Anfang der 2000er Jahre wurde eine Option fällig, die es Nintendo erlaubte, die restlichen 51 % von Rare zu übernehmen. Nintendo ließ diese Option verstreichen und so suchte Rare sich einen anderen Käufer. Die Firmen Microsoft und Activision lieferten sich einen Bieterkrieg, ehe am Ende Microsoft Rare für 375 Millionen Dollar zu 100 % übernahm. Seitdem entwickelt Rare Exklusivtitel für die Microsoft-Konsolen Xbox, Xbox 360 und Xbox One. Das letzte von Rare neu entwickelte, direkt über Nintendo veröffentlichte Spiel war Star Fox Adventures, wenngleich Rare in den Folgejahren noch einige Spiele für Game Boy Advance und Nintendo DS veröffentlichte, darunter auch einige Remakes alter Klassiker.