Nach dem Zerfall der Sowjetunion und der damit verbundenen Auflösung des KGB wurde die Lubjanka das Hauptquartier der Grenztruppen Russlands und beherbergte ein Direktorat des neuen Geheimdienstes FSB. Unter Leitung von FSB-Chef Wladimir Putin wurde die Lubjanka 1998 reorganisiert. Er errichtete den Geheimdienstmitarbeitern eine eigene russisch-orthodoxe Kapelle nahe dem Gebäude.