Am 28. Februar 2013 wurde Evernote Opfer eines Hackerangriffs. Das Unternehmen setzte daraufhin alle Passwörter der 50 Millionen Nutzerkonten zurück. Nach Informationen des Dienstes konnten Benutzernamen, E-Mail-Adressen und verschlüsselte Passwörter ausgelesen werden, jedoch hatten die Angreifer keinen Zugriff auf die gespeicherten Daten der Nutzer. Als Konsequenz aus dem Vorfall führte Evernote eine Zwei-Faktor-Authentifizierung ein, mit der sich das Konto zusätzlich absichern lässt.