Die großflächige Verfolgung der Präriehunde hat auch zur fast völligen Ausrottung der Schwarzfußiltisse geführt, die sich zu 90 % von diesen Tieren ernähren. Die Iltisse sind in den 1980er-Jahren in freier Wildbahn ausgestorben und haben nur dank eines Nachzuchtprogramms überlebt. Weitere Feinde der Präriehunde sind unter anderem Kojoten, Silberdachse, Klapperschlangen und Greifvögel.