Die Transliteration eines Keilschriftzeichens ist im Prinzip eindeutig, d. h. aus dem Transliterat lässt sich, abgesehen von paläographischen Details, das im Original verwendete Keilschriftzeichen immer erschließen. Ein Zeichen wird auch im Prinzip immer gleich transliteriert ohne Rücksicht darauf, ob der Text auf Sumerisch, Akkadisch, Hethitisch etc. geschrieben ist. Um die Eindeutigkeit zu ermöglichen, werden in der Transliteration (1) alle Einzelzeichen durch Bindestrich oder andere typographische Mittel (whitespace, Hochstellung) voneinander getrennt, und (2) Zeichen, für die ein identischer Lautwert vermutet wird, durch Akzente und/oder tiefgestellte Indexziffern voneinander unterschieden. Heute maßgeblich ist hier das von den Assyriologen Borger, Civil und Ellermeier kodifizierte System (BCE-System). So gibt es ein Zeichen lu (häufiges Phonogramm z. B. im Akkadischen). Ein zweites Zeichen, für das – im Sumerischen – ebenfalls der Lautwert /lu/ angesetzt wird, umschreibt man lú mit einem Akut oder alternativ lu2 mit Indexziffer 2 (das oben erwähnte Wort für „Mann“). Weitere Zeichen mit dem Lautwert /lu/ notiert man als lù oder lu3 (u. a. ein sumerisches Verb für „verwirren“), dann mit 4 und höheren Indexziffern. Es ist also insbesondere zu beachten, dass die Akzente keinesfalls als Betonungs- oder ähnliche Angaben missverstanden werden dürfen.