Die wichtigsten Zuflüsse der Loisach sind rechtsseitig der Hammersbach aus dem Höllental, die Partnach bei Garmisch-Partenkirchen, die aus Karstquelltöpfen stark einspeisenden Bäche Kuhflucht bei Farchant, Röhrlbach und Lauterbach bei Oberau und der Mühlbach bei Eschenlohe sowie die Eschenlaine bei Eschenlohe, die Kaltwasserlaine bei Ohlstadt und der von der Benediktenwand kommende Lainbach. Linksseitig erhält die Loisach einen nennenswerten Zufluss bei Griesen von der Neidernach, bei Oberau vom Gießenbach und bei Murnau über die Ramsach, die das gesamte Murnauer Moos entwässert.