Die Bevölkerung der Stadt Gera gehörte anfangs zum Bistum Naumburg. Das Stift Quedlinburg erließ wohl schon vor 1200 eine Kirchenordnung für die Stadt. Gera war Sitz eines Dekanats innerhalb des Archidiakonats Zeitz. 1533 wurde die Reformation eingeführt, nach der die Stadt über viele Jahrhunderte eine fast ausschließlich protestantische Stadt war, wobei das lutherische Bekenntnis vorherrschte. Die Kirche teilte die Geschicke der Landesherren von Reuß: Die kleine „Evangelisch-Lutherische Kirche des Fürstentums Reuß jüngere Linie“, deren Sitz sich in Gera befand, schloss sich 1920 mit sechs anderen Landeskirchen Thüringens zur „Thüringer Evangelischen Kirche“ zusammen, aus der sich später die Evangelisch-Lutherische Kirche in Thüringen entwickelte. Seit 2009 ist Gera Teil der fusionierten Evangelische Kirche in Mitteldeutschland. Innerhalb dieser Landeskirche ist Gera Sitz eines Regionalbischofs für den Propstsprengel Gera-Weimar sowie innerhalb dessen auch Sitz eines Superintendenten für den Kirchenkreis Gera. Die heute bestehenden 13 evangelisch-lutherischen Kirchengemeinden beziehungsweise Pfarrämter gehören somit alle zur Superintendentur Gera.