Mit der Neufassung 2009 wurde zudem die 2002 begonnene Umgestaltung des Wasserhaushaltsgesetzes nach den Vorgaben der europäischen Wasserrahmenrichtlinie abgeschlossen, die in nationales Recht umgesetzt werden musste. Die Richtlinie schreibt vor, dass die Gewässerbewirtschaftung nach Einzugsbereichen der Flüsse (Flussgebietseinheiten) organisiert wird. Dies ist ein Abgrenzungskriterium, das auf die politischen Ländergrenzen keine Rücksicht nimmt.