Nach der Mobilmachung wurden SS-Verfügungstruppe und einzelne SS-Standarten dem Oberkommando des Heeres unterstellt, kämpften aber während des Angriffes auf Polen weder alle an der Front noch als eigenständige Großverbände. So wurden die Regimenter einschließlich des selbständigen Regiments der Leibstandarte auf verschiedene Heeresverbände verteilt. Die Totenkopfstandarten Oberbayern, Thüringen und Brandenburg wurden nicht an der Front eingesetzt, sondern im Hinterland zu sogenannten Befriedungs- und Säuberungsaktionen (siehe auch Verbrechen der Wehrmacht in Polen), ebenso wie Teile der SS-Polizeidivision, die aber auch andere Sicherungs- und Ordnungsaufgaben im gesamten besetzten Gebiet wahrnahm. Nach der Einrichtung des Generalgouvernements am 26. Oktober 1939 wurden Teile der Totenkopfverbände und der Polizeidivision dieser NS-Zivilverwaltung unterstellt.