Citalopram wirkt verlängernd auf das QT-Intervall. Im Oktober 2011 gab der Ersthersteller Lundbeck in Zusammenarbeit mit der zuständigen deutschen Behörde (BfArM) neue Anwendungsvorschriften für das Originalpräparat Cipramil bekannt. Sie basieren auf der Auswertung einer Studie, die im EKG eine dosisabhängige QT-Verlängerung unter Citalopram gezeigt hatte. Die Maximaldosis von Citalopram wurde allgemein auf 40 mg täglich, bei älteren Patienten und Patienten mit eingeschränkter Leberfunktion auf 20 mg täglich gesenkt. Diese Beschränkungen sollen in Umsetzung einer revidierten Nutzen-Risiko-Bewertung durch den Ausschuss für Humanarzneimittel auch auf alle generischen Zulassungen von Citalopram ausgeweitet werden, weswegen in Deutschland ein Stufenplanverfahren eingeleitet wurde. Bei einem Long-QT-Syndrom ist Citalopram kontraindiziert, ebenso die gleichzeitige Anwendung von Citalopram mit anderen Arzneimitteln, die bekannterweise das QT-Intervall verlängern.