Das Ursprungsgebiet der Tomate ist Mittel- und Südamerika, wobei die Wildformen von Nordchile bis Venezuela verbreitet und beheimatet sind. Die ursprüngliche Domestikation der Tomate ist nicht eindeutig geklärt: Es existieren die Peruanische Hypothese und die Mexikanische Hypothese. Die größte Vielfalt der in Kultur befindlichen Formen ist in Mittelamerika zu finden. Dort wurden Tomaten von den Maya und anderen Völkern etwa 200 v. Chr. bis 700 n. Chr. als Xītomatl (Nahuatl für ‚Nabel des dicken Wassers‘) oder kurz Tomatl (‚dickes Wasser‘) kultiviert. Samen wurden bei Ausgrabungen südlich von Mexiko-Stadt in Höhlen im Tehuacán-Tal gefunden.