Den Höhepunkt dieser stufenweisen Offenbarung bildet die universale Offenbarung Christi. In Christus erscheint Gott, der bisher nur als der Herr in Erscheinung trat, als der Vater. Die Inkarnation des Logos war außerdem notwendig, da er nicht anders dem sinnlichen Aufnahmevermögen des Menschen verständlich würde; aber der innewohnende Logos blieb ein Mysterium, das nur durch seine Analogie dargestellt werden konnte, das in den Heiligen innewohnt. Origenes spricht von einem „bemerkenswerten Körper“ und nach seiner Ansicht wurde der Leichnam Jesu von Gott in einen ätherischen und göttlichen Körper umgewandelt, womit er sich dem Doketismus näherte, den er ansonsten ablehnte. Seine Vorstellung von der Seele Jesu ist gewissermaßen unsicher und schwankend. Er fragt, ob sie nicht ursprünglich mit Gott, aber vollkommen war und seine Emanation sei, und auf sein Gebot hin einen materiellen Leib angenommen habe. Er sah die Lösung der Schwierigkeit darin, dass er auf das Mysterium der göttlichen Regierungsgewalt über das Universum verwies.