Ein weiteres wichtiges Thema in Kolbermoor ist der Hochwasserschutz. Kolbermoor liegt großteils im Hochwassergebiet der Mangfall. Ein Jahrhunderthochwasser würde fast das gesamte Stadtgebiet südlich des Bahndamms überfluten. Am 23. August 2005 blieb das Mangfallgebiet nur knapp von einem größeren Hochwasser verschont. Von daher werden große Anstrengungen unternommen, die Deiche zu ertüchtigen. Die Arbeiten sollten 2012 beendet sein. Die Arbeiten westlich der Stadt im Bereich Aiblingerau wurden 2010 abgeschlossen.