Das nordamerikanische Rubingoldhähnchen unterscheidet sich sowohl durch Körpergröße (9–11 cm) als auch durch die rubinrote Färbung der „Krone“ von den anderen Arten deutlich und wird daher nach neuerer Systematik in die  eigene Gattung Corthylio gestellt. Insbesondere zum Indianergoldhähnchen, der anderen nordamerikanischen Goldhähnchenart, mit dem es weite Teile des Verbreitungsgebietes gemein hat, besteht keine besonders nahe Verwandtschaft. Dies wird auch durch molekulargenetische Untersuchungen bestätigt, die das Rubingoldhähnchen als phylogenetisch basal in der Familie Regulidae angeben.