Im Februar 2019 wurde in den Medien berichtet, dass das Unternehmen in einer Krise sei.  Als Folge wurde die Expansion gedrosselt, mehr Filialen von Franchisenehmern betrieben und unprofitable Filialen geschlossen. 2018 wies das Unternehmen bei einem Umsatz von 372 Mio. Euro einen Verlust von 101 Mio. Euro aus. Der Vorstandsvorsitzende Cornelius Everke gab im August 2019 seinen Rücktritt bekannt. Nachdem sich die wirtschaftliche Lage im Laufe des Jahres 2019 weiter zugespitzt hatte, war das Unternehmen Ende März 2020 zahlungsunfähig. Anfang April 2020 beantragte Vapiano die Eröffnung eines Insolvenzverfahrens. In der Folge beantragte am 9. April 2020 auch die österreichische Tochter beim Handelsgericht Wien ein Sanierungsverfahren. Anfang Juni 2020 wurden 30 Restaurants bzw. Liegenschaften für 15 Millionen Euro an ein Konsortium unter Führung des ehemaligen Vapiano-Vorstandsmitglieds Mario C. Bauer verkauft. Die verkleinerte Restaurantkette trägt die Bezeichnung Vapiano als Markennamen und das Restaurantkonzept wurde optimiert.