Nach der dritten bayerischen Landesteilung gehörte Dingolfing zuerst zum Straubinger Teilherzogtum und fiel mit dessen Ende 1425 an Linie Bayern-Ingolstadt. Mit deren Aussterben wiederum (1447) gelangte Dingolfing unter die Herrschaft der sogenannten „Reichen Herzöge“ von Bayern-Landshut und verblieb dort bis auch diese Linie des Hauses Wittelsbach 1503 mit Georg von Landshut im Mannesstamm erlosch. Der Landshuter Erbfolgekrieg sicherte der Münchener Linie der Wittelsbacher den Großteil des Landshuter Erbes, darunter auch Dingolfing, das damit zum nunmehr wiedervereinigten gesamtbayerischen Herzogtum gehörte. Während des Spätmittelalters, insbesondere während der Zugehörigkeit zum Landshuter Teilherzogtum erlebte die Stadt eine wirtschaftliche Blütephase, wovon die stattliche Kirche St. Johannes (Grundsteinlegung 1467) Zeugnis ablegt. Nach wirtschaftlichem Niedergang im 17. Jahrhundert und einer schwedischen Besatzung und Plünderung im Dreißigjährigen Krieg brachte der Österreichische Erbfolgekrieg 1743 eine Katastrophe über die Stadt. Im Zuge von Kampfhandlungen zwischen feindlichen österreichischen Truppen einerseits und den verbündeten Franzosen andererseits gingen große Teile der Stadt in Flammen auf. Die Stadt konnte sich von diesem Schlag nur sehr langsam erholen und versank in weitgehende Bedeutungslosigkeit. Den Zweiten Weltkrieg überstand die Stadt ohne Schäden. Lediglich die Brücke über die Isar wurde von der abziehenden Wehrmacht gesprengt.