Die „Nacht-und-Nebel-Häftlinge“ wurden anfangs häufig in Einzelhaft in verschiedenen Zuchthäusern untergebracht. Zwischen Mai 1943 und dem 14. April 1944 trafen insgesamt 66 Transporte mit 2696 NN-Gefangenen im Strafgefangenenlager Esterwegen ein. Die Gefangenen wurden dort im abgeschirmten „Lager Süd“ eingesperrt; im Februar 1944 wurden mehr als 500 wegen Überfüllung ins Emslandlager Börgermoor deportiert. Bis zum Mai 1944 wurden alle NN-Gefangenen nach Schlesien verlegt (u. a. Groß-Strehlitz in Oberschlesien), im September wurde ihre Verlegung in Konzentrationslager angeordnet. Nachweisbar waren solche Häftlinge auch in den Konzentrationslagern Hinzert, Natzweiler und Groß-Rosen inhaftiert.