Die Bedeutung von Präriehunden als Krankheitsüberträger wurde meistens übertrieben, um Begründungen für die Ausrottungskampagnen zu liefern. Dennoch sind Präriehunde in einigen Regionen im Südwesten der USA mögliche Träger der Pest. 2003 gab es eine aufsehenerregende Affenpocken-Epidemie in den USA, die tatsächlich durch Präriehunde verbreitet wurde. Die Verursacher waren hier aus Zoogeschäften entlaufene afrikanische Riesenhamsterratten, die die Infektion auf die Präriehunde übertragen hatten.