Vibrationen: Diese kommen zum einen durch Gebäudeschwingungen oder Trittschall zustande. AFM-Messplätze werden deshalb häufig auf schwingungsisolierten Tischen aufgebaut, meist bestehend aus dicken Marmorplatten auf dämpfenden Druckluftfüßen, oder auf mit Piezoelementen aktiv gedämpften Tischen. Zusätzlich stellt bei Messungen unter Normaldruck der akustische Schall, der über die Luft direkt auf den Cantilever übertragen wird, eine starke Störquelle dar. Dieses umso mehr, je näher die Resonanzfrequenz des Cantilevers zum Frequenzbereich normaler Geräusche liegt. Aus diesem Grund ist es sinnvoll, AFMs in besonderen Schallschutzboxen zu betreiben. Falls es in Anbetracht der zu untersuchenden Probe möglich ist, können auch Geräte, die unter Vakuumbedingungen arbeiten, genutzt werden.