Der größte Unternehmensumbruch aber war der Aufkauf aller Hapag-Lloyd-Aktien 1997. Dadurch kam das Geschäftsfeld Containerschifffahrt hinzu, die sich zum zweiten Standbein des Unternehmens entwickelte. Vor allem durch den Erwerb der Hapag-Lloyd stieg die Preussag in die wachsende Touristikbranche ein. 1998 trennte sich die Preussag wieder von der Preussag Stahl, die man als Salzgitter AG an die Börse brachte. Durch weitere Zukäufe gehörte 1999 die TUI komplett der Preussag. Im selben Jahr kaufte die Preussag 24,9 % der Thomas-Cook-Aktien; gleichzeitig fusionierten Thomas Cook und der britische Teil des Reisegeschäftes der Carlson Leisure Group zur Thomas Cook Holdings; als Folge der Fusion hielt die Preussag  einen Anteil von 50,1 %. In Deutschland kaufte die Deutsche Babcock wiederum 50 Prozent der HDW-Anteile, wodurch die Preussag 30 Prozent an der Deutschen Babcock erhielt. Ebenfalls 1999 verkaufte man die Preussag Anthrazit GmbH an die Deutsche Steinkohle AG der RAG Aktiengesellschaft. Mit dem Kauf der britischen Thomson Travel Group im Jahr 2000 wurde das Unternehmen zum weltweit größten Touristikkonzern. Dadurch wurde etwa 70 Prozent des europäischen Reisemarktes abgedeckt.