Bei unbehüllten Viren bildet das Kapsid die Oberfläche eines Virions. Dadurch ist es direkt dem Angriff durch das Immunsystem ausgesetzt und wirkt als Antigen. Bei Viren ändern sich häufig die Oberflächenepitope und entgehen dadurch dem Immunsystem des Wirts, was jedoch bei nackten Kapsiden nur sehr eingeschränkt möglich ist, da etliche Veränderungen der Kapsidproteine auch zum Verlust der Stabilität oder einer Beeinträchtigung der self-assembly führen können. Unbehüllte Viren sind daher in der Regel weniger variabel in den Oberflächenepitopen als behüllte.