Nach dem Tod des letzten burgundischen Herrschers Karls des Kühnen in der Schlacht bei Nancy 1477 wurden seine Besitzungen zwischen dem habsburgischen Erzherzog Maximilian von Österreich, dem späteren Kaiser Maximilian I., und König Ludwig XI. von Frankreich aufgeteilt. Flandern kam dabei unter die Herrschaft der Habsburger und war Teil des Heiligen Römischen Reichs Deutscher Nation. Nach dem Tod Karls V. wurden die gesamten ehemaligen burgundischen Besitzungen einschließlich Flanderns den spanischen Habsburgern zugesprochen. Diese versuchten mit Gewalt, den sich ausbreitenden Protestantismus zu unterdrücken. Deswegen und auch wegen der Einschränkung der alten Freiheiten kam es zum Aufstand der niederländischen Provinzen gegen Spanien. Die Provinzen der Utrechter Union sagten sich 1579 von Spanien los und konnten ihre Unabhängigkeit im sogenannten Achtzigjährigen Krieg erkämpfen. Im Westfälischen Frieden wurde 1648 die Unabhängigkeit der (nördlichen) Niederlande international bestätigt, während Flandern mit den südlichen Provinzen unter spanischer Herrschaft blieb. In den Kriegen mit Ludwig XIV. von Frankreich musste Spanien südliche Teile seiner Besitzungen an Frankreich abtreten (u. a. das Artois) und es bildete sich in etwa der heutige Grenzverlauf zwischen Belgien und Frankreich heraus. Nach dem Aussterben der spanischen Habsburger und dem Spanischen Erbfolgekrieg kam Flandern mit den anderen ehemals spanischen Provinzen im Frieden von Utrecht 1713 unter österreichisch-habsburgische Herrschaft und verblieb dort, bis es im Rahmen der Französischen Revolutionskriege 1794 von Frankreich erobert wurde. Auf dem Wiener Kongress wurde 1815 das Vereinigte Königreich der Niederlande geschaffen, das das heutige Belgien, Luxemburg und die Niederlande umfasste. In der Belgischen Revolution von 1830 spaltete sich der Südteil jedoch ab, und das Königreich Belgien wurde gegründet. Seitdem teilt Flandern die Geschichte Belgiens.