Im Mittelalter war die St.-Gallus-Kirche Pfarrkirche von Pappenheim. Mit der Reformation kam es im Laufe des 16. Jahrhunderts zu einer Verbreitung der lutherischen Lehre und schließlich war Pappenheim ganz überwiegend evangelisch geprägt. Seit der Reformation diente die Stadtkirche St. Marien als Hauptkirche. Pappenheim ist Sitz des evangelischen Dekanats gleichen Namens.