagten). Zudem stellte der Bundesgerichtshof nicht wie das OLG Stuttgart allein auf die Hungerstreiks als Ursache für die Verhandlungsunfähigkeit ab, sondern zentral auch auf die verschärften Haftbedingungen. Diese seien aber von den Gefangenen selbst zu verantworten, weil diese durch ihre weiteren Aktivitäten zur Aufrechterhaltung der RAF besondere, „isolierende Haftbedingungen“ notwendig machten.