In Akureyri befindet sich auch eine Katholische Kirche, St. Peter (Peturskirkja), die von 1998 bis 2000 durch den Umbau eines Wohnhauses entstand, das die Kirche 1954 erworben hatte. Der Bischof von Reykjavík, Jóhannes Gijsen, weihte sie am 3. Juni 2000. Ferner gibt es in Akureyri eine Kirche der Pfingstgemeinde sowie Gebetshäuser der Heilsarmee und der Plymouth-Brüder (Sjónarhæðarsöfnuður).