In Rapperswil ist der Eishockey-Nationalliga-A-Club SC Rapperswil-Jona Lakers zu Hause. Die «Rosenstädter» stiegen Ende der Saison 2014/2015 aus der höchsten Schweizer Hockeyliga, der Nationalliga-A, ab. Zuvor war der Verein seit dem Aufstieg 1994 in der höchsten Schweizer Hockeyliga. Am 25. April 2018 stiegen die SCRJ Lakers gegen Kloten wieder in die höchste Spielklasse auf. Der Fussballverein FC Rapperswil-Jona, dessen 1. Mannschaft in der Challenge League spielt, wurde 1928 gegründet. Der Baseballclub Bandits wurde 2001 in Jona gegründet. Die 1. Mannschaft spielt seit 2016 in der Nationalliga A des Schweizerischen Baseballverbands (SBSF).