Frisches und getrocknetes Bohnenkraut dient zum Würzen von Bohnengerichten, Hülsenfrüchten, Gemüsegerichten, Pilzen, Eierspeisen, Aufläufen, Füllungen, Marinaden, Salaten und Suppen. In der mediterranen Küche werden auch Fisch, Geflügel und andere Fleischgerichte mit Bohnenkraut gewürzt. Aufgrund der starken Würzkraft wird es sparsam verwendet und erst gegen Ende der Garzeit dazugegeben. Bohnenkraut hat einen würzig-aromatischen, pfeffrig-scharfen Geschmack und wirkt appetitanregend und verdauungsfördernd. Das Kraut harmoniert gut mit anderen mediterranen Kräutern wie Oregano, Rosmarin, Salbei und Thymian und ist Bestandteil vieler Gewürzmischungen, beispielsweise der französischen Mischung Kräuter der Provence und verschiedener bulgarischer Würzmittel mit dem Namen  Tschubritza.