Der Deutsche Alpenverein unterhält sechs bewirtschaftete Alpenvereinshütten mit Übernachtungsmöglichkeit im Wettersteingebirge: das Münchner Haus (), die Meilerhütte (), die Knorrhütte (), das Kreuzeckhaus (auch: Adolf-Zoeppritz-Haus, ), die Höllentalangerhütte () und die Reintalangerhütte (). Keine Übernachtungsmöglichkeit findet man in der ebenfalls vom Alpenverein betriebenen Höllentaleingangshütte () am nördlichen Zugang zur Höllentalklamm. Darüber hinaus bieten das privat bewirtschaftete Schachenhaus () und die Wiener Neustädter Hütte (, unterhalten vom Österreichischen Touristenklub) Verpflegung, Schutz und Unterkunft für Bergsteiger und Wanderer. Die Sektion München des Deutschen Alpenvereins pachtet seit 1920 die Waxensteinhütte (auch Alpl- oder Aiplehütte) und betreibt sie als Selbstversorgerunterkunft. Im Oberreintalkar liegt die Oberreintalhütte, die Treffpunkt der Wettersteinkletterer ist (Selbstversorgerhütte mit Getränkeverkauf durch den Hüttenwirt). Im Winter ist die Stuibenhütte als bewartete Selbstversorgerhütte für Skitourengeher und Schneeschuhwanderer geöffnet. Außerdem befinden sich im Wettersteingebirge mehrere Hütten in Privatbesitz. Von diesen ragt das Kreuzjochhaus mit seiner idyllischen Lage besonders heraus, da man im Sommer eines der schönsten Panoramen in den bayerischen Alpen vor sich hat und man sich im Winter mitten im Skigebiet von Garmisch-Partenkirchen befindet.