Die Köcherfliegen werden auf der Basis der Anzahl der Glieder der Kieferntaster in zwei Unterordnungen aufgeteilt: Die Aequipalpia oder Annulipalpia besitzen fünfgliedrige Palpen, bei den Inaequipalpia oder Integripalpia sind die Palpen zwei- bis viergliedrig. Verschiedene Taxonomen unterscheiden eine dritte Unterordnung Spicipalpia mit vier Familien, sie entspricht der Überfamilie Rhyacophiloidea in der Übersicht. Während die Abgrenzung der übrigen Unterordnungen relativ klar erscheint, besteht über die Position dieser vier Familien im Stammbaum große Uneinigkeit.