Bei der Realisierung des JK-Flipflops als taktzustandsgesteuertem Master-Slave-Flipflop muss als wesentliche Einschränkung beachtet werden, dass sich in der Transparenzphase des Masters die Zustände der beiden Eingänge J und K nicht mehr ändern dürfen. Damit liegt kein rein zustandsgesteuertes Flipflop vor. Dieser Nachteil ist ein Grund, warum sie als Master-Slave-Flipflops in komplizierteren Digitalschaltungen nur noch selten verwendet werden und durch flankengetriggerte Flipflops ersetzt werden, die diesen Nachteil nicht aufweisen.