Nach der Oktoberrevolution wurde es von Geheimdienstgründer Felix Dserschinski für seine Zentrale beschlagnahmt. Alle seine Nachfolger und ihr Apparat residierten ebenfalls dort. Die Geheimdienstchefs Jeschow und Beria organisierten von ihrem Büro in der dritten Etage der Lubjanka aus die Stalinschen Säuberungen und die vermeintliche Aufdeckung der „Ärzteverschwörung“ gegen die russisch-jüdische Elite. 1972 wurde dem Geheimdienst das Haus zu klein und die Abteilung für Auslandsaufklärung zog in einen Neubau in Jassenewo im Südwesten Moskaus. Das Rechenzentrum des FSB (russischer Bundes-Geheimdienst) wurde in den 1990er Jahren in einem Gebäude unmittelbar neben der Lubjanka eingerichtet.