Die Auswahl und Vergleichbarkeit der Kontrollen sind wichtige Kriterien zur Sicherstellung der Validität der Fall-Kontroll-Studie. Damit vergleichbare Expositionsannahmen getroffen werden können, sollten die Fälle und Kontrollen der gleichen Basis-Population angehören. Die beste Möglichkeit, um eine Vergleichbarkeit sicherzustellen, ist die Auswahl der Kontrollen mithilfe des Bevölkerungsansatzes. Die Kontrollen werden dabei einer Zufallsstichprobe entnommen, die dabei derselben Population angehören wie die Fälle. Die Auswahl kann beispielsweise durch zufällig ausgewählte Telefonnummern derselben Region erfolgen. Ebenfalls gut vergleichbar sind Fälle und Kontrollen aus einer Kohorte. In dem Fall wird die Studie eingebettete Fall-Kontroll-Studie genannt. Insgesamt sollten Fälle und Kontrollen dieselben Einschlusskriterien erfüllen wie beispielsweise Region oder Alter.