Während der Edo-Zeit gab es fünf große Straßen, die alle von der Brücke Nihombashi ausgingen. Entlang dieser Straßen entstanden Hotels, in denen Postbeamte die Pferde ihrer Postkutsche ausruhen lassen konnten. Auch an der Koshu-Straße, die als eine der fünf Straßen nach Kōfu führte, entstanden diese, jedoch gab es eine Stelle, an der zwei Hotels in größerem Abstand zueinander standen. Daher gab der Daimyo Naito den Aufruf, ein weiteres Hotel zu bauen, das daraufhin den Namen „Naito-Shinjuku“ (dt. Neues Naito-Hotel) erhielt. Als aus der Gegend 1947 eine Stadt wurde, übernahm man den Namen „Shinjuku“.