Umstritten ist auch der Einsatz von Antibiotika in der Tierhaltung. Durch diese Wirksubstanzen können sich resistente Krankheitserreger entwickeln, die auf den Menschen übertragen und schwere, teilweise unbehandelbare Infektionen auslösen können. Deswegen schränkte die Europäische Arzneimittel-Agentur im Juli 2013 beispielsweise den Gebrauch von Reserveantibiotika in der Tierhaltung ein. So sollte Colistin weiterhin nur zur Behandlung erkrankter Tiere verwendet werden und nicht zur Prävention von Erkrankungen. Tigecyclin, aus der Klasse der Glycylcycline, sollte demnach in der Viehhaltung nicht verwendet werden. Andererseits wäre es ein Verstoß gegen das Tierschutzgesetz, erkrankte Tiere nicht dem Stand der Wissenschaft entsprechend zu behandeln.