Zu den o. g. Symptomen kommt es, weil FODMAPs im Dünndarm nur schlecht resorbiert werden. Sie wandern somit rasch in den Dickdarm, wo sie von Bakterien fermentiert (vergoren) werden. Als Nebenprodukt des Gärungsprozesses werden Gase, z. B. Wasserstoff, freigesetzt und führen zu den genannten Beschwerden, besonders wenn das Darmmikrobiom die zur Verdauung notwendigen probiotischen Bakterienstämme in nur geringen Mengen enthält, siehe Laktobazillen und Bifidobakterien.