Für eine Fall-Kontroll-Studie wählt man die Fälle aufgrund der Krankheit und nicht der Exposition aus. Zur Auswahl gibt es unterschiedliche Quellen wie beispielsweise Krankenhauspatienten oder Patienten aus dem Niedergelassenenbereich. Um zu verhindern, dass die entdeckten Risikofaktoren lediglich auf ein spezielles Krankenhaus zurückzuführen sind, ist es ratsam, Fälle aus verschiedenen Krankenhäusern oder Bundesländern auszuwählen. Ebenfalls muss bei der Selektion der Fälle festgelegt werden, ob neue (inzidente) oder bereits existierende (prävalente) Fälle einbezogen werden. Bei Fall-Kontroll-Studien ist zu empfehlen, Inzidenzfälle einzubeziehen, denn bei Prävalenzfällen besteht die Gefahr, dass der entdeckte Risikofaktor auf einen Zusammenhang mit dem Überleben hinweist und nicht auf den Grund der Erkrankung. Wenn beispielsweise die Vielzahl der Erkrankten kurz nach der Diagnose versterben sollte, werden diese Patienten in der Untersuchung mit prävalenten Fällen unterrepräsentiert sein und letztlich das Ergebnis verzerren. Bei inzidenten Fällen ist jedoch festzuhalten, dass der Zeitraum, in dem eine Neuerkrankung auftritt, gegebenenfalls länger dauert als bei prävalenten Fällen.