Im März 2013 gaben die US-amerikanische Food and Drug Administration (FDA) und die Europäische Arzneimittel-Agentur (EMEA) eine Warnung heraus, nach der bei Kindern kein Codein nach Tonsillektomie oder Adenektomie als Schmerzmittel verabreicht werden darf. Es wurden schwere und teils tödlich verlaufene Fälle von Atemdepression gemeldet. Bei einigen betroffenen Kindern konnte nachgewiesen werden, dass sie aufgrund einer genetischen Variation des Enzyms Cytochrom P450 2D6 „ultraschnelle Metabolisierer“ gewesen waren, wodurch das verabreichte Codein sehr schnell zum wesentlich stärker wirksamen Morphin umgewandelt wurde. 2017 schränkte die FDA die Anwendung von Codein weiter ein, so dass die Substanz Kindern unter zwölf Jahren in den Vereinigten Staaten nicht mehr verabreicht werden darf. Stillende Mütter werden vor der Einnahme von Codein gewarnt.