Der erst spät überlieferte Name Cuxhaven wird herkömmlich auf das niederdeutsche Wort koog „eingedeichtes Land“ zurückgeführt. Dagegen sprechen aber die historischen Namensformen wie Kuckshafen (1570), Kukeshaven (1577) und Kuxhaven (1594) – erst um 1700 tritt auch Koogshaven auf –, deren -u- und -k- eine solche Herleitung kaum zulassen. Dem Bestimmungswort liegt daher viel eher germanisch *kuk- aus indogermanisch *gug- „Kugel, Buckel, Hügel“ zugrunde; namengebend dürfte dabei die erhöhte Lage auf dem Schwemmlandufer gewesen sein. Fraglich ist überdies, ob im Grundwort tatsächlich „Hafen“ steckt; möglich ist auch eine Umdeutung aus mittelniederdeutsch hove „Hof, Garten, Einzäunung“ oder mittelniederdeutsch hāge(n) „eingefriedetes Land“.