Der internationale Meteorologen-Kongress von Rom 1879 erklärte es als notwendig, auf geeigneten, möglichst frei zugänglichen Bergspitzen Wetterstationen zu errichten. Diesem Wunsch wurde von Schweizer Seite durch die Errichtung der Säntis-Station entsprochen. Die vorgelagerte Position nördlich des Alpenhauptkamms erwies sich als besonders günstig. Eine besondere Herausforderung war das Erstellen der hierzu notwendigen Telegrafenleitung. Die Wetterstation wurde am 1. September 1882 in Betrieb genommen. Die Apparate hatte man im Gasthaus eingerichtet, wo sich die Unterkunft des Wetterwarts befand. Am 3. Oktober 1887 wurde die in massiver Bauweise erstellte Wetterwarte nahe dem Gipfel eingeweiht. Auf den Gipfel führte ein unterirdisch angelegter, in den Felsen gesprengter Gang. Dies ermöglichte eine ungefährliche Beobachtungstätigkeit.