Da das Transliterationssystem für alle Keilschriftsprachen gemeinsam ist und Homophone aus allen Sprachen gleichzeitig berücksichtigen muss, ergeben sich insgesamt sehr viele Zeichen mit gleicher Lesung und eine entsprechend hohe Dichte an Akzenten und Indexziffern bei der Umschreibung zusammenhängender Texte. So ist im Sumerischen zum Beispiel das Zeichen gu10 recht häufig (u. a. Possessivpronomen „mein“), obwohl im Sumerischen selbst die meisten der gu-Zeichen mit niedrigerem Index (gu, gú, gù, gu4, gu5, … gu9) nicht oder wenig gebräuchlich sind. Es ist einmal der Vorschlag gemacht worden, ein rein auf das Sumerische beschränktes Transliterationssystem zu entwickeln, was die Umschrift dieser Sprache von Zusatzzeichen entlasten würde, aber den Vorteil der Verwendbarkeit für alle Keilschriftsprachen aufgäbe.