Der Wachtelkönig ist vor allem in Lebensräumen mit Frühjahrs- beziehungsweise Winterhochwässern verbreitet, etwa in Seggen, Pfeifengras- oder Iriswiesen. Er braucht deckungsreiche Vegetation mit mindestens 35 cm Wuchshöhe. Auch extensiv genutzte Agrarflächen, insbesondere Weidewiesen sowie Verlandungszonen kann die Art besiedeln. Uferzonen von Salz- oder Brackwassergebieten werden in der Regel gemieden, doch brütete die Art offenbar bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts in Dünengebieten der Ostfriesischen Inseln.