Mit bloßem Auge zeigt sich das Magengeschwür als runder Defekt mit flachem Rand. Länger bestehende Geschwüre zeigen oft einen durch Narbengewebe aufgeworfenen Rand. Nach Abheilung des Ulkus bleibt zunächst eine gefäßreiche rote Narbe zurück. Diese wird dann in eine bindegewebige, weiße Narbe umgebaut. Feingeweblich zeigen sich Zelltrümmer sowie eine fibrinoide Nekrose. In der frühen Heilungsphase zeigt sich eine charakteristische Vierschichtung. Im Ulkusgrund zeigen sich granulozytenreicher Schorf und eine fibrinoide Nekrose. Zum gesunden Gewebe hin zeigen sich kapillarreiches Granulationsgewebe und Narbengewebe. Im weiteren Verlauf der Heilung wächst vom Geschwürrand ein einreihiges Regeneratepithel ein. Es kann Jahre dauern, bis die ursprüngliche Drüsenarchitektur des Magens an der Stelle des Geschwürs wiederhergestellt ist. Eine örtliche Umdifferenzierung des Epithels als darmähnliche Metaplasie ist häufig. Ebenso wird bei der Ulkusheilung die Submukosa nicht wieder vollständig aufgebaut. Infolgedessen verschmelzen die Muskelschichten der Magenwand und des Magenoberflächengewebes. Daraus können sich Bewegungsstörungen des Magens ergeben.