Grünkern ist nach verschiedenen Berichten in Süddeutschland vor mehreren hundert Jahren erstmals hergestellt worden. Erstmals urkundlich erwähnt wird Grünkern im Jahre 1660 in einer Kellereirechnung des Klosters Amorbach. Er wurde schon damals als Suppeneinlage verwendet. Anfänglich wurde zum Trocknen noch die Restwärme der Backhäuser genutzt.