Indometacin wird vorwiegend zur symptomatischen Therapie bei rheumatischen Erkrankungen (beispielsweise Rheumatoide Arthritis, Morbus Bechterew), zur Prophylaxe gegen periartikuläre Ossifikation (PAO) bei Hüftgelenksoperationen sowie beim akuten Gichtanfall angewendet. Dabei entsprechen sich 50 mg Indometacin und 600 mg Acetylsalicylsäure in ihrer Wirkungsstärke. Weitere Anwendungsgebiete sind die Behandlung der episodischen und der  chronischen paroxysmalen Hemikranie und der Hemicrania continua. Für diese Kopfschmerzerkrankungen ist die Wirksamkeit von Indometacin ein Diagnosekriterium.