Abgepumpte Muttermilch sollte bei Raumtemperatur innerhalb von 6 Stunden verbraucht werden. Gekühlt ist sie wie jegliche nicht-pasteurisierte Frischmilch maximal 5 Tage im Kühlschrank (bei 4 °C) haltbar, da die Keimbelastung bei steigender Lagerdauer zunimmt. Sie kann bei −20 °C eingefroren werden, verliert dabei jedoch einen Großteil ihrer Antioxidantien.