Der Riesenmanta wurde 1792 unter dem wissenschaftlichen Namen Raja birostris durch den deutschen Naturforscher Johann Julius Walbaum beschrieben. 1829 führte der englische Zoologe Edward Nathaniel Bancroft die Gattung Manta ein. Da sowohl die morphologische als auch die genetische Merkmalsausprägung der Gattung Manta innerhalb des für die Gattung Mobula angegebenen Bereichs liegt, wurde die Gattung Manta im Juni 2017 mit Mobula synonymisiert, der Riesenmanta hat jetzt also die wissenschaftliche Bezeichnung Mobula birostris.