Gut vier Kilometer nordwestlich liegt der 2001 eröffnete Flughafen Qaanaaq, über den die Stadt an den grönländischen Luftverkehr angeschlossen ist. Eine Straße führt von Qaanaaq aus zum Flughafen. Sie verläuft jedoch über die zahlreichen Gletscherbäche des Qaanaaq Gletsjers und ist daher während der Eisschmelze häufig überflutet. Qaanaaq hat ein untypisch geordnetes Straßensystem aus mehreren parallel verlaufenden Wegen, gerade im jüngeren Westteil der Stadt. Die Straßen in Qaanaaq sind jedoch in schlechtem Zustand und nicht asphaltiert. Der Verkehr in der näheren Umgebung erfolgt meist mit Schneemobilen und Hundeschlitten. Qaanaaq hat keinen Hafen, der direkt angefahren werden kann, weswegen die Boote direkt am Strand liegen.