Der von vornherein durch das Erhitzungsverfahren bedingte Vitaminverlust liegt bei etwa 10 % gegenüber der Rohmilch. Er nimmt durch Lagerung weiter zu: z. B. 5–15 % (gesamt 14,5–23,5 %) des Vitamin B1 und bis zu 7 % (gesamt 16,3 %) des Vitamin B6. Dabei weist die mittels indirektem Erhitzungsverfahren hergestellte ESL-Milch eine deutlich bessere Haltbarkeit der Vitamine auf als direkt erhitzte ESL-Milch.