Mit dem Porto de Portimão verfügt die Stadt über einen Hafen, zu dem ein Frachthafen, ein Yachthafen und ein Fährterminal für Fähren und Kreuzfahrtschiffe gehört. Seit 2017 gibt es wieder eine Fährverbindung nach Madeira und zu den Kanaren. Betreiber ist das spanische Unternehmen Naviera Armas.