Der Erreger des Schwarzkiefer-Triebsterbens, der Schlauchpilz Gremmeniella abietina, befällt die Rinde der Zirbelkiefer. Stammfäule-Erreger und Wurzelparasiten spielen keine nennenswerte Rolle. Der Erreger des Strobenrostes, Cronartium ribicola, befällt die Zirbelkiefer, richtet aber nur selten Schäden an.