Die IUCN führt den Wachtelkönig als nicht gefährdet. Es ist aber ein Rückgang durch die Zerstörung des natürlichen Lebensraumes zu erwarten. Der Wachtelkönig zählt außerdem zu den Arten, die durch den Klimawandel betroffen sind. Ein Forschungsteam, das im Auftrag der britischen Umweltbehörde und der RSPB die zukünftige Verbreitungsentwicklung von Vögeln auf Basis von Klimamodellen untersuchte, geht davon aus, dass bis zum Ende des 21. Jahrhunderts das Verbreitungsgebiet in Mittel- und Osteuropa deutlich fragmentiert sein wird. Der Verbreitungsschwerpunkt verlagert sich entsprechend dieser Prognosen deutlich nach Nordosten.