Im Jahresbericht 2012 des Sächsischen Rechnungshofes wurden die wachsenden Kosten kritisiert. Insbesondere wurde gerügt, dass die per Haustarifvertrag geregelte Vergütung der Musiker weit über den üblichen vom Deutschen Bühnenverein ausgehandelten Tarifverträgen liegt, während die vorgesehene dienstliche Auslastung nicht erreicht wurde. Es wurde auch gerügt, dass die Bezüge des Gewandhausdirektors "erheblich" über denen des Oberbürgermeisters und eines sächsischen Staatsministers lägen. Zudem wurde bekannt, dass die Tourneen des Orchesters finanzielle Defizite verursachen.