Nach der Reformation und dem Verlust des Deutschordenslandes wurde der Hauptsitz des Ordens nach Mergentheim verlegt, das zur Deutschordensballei Franken gehörte. Dessen Kammergut war das Meistertum Mergentheim. Auch wenn die Hochmeister hier nicht unbedingt residierten, so war im dortigen Deutschordensschloss doch die Hauptverwaltung des Ordens; heute befindet sich dort das Deutschordensmuseum. Erst die Säkularisation brachte eine neue Verlegung des Hauptsitzes mit sich. Nachdem Mergentheim 1809 an das Königreich Württemberg gelangt war, wurde der neue Sitz des Hochmeisters in demselben Jahr in Wien im Deutschordenshaus angesiedelt, wo er sich bis heute befindet, bis 1945 mit Zweitsitz auf dem mährischen Schloss Freudenthal.