Die Diagnose eines Enchondroms kann zumeist relativ sicher mit bildgebenden Methoden gestellt werden. Oftmals reicht bei klassischen Erscheinungen das Röntgenbild zur primären Diagnose und zur Verlaufskontrolle aus. In unklaren Fällen helfen die Schnittbildverfahren der Computertomographie und insbesondere der Magnetresonanztomographie entscheidend weiter. Neben der primären Diagnose kommt den bildgebenden Verfahren die Aufgabe zu, im Verlauf eine mögliche maligne Entartung eines Enchondroms zum Chondrosarkom frühzeitig zu erkennen. Dies kann mitunter schwierig sein. Wichtigster klinischer Hinweis auf eine Entartung ist das Auftreten von Schmerzen.