Am 4. Januar 1901 wurde Sir Alfred Milner zum Gouverneur von Transvaal und der Oranjefluss-Kolonie ernannt und wenig später als Lord Milner zum Peer. Sir Walter Hely-Hutchinson, der Gouverneur von Natal, wurde sein Nachfolger als Gouverneur der Kapkolonie. Das Amt des Hochkommissars in Südafrika wurde vom Amt des Gouverneurs getrennt und mit dem des Transvaal verbunden – ein Zeichen für die veränderten Bedingungen in Südafrika. Die Trennung der Kolonialisten in Anhänger der Buren-Staaten und Vertreter der britischen Verbindung spiegelte sich zum Nachteil des Staatswohls in den Parteien des Kap-Parlaments. Es gab den Vorschlag, die Verfassung aufzuheben, aber dieses Vorgehen erschien zu drastisch. Die Progressive Party, in der die Befürworter einer dauerhaften Ansiedlung unter britischer Flagge versammelt waren, verlor ihren Anführer und Südafrika seinen führenden Staatsmann, als Cecil Rhodes im Mai 1902, wenige Wochen vor dem Kriegsende, starb.