Mehrfach versuchten Kommandeure von Kriegsgefangenenlagern im Reichsgebiet, die Arbeit der Einsatzgruppen zu behindern. Gut dokumentiert ist der Widerstand des Majors Meinel vom Wehrkreis VII, der sich beim OKW förmlich über eine zu „oberflächliche“ Prüfungspraxis beschwerte und 173 von 474 ausgesonderten Kriegsgefangenen zurückhielt. Meinel äußerte die Ansicht, das ganze Verfahren sei „vom soldatischen Standpunkt aus“ nicht zu billigen: „Wenn einmal ein feindlicher Soldat gefangen sei, dann sei er eben gefangen und dürfe nicht so ohne weiteres erschossen werden.“ Auch benötige man dringend jede Arbeitskraft. Überdies müsse man befürchten, dass die Rote Armee Vergeltung an den deutschen Kriegsgefangenen üben werde. Auf dringenden Wunsch des SD wurde Meinel wegen seiner „sonderbaren Einstellung“ Mitte 1942 von seinem Posten abberufen.