Die Tomatina fand erstmals vermutlich am 29. August 1945 statt. Die Tomatenschlacht wurde einfach zum Spaß erfunden; sie hat weder einen religiösen noch einen politischen Hintergrund. Es gibt unterschiedliche Versionen zum Ursprung. Laut Cuenca Yxeres und Giménez Chornet ist der wahrscheinlichste Ursprung eine nicht ernst gemeinte Auseinandersetzung zwischen Jugendgruppen während der lokalen Feierlichkeiten zu Ehren des Stadtpatrons. Andere Versionen besagen, dass Passanten einen Straßenmusiker mit Tomaten bewarfen und dieser prompt reagierte, indem er die Tomaten zurückwarf, oder dass ein Nachbarschaftsstreit der Ursprung war. Es kursiert auch eine Variante, nach der es bei einer Anti-Franco-Demonstration zur ersten Schlacht kam, was wiederum den nichtpolitischen Hintergrund widerlegen würde. Cuenca Yxeres und Gimenéz Chornet sehen in dieser ersten Tomatenschlacht einen Akt der Subversion für Jugendliche, sich dem nach strengen gesellschaftlichen Regeln laufenden Alltag (im Franco-Regime) zu entziehen. 1956 wurde die Tomatina von den Autoritäten verboten, nach Protesten aber 1959 – unter Auflagen (u. a. der Zeitraum von einer Stunde und die Verpflichtung zur Straßenreinigung durch die Teilnehmer) – wieder erlaubt. 1983 wurde das Ereignis erstmals überregional im Fernsehen übertragen, woraufhin sich sowohl die Teilnehmerzahl von 3.000 auf 10.000 erhöhte als auch die Menge an verwendeten Tomaten von 20.000 Kilogramm auf 40.000 Kilogramm in 1984. 2014 wurden 146.000 Kilogramm Tomaten geliefert.