Aufgrund seiner Wirkung auf den Acetylcholin-Stoffwechsel kann Donepezil pharmakodynamische Wechselwirkungen mit anderen Arzneistoffen mit Wirkungen auf das Acetylcholinsystem zeigen. Dazu zählen insbesondere Muskelrelaxantien, wie Succinylcholin, Anticholinergika und Acetylcholin-Agonisten. Pharmakodynamische Wechselwirkungen mit Betablockern sind ebenfalls möglich.