Der Entwicklung eines MAS geht in der Regel eine fetale Notsituation (z. B. Sauerstoffminderversorgung der Gewebe = Hypoxie) oder ein unzureichender Blutfluss beim Feten (Ischämie) voraus. Auf Grund der fetalen Stress- oder Schocksituation mit Blutfluss-Umverteilung zu den lebenswichtigen Organen (Herz und Gehirn) wird der Magen-Darm-Trakt des Feten zunächst unzureichend durchblutet, wobei es jedoch im weiteren Verlauf zu einer reaktiven Hyperperistaltik (vermehrte Darmbewegung) und in Verbindung mit einer Analsphinkter-Relaxierung (Schließmuskel-Erschlaffung) zum Abgang von Mekonium in die Fruchthöhle kommt. Da bei der Geburt im Rahmen des Sauerstoffmangels kräftige Atembemühungen (unter Umständen Schnappatmung) ausgelöst werden, kann das im Fruchtwasser schwimmende Mekonium bis tief in die Atemwege gelangen.