Mit der einsetzenden Gegenreformation ab 1575 wurde das katholische Bekenntnis wieder zwingend; wer evangelisch bleiben wollte, musste seinen Glauben im Verborgenen leben oder auswandern. Erst das Toleranzpatent 1781 von Kaiser Joseph II. erlaubte die erneute Gründung evangelischer Gemeinden. Noch 1837 wurden evangelische Christen aus dem Zillertal ins Exil gezwungen. So lebten auch 2017 in Schwaz nur etwa 230 evangelische Christen, die 0,7 Prozent der Bevölkerung ausmachten.