Nachdem mitunter israelische Autofahrer, auch Soldaten, mit Waze in für sie verbotene Palästinensische Autonomiegebiete (Zone A) und damit in lebensgefährliche Situationen geraten waren, wurde eine Einstellung „Keep within areas under Israeli authority“ hinzugefügt, die die Navigation in jene Gebiete verhindert. Trotzdem kam es am 29. Februar 2016 wieder zu einer Irrfahrt von zwei Elitesoldaten in ein Flüchtlingslager, die zu einem Feuergefecht mit aufwendiger Rettungsaktion führte. Die Option wird mitunter abgeschaltet, weil so auch Straßen in Ostjerusalem vermieden werden, was zu langen Umwegen führt.