Das Wort ‚Shotacon‘ ist ein Silbenkurzwort, das sich von Shōtarō Complex (, Shōtarō konpurekkusu) ableitet. ‚Shōtarō‘ ist dabei eine Referenz zu dem gleichnamigen, jungen, männlichen Charakter Shōtarō () aus dem Manga Tetsujin 28-gō von Mitsuteru Yokoyama aus den Jahren 1956–1966. Innerhalb des Mangas war Shōtarō ein gewitzter, selbstbewusster Detektiv, der stets Verbrechern auf die Schliche kam. Mit fortschreitender Handlung fand er zahlreiche enge Freunde, in deren Umfeld er durch seine Niedlichkeit als Bishōnen auffiel. Letztendlich führte dies dazu, dass sich sein Name als Begriff in Fankreisen etablierte und als Chiffre für die Zuneigung zu minderjährigen Jungen interpretiert wurde.