Weiterhin bedeutsam ist der innere (endogene) funktionelle Zustand des befallenen Gebietes und auch der Zustand des gesamten Wirtes. Bei Verletzungen, gestörter Durchblutung oder sonstigen krankhaften Veränderungen können so genannte sekundäre Mykosen entstehen. Eine solche Pilzerkrankung tritt bei gesunden Verhältnissen nicht auf, die dabei beteiligten Pilzarten sind damit nur möglicherweise krankheitserregend (fakultativ pathogen).