Die Theorie einer matriarchalen Gesellschaft ist in der Vor- und Frühgeschichtsforschung aber allgemein umstritten. Auch die Fundkontexte der Figurinen in Çatalhöyük deuten lediglich eine Beziehung zur Getreidewirtschaft oder -lagerung an und stehen damit komplementär zu männlichen Darstellungen etwa der Jagdszenen in der Wandmalerei. Eine Interpretation der anthropomorphen weiblichen Darstellungen als Göttinnen ist nicht belegt. Hinzu kommt, dass ein Teil der Figurinen auch Männer darstellt, andere Stücke zeigen keine geschlechtsspezifischen Charakteristika. – die Darstellung des Geschlechts war in diesen Fällen offenbar nicht wesentlich. Nur 5 % der etwa 2000 gefundenen Figuren sind weiblich. Andere stellen Nutztiere wie Schafe und Ziegen dar. Manche Forscher vermuten, dass die Figuren vor allem als Spielzeug und in der Kindererziehung verwendet wurden. Lynn Meskell spricht sogar von einem Phallozentrismus in Çatalhöyük und anderen neolithischen anatolischen Siedlungen wie Göbekli Tepe und Nevalı Çori. Matrilokalität, die in Matriarchatstheorien als ein Indiz für mutterrechtlich organisierte Gemeinschaften angenommen wird, wurde in Çatalhöyük ebenfalls nicht nachgewiesen.