Meritaton heiratete nach ihrer Thronbesteigung Semenchkare, dessen Identität unbekannt ist, der aber vermutlich einer Seitenlinie des Königshauses entstammte. Eine von Anfang an umstrittene und mittlerweile überholte Theorie besagt, dass Nofretete entgegen allen bisherigen Annahmen Echnaton überlebt hat und nach ihm unter dem Namen Semenchkare den Thron bestieg. Die Darstellung von Nofretete als Schutzgöttin ihres verstorbenen Gatten an den Ecken des in Fragmenten erhaltenen und wieder rekonstruierten Steinsarkophags von Echnaton (im Garten des Ägyptischen Museums in Kairo) und ein kleines Relief, auf dem Nofretete beim Erschlagen von Feinden dargestellt wird, wurde dahingehend interpretiert, dass sie nach dem Tode Echnatons sogar eine kurze Zeit lang Ägypten allein regiert habe. Es wird zum Teil immer noch behauptet, dass Semenchkare in Wirklichkeit weiblich war (vgl. Cyril Aldred). Überdies enthielten sowohl der Semenchkare zugeordnete Thronname (Anch-cheperu-Re) als auch sein Eigenname den Zusatz „meri-wa-en-Re“ (Geliebt vom einzigen des Re), wobei „wa-en-Re“ Bestandteil von Echnatons Thronname ist. Mittlerweile wird aber von der seriösen Forschung nicht mehr in Frage gestellt, dass Nofretete einige Jahre vor Echnaton verstarb. Als Zeitpunkt geben einige Quellen das 12. Regierungsjahr, andere Quellen das 14. Regierungsjahr von Echnaton an. Im Dezember 2012 wurde bekannt, dass eine Inschrift in einem Steinbruch bei Dair al-Berscha, nördlich Amarnas, gefunden wurde, in der Nofretete als die herrschende Königin genannt wird. Sie wurde aufgeschrieben am 15. Tag des Dritten Monats der Überschwemmungsjahreszeit des 16. Regierungsjahres des Echnaton. Die dritte Zeile beginnt mit den Worten „Große Königliche Gemahlin, seine Geliebte, Herrin der Beiden Länder, Neferneferuaton Nefertiti“.