Elektrophoretische Effekte wurden erstmals 1807 von Pjotr Iwanowitsch Strachow und Ferdinand Friedrich von Reuß untersucht. Die Elektrophorese wurde 1937 von Arne Tiselius entwickelt, als Methode mit der Kolloide in einer Trägerflüssigkeit in einem elektrischen Feld getrennt werden konnten ( ‚Elektrophorese mit beweglicher Grenzschicht‘). Tiselius erhielt dafür 1948 den Nobelpreis für Chemie. In den 1940er-Jahren wurden zunehmend feste Phasen zur besseren Trennung verwendet ( ‚Zonenelektrophorese‘), wie das Stärkegel von Oliver Smithies oder auch Filterpapier. Da diese zur mikrobiellen Zersetzung neigen, wurden in Folge auch andere Hydrogele verwendet, z. B. Agarose oder Polyacrylamid. Während in den 1950er-Jahren oftmals noch eine radiale Elektrophorese auf runden Scheiben durchgeführt wurde ( ‚Scheiben-Elektrophorese‘), werden heute fast ausschließlich rechteckige Gele verwendet ( ‚Gelplatten-Elektrophorese‘).