Innerhalb der Nachtschatten (Solanum) wird die Tomate in die Untergattung Solanum und innerhalb dieser in die Sektion der Tomaten (Solanum sect. Lycopersicon) eingeordnet. Innerhalb dieser Sektion bildet die Art zusammen mit Solanum pimpinellifolium, Solanum cheesmaniae und Solanum galapagense, die alle rot- bis orangefarbene Früchte ausbilden, die Lycopersion-Gruppe.