Das Blaukehlchen wurde lange in eine eigene Gattung Cyanecula oder Cyanosilvia gestellt und die Unterarten oftmals als eigene Arten beschrieben. Später wurde es bisweilen in die Gattung Erithacus und schlussendlich in die Gattung Luscinia eingeordnet, die aus mehreren Superspecies und einigen eigenständigen Arten besteht. Eine solche Art ist das Blaukehlchen, das auch in eine monotypische Untergattung Cyanosilvia eingeordnet wird, deren Status – wie überhaupt die phylogenetischen Verhältnisse innerhalb der Gattung – nicht vollständig geklärt ist.