Der Mauergecko bevorzugt trockene und steinige Habitate, wie Klippen, Steinmauern und Ruinen. Selbst in der Nähe menschlicher Siedlungen ist er häufig zu finden. Dort hat er sich als äußerst erfolgreicher Kulturfolger etabliert, der gerne an Häuserfassaden selbst inmitten einer Stadt entlang klettert. Bevorzugt werden dort vor allem alte Gemäuer mit vielen Rissen und Spalten, die den Tieren als Unterschlupf und Versteck dienen. Von einem sehr ungewöhnlichen Tagesunterschlupf berichtet Barts (2013), der einen adulten Mauergecko in einem Wespennest fand. Tlili et al. (2012) konnten Mauergeckos an Elektrizitätsmasten, Ruinen, kleinen Autobrücken, Landmarken und selbst in der unmittelbaren Nähe von Müll finden. Besonders zahlreich kann der Mauergecko in leerstehenden Häusern (Innen- und Außenwänden) und an alten Brunnen beobachtet werden. In der Nacht findet man ihn darüber hinaus regelmäßig in der Nähe von künstlichen Lichtquellen, da er dort nach angelockten Insekten jagt. Im Allgemeinen gilt der Mauergecko innerhalb der Gattung Tarentola als am stärksten anthropogen-assoziierte Spezies.