Der Spieler übernimmt die Rolle des Waylon Park, System-Administrator der Murkoff Corporation. Zu Beginn des Spiels schreibt Waylon eine anonyme Mail an Miles Upshur - jene Nachricht, welche Letzerer zu Beginn von Outlast liest, und welche ihn auffordert, die Irrenanstalt aufgrund der illegalen Experimente, die die Murkoff Corporation an den Patienten durchführt zu untersuchen. Nachdem Waylons Verrat von seinem Vorgesetzten, Jeremy Blaire, entlarvt wird, wird er als Strafmaßnahme in die verwahrloste Anstalt verbannt, die nach der Übernahme der Kontrolle über den Walrider durch Billy Hope, zunehmend von Chaos und Zerstörung beherrscht wird.