Die Gemeinde liegt an der Bahnstrecke Ulm–Friedrichshafen und wird von Zügen der Deutschen Bahn und der Bodensee-Oberschwaben-Bahn (BOB) angefahren. Bis Ende 2016 war Meckenbeuren Intercity-Halt mit einmal täglich Direktverbindungen nach Münster bzw. Innsbruck. Die BOB bedient außerdem die Haltepunkte Kehlen und Flughafen Friedrichshafen, das An- und Abflugterminal des Flughafens liegt auf der Gemarkung der Gemeinde Meckenbeuren. An der BOB ist diese als Gründungsmitglied mit zehn Prozent des Kapitals beteiligt.