Anlass zu umfangreichen Forschungsdiskussionen hat die im Phaidros dargelegte Seelenlehre gegeben. Hierbei geht es um die Frage nach einer Entwicklung in Platons Seelenverständnis. Im Dialog Phaidon, der als Frühwerk gilt und jedenfalls vor dem Phaidros entstanden ist, wird die Seele als einfach und einheitlich beschrieben. Ihre Natur ist durch ihre Erkenntnisfähigkeit bestimmt; irrationale mentale Vorgänge werden auf den Einfluss des Körpers, in dem sie sich zeitweilig aufhält, zurückgeführt. Im Mythos des Phaidros hingegen wird die Quelle des Irrationalen in die Seele selbst verlegt. Diese wird als dreiteilig dargestellt, wobei ein Teil, das „schlechte Pferd“, durch seine üble Veranlagung die Missgeschicke der Gesamtseele verschuldet und sie auf Irrwege führt. Abhilfe kann nur eine strenge Disziplinierung des minderwertigen Seelenteils schaffen. Das Modell einer dreigeteilten Seele, das die in ihr wirkenden irrationalen und schädlichen Kräfte erklären soll, hat Platon schon früher in seinem großen Dialog Politeia dargelegt. Im Phaidros greift er offenbar auf das dort vorgestellte Konzept zurück. Die Annahme eines von Natur aus – nicht durch die Einwirkung des Körpers und der Materie – minderwertigen Seelenteils wirft eine Fülle von Fragen auf, die in der Forschungsliteratur erörtert werden. Wenn der minderwertige Teil, wie im Mythos vorausgesetzt wird, unsterblich ist, muss er ursprünglich Bestandteil eines harmonisch strukturierten Ganzen gewesen sein, da der ursprüngliche Zustand der Seele optimal war. Dann kann die Verschlechterung dieses Zustands und der Absturz der Seele nicht auf einen Konflikt zwischen einander widerstreitenden Seelenteilen zurückgeführt werden; vielmehr bedarf die Möglichkeit der Entstehung eines solchen Konflikts einer Erklärung. Problematisch ist auch der Umstand, dass das störrische Pferd nicht durch philosophische Überzeugungsarbeit zu richtigem Verhalten bewogen werden kann, sondern gewaltsam gebändigt werden muss. Ein weiteres Problem ist die Frage, wie die Selbstbewegung der Seele, die eine Veränderung darstellt, mit ihrer Unwandelbarkeit zu vereinbaren ist.