Entscheidender Risikofaktor für das Auftreten einer Toxoplasmose ist die T-Helferzellzahl im Blut. Liegt die Helferzellzahl unter 200/µl, sollte eine medikamentöse Prophylaxe, z. B. mit 960 mg Cotrimoxazol 3 × wöchentlich betrieben werden („Primärprophylaxe“). Ist schon einmal eine Toxoplasmose aufgetreten, muss ebenfalls eine Prophylaxe zur Vermeidung des Wiederauftretens betrieben werden („Sekundärprophylaxe“).