Der Mauergecko zählt zu den größten Geckoarten in Europa. Er erreicht eine Körperlänge von bis zu 16 cm, wobei die Kopf-Rumpf-Länge zwischen 74 und 84 mm liegt. Männchen werden größer als die Weibchen und besitzen deutlich breitere Köpfe. Die Grundfarbe der Mauergeckos besteht gewöhnlich aus grauen und bräunlichen Tönen. Meistens finden sich weitere hellere Flecken, sowie dunkle Querstreifen (vier bis fünf zwischen Nacken und Sakralregion.) auf dem Körper, die jedoch mit dem Alter verschwinden. Der Körper ist typischerweise abgeflacht, die Schnauze breit und spitz zulaufend. Femoral- oder Preanalporen (Hautdrüsen) sind bei keinem der beiden Geschlechter zu finden Jedoch wurde auch schon beschrieben, dass sich bei Männchen im Alter von 2 bis 3 Jahren unterhalb der Kloake zwei markante Hautöffnungen (vermutlich Drüsenöffnungen) befinden, die bei den Weibchen nicht vorhanden sind und zur Geschlechtsbestimmung hilfreich seien können.