Zunächst entwickelte sich Aigues-Mortes als Hafenstadt gut. Durch die Verlandung der Lagune wich das Meer allmählich immer weiter zurück. Die Stadt war bis zum 16. Jahrhundert einer der bedeutendsten Verkehrsknotenpunkte der französischen Mittelmeerküste. 1481 fiel die Provence an Frankreich und Marseille verdrängte die Stadt als führender französischer Mittelmeerhafen. Die wirtschaftliche Aktivität der Bewohner konzentrierte sich nun auf Handel, Weinbau und die Salinen.