Papst Johannes XXIII. entschied sich gegen eine Veröffentlichung des dritten Geheimnisses von Fátima. Dieses wurde erst am 26. Juni 2000 in Rom durch Kardinal Joseph Ratzinger und Erzbischof Tarcisio Bertone bekannt gemacht. Der Inhalt beziehe sich nach Meinung mancher auf das Papstattentat vom 13. Mai 1981, welches sich am Jahrestag der ersten Erscheinung ereignete. Papst Johannes Paul II. besuchte seinen Attentäter Mehmet Ali Ağca 1983 im Gefängnis. Bei dem Gespräch soll dieser sich auf die Erscheinungen von Fátima bezogen haben, indem er Papst Johannes Paul II. mehrfach gefragt habe, welche Königin das denn gewesen sei, die seinen Tod verhindert habe.