Bei der Grundschleppnetzfischerei werden der Meeresgrund und die darauf lebenden Wesen zerstört, darunter Riffe aus Kaltwasserkorallen, die an den Kontinentalrändern in Tiefen von mehr als 200 m in sonst artenarmen Regionen wichtige Habitate bilden und „Kinderstube“ für wichtige Fischarten sind. Schleppnetzfischerei vernichtet wahrscheinlich auch bisher noch unbekannte und nicht entdeckte Tierarten und gefährdet die Artenvielfalt. Laut eines 2020 veröffentlichten Berichts, der im Zuge der Meeresstrategie-Rahmenrichtlinie von der Europäischen Kommission erstellt wurde, werden ungefähr 43 % der europäischen Schelf-/Hanggebiete und 79 % des Küstenmeeresbodens als physikalisch gestört betrachtet, was hauptsächlich auf die Schleppnetzfischerei zurückgeführt wird. Durch das Fanggeschirr werden außerdem organische Kohlenstoffverbindungen aus der aufgewühlten Sedimentschicht am Meeresboden freigesetzt und zu klimaschädlichem Kohlendioxid umgewandelt. Dadurch versauern die Ozeane schneller, außerdem können die Meere dann weniger CO₂ aus der Luft aufnehmen. Das wiederum verstärkt den Treibhauseffekt, weil Meere der größte CO₂-Speicher der Erde sind.