Als Reaktion auf bewaffnete Aufstände nach der Verhaftung des Bünzer Komitees beschloss der Grosse Rat am 13. Januar 1841 die Aufhebung aller aargauischen Klöster, so auch des Klosters Wettingen, wodurch er den Aargauer Klosterstreit auslöste. Die Mönche erhielten 48 Stunden Zeit, um das Kloster zu verlassen und bezogen schliesslich am 8. Juni 1854 die Reste des alten Benediktinerklosters Mehrerau in Bregenz (heute Territorialabtei Wettingen-Mehrerau). Alle Klostergüter gingen in Staatsbesitz über, und die umfangreichen Bestände der Klosterbibliothek überführte man in die Kantonsbibliothek in Aarau.