Arapaimas sind durch Überfischung gefährdet. Die IUCN kann aber keine Gefährdungsstufen angeben, da keine ausreichenden Daten vorliegen. In Bolivien, wo die Arapaimas gigas um 1976 aus Peru eingeführt wurden, gelten sie als invasive Art, die möglicherweise für seither zu beobachtende starke Rückgänge heimischer Fischarten in einigen Flussabschnitten verantwortlich ist und deren Bestand langfristig gefährden könnte. Die bolivianische Regierung und mehrere Forschungsorganisationen veröffentlichten 2017 eine umfangreiche Studie zu den ökologischen und sozioökonomischen Effekten der Spezies in Bolivien.