In den 1950er und 1960er Jahren kam es zum Konflikt um das Jordanwasser. Im Sechstagekrieg zwischen Israel und den arabischen Staaten 1967 verlor Jordanien seine gesamten Gebiete westlich des Jordans an Israel. Weitere 400.000 Menschen, vor allem aus dem Westjordanland, kamen zusätzlich ins Land, nachdem Jordanien bereits 1949 400.000 Flüchtlinge hatte aufnehmen müssen. Die Herausforderung durch die Palästinensische Befreiungsorganisation, die in den Flüchtlingslagern eine Art „Staat im Staate“ bildete und die Monarchie bedrohte, führte 1970/71 zum offenen Bürgerkrieg, in dem König Hussein im „Schwarzen September“ die militärischen Einheiten der von Syrien unterstützten PLO gewaltsam zerschlug. Aus dem israelisch-arabischen Jom-Kippur-Krieg 1973 hielt sich Jordanien weitgehend heraus. Lediglich eine jordanische Freiwilligenbrigade wurde nach Syrien geschickt, um auf syrischem Gebiet gegen israelische Truppen zu kämpfen. Nach ersten Signalen 1974 gab König Hussein 1988 endgültig alle Ansprüche auf das Westjordanland zugunsten der PLO auf. Die eindeutige Parteinahme Jordaniens für den Irak im Vorfeld des Zweiten Golfkriegs 1991 führte zu Spannungen mit Syrien, den USA und den arabischen Golfstaaten. Dennoch gelang König Hussein 1994 der Abschluss des Friedensvertrages mit Israel, wobei Jordanien nochmals auf alle Gebiete westlich des Jordan verzichtete. Heute ist Jordanien der engste Verbündete Israels in der arabischen Welt.