Viele zivile und militärische internationale Organisationen oder Nichtregierungsorganisationen führen eigene Flaggen. Zu den bedeutsamen internationalen Flaggen gehören die Flaggen der Vereinten Nationen, der NATO, der Organisation für Islamische Zusammenarbeit, die Europaflagge und die olympischen Ringe. Die wichtigsten und wahrscheinlich ersten internationalen Flaggen sind die Flaggen der Internationalen Rotkreuz- und Rothalbmond-Bewegung, da sie im modernen Kriegsvölkerrecht seit langer Zeit anerkannt sind und mit diesen Flaggen gekennzeichnete Orte nicht angegriffen werden dürfen.