Während des Zweiten Weltkriegs (Pazifikkrieg) eroberten japanische Truppen bei der Invasion Borneos 1941/42 und besetzten es bis 1945. Das malaiische Sultanat von Sambas in Kalimantan wurde aufgelöst. Nach Landungen der Alliierten (Operation Oboe) kam es 1945 auf Borneo zu schweren Kämpfen mit den Japanern, die erst mit der Kapitulation Japans nach den Atombombenabwürfen auf Hiroshima und Nagasaki endeten.