Die Hauptschwierigkeit der Fall-Kontroll-Studie an sich ist die korrekte Auswahl der Kontrollen – denn davon hängt letztlich die gesamte Aussagekraft der Studie ab. Werden für jeden Fall eine oder mehrere gleichaltrige Kontrollen vom selben Geschlecht und demselben Wohnort ausgewählt, schließt man zum vorneherein alles, das mit dem Geschlecht, dem Alter oder dem Wohnort zusammenhängt, als Risikofaktor aus. Dennoch müssen, wie vorhin erwähnt, Fälle und Kontrollen aus derselben Basispopulation stammen.