Saalfeld ist ein Eisenbahnknotenpunkt. Die Stadt verfügt über den Bahnhof Saalfeld (Saale) als wichtigsten Knotenpunkt Ostthüringens. RegionalExpress-Züge verkehren von Saalfeld nach Jena, Leipzig, Gera und Nürnberg sowie Regionalbahnen nach Erfurt, Naumburg, Gera, Bad Lobenstein–Blankenstein und Lichtenfels. Die Bahnstrecke nach Sonneberg über Probstzella wurde 1997 stillgelegt und die Bahnstrecke nach Hof 1945 von der innerdeutschen Grenze unterbrochen. Sie wird heute nur noch bis Blankenstein befahren, allerdings ist ein Wiederaufbau eines fünf Kilometer langen Abschnitts der Höllentalbahn in der Diskussion.