Stephen Gately verstarb am 10. Oktober 2009 während eines Urlaubs auf Mallorca an einem Lungenödem, einem Symptom seiner erst post-mortem diagnostizierten seltenen Herzerkrankung SADS (Sudden Arrhythmic Death Syndrome, siehe auch Plötzlicher Herztod). Die genaue Erkrankung Gatelys blieb unbekannt, bei seiner Schwester Michelle wurde allerdings das erbliche Long-QT-Syndrom diagnostiziert, welches auch für Stephen angenommen wird. Sie rief im Gedenken an ihren Bruder eine Stiftung zur Aufklärung und Erforschung von SADS ins Leben. Stephen Gately wurde am 17. Oktober 2009 in seiner Heimatstadt Dublin beigesetzt.