Wettingen war nun ein Bauerndorf mit dem 1847 eröffneten Lehrerseminar Wettingen in den Räumlichkeiten des ehemaligen Klosters. Die erste Eisenbahnlinie der Schweiz, die Spanisch-Brötli-Bahn, nahm ihren Betrieb am 9. August 1847 auf. Zunächst führte sie jedoch am linken Ufer der Limmat entlang, auf der anderen Flussseite. 1858 entstand neben dem ehemaligen Kloster eine Spinnerei. Auf Wunsch des Fabrikbesitzers verlegte die Schweizerische Nordostbahn das Trassee in diesem Abschnitt auf die rechte Seite der Limmat, und Wettingen erhielt 1876 einen Bahnhof an zentraler Lage zwischen Klosterbezirk und Dorf. Die Eröffnung der Nationalbahn nach Zofingen war am 6. September 1877, der Abschnitt nach Winterthur folgte einige Wochen später am 15. Oktober. Als Konkurrenz dazu war am 1. Oktober desselben Jahres die Bülach-Baden-Bahn eröffnet worden; diese wurde jedoch bereits am 18. Januar 1937 stillgelegt.