Wie Butrint wurde auch Saranda während der Völkerwanderung im Jahr 551 zerstört. Im Mittelalter hatte die Hafenstadt meist keine große Bedeutung und wurde wiederholt zerstört und geplündert. Vom Beginn des 15. Jahrhunderts an war Saranda nahezu 500 Jahre Teil des Osmanischen Reiches, gehörte zum „Sandschak von Delvina“ und erlebte einen Niedergang. 1878 brannten griechische Nationalisten aus Korfu die Stadt nieder.