Traditionellerweise wird zum Käsefondue trockener Weißwein (in der Schweiz bevorzugt Fendant, in Frankreich Wein aus Savoyen) oder Tee getrunken. Oft wird zum Fondue ein Schnapsglas mit Kirschwasser gereicht, das – ein populärer Irrtum – als Mittel gegen schwer im Magen liegenden Käse getrunken wird. Wenn die Käsemasse zu dickflüssig ist, kann Natriumbicarbonat (oder Natron) in kleiner Menge beigefügt werden. Dieses bildet mit der Flüssigkeit Kohlensäure im Fondue und macht es luftiger und leichter bekömmlich.