Ein weiterer an der Schleppnetzfischerei geübter Kritikpunkt ist der hohe Anteil des Beifangs (80–90 %), der durch die Benutzung von Schleppnetzen entsteht. Darunter fallen sowohl Jungfische als auch andere (Fisch)arten und Cetacea (Wale und Delphine), die in den Netzen ertrinken. Mit neuen Netzen und selektivem Fischfang könnten die Fischer den unerwünschten Beifang weitgehend vermeiden.