Der hauptsächliche Vorteil der Fall-Kontroll-Studien liegt darin, rasch Ergebnisse zu liefern, und bei seltenen Erkrankungen anwendbar zu sein, während bei Kohortenstudien oft Jahre vergehen müssen, bis sie aussagekräftige Resultate liefern. Der größte Nachteil besteht darin, dass die Forscher den Risikofaktor nicht strikt definieren können (etwa durch Zuteilung der Patienten auf Placebo und Wirkstoff, oder auf zwei unterschiedliche Behandlungsmethoden). Deshalb ist eine Fall-Kontroll-Studie von geringerer Aussagekraft als eine Kohortenstudie.