Das Genom des Rhesusaffen ist innerhalb des Zellkerns in 21 Chromosomenpaare organisiert, einschließlich eines Paars Geschlechtschromosomen. Das vollständige Genom wurde erstmals 2007 analysiert; es besteht aus 3.097.370.727 Basenpaaren. Die Anzahl der Gene (zunächst auf 30.000 geschätzt) ist noch unbekannt.