Der Name Säntis ist seit dem 9. Jahrhundert schriftlich bezeugt, und zwar als Sambutinus ~ Sambatina ~ Sambiti. Abgeleitet ist er vom früh-rätoromanischen Eigennamen Sambatinus (der am Samstag Geborene), womit zunächst wohl eine am Berghang gelegene Alp bezeichnet wurde. Später wurde der Name auf den Gipfel übertragen und zu Semptis oder Sämptis eingedeutscht.