Johannes Müller vermutete in Pepsin ein Enzym, das die Fleischverdauung fördert, und übernahm den von Eilhard Mitscherlich eingeführten Begriff „Kontakt-Ferment“. Entdeckt wurde das Magenpepsin als erstes tierisches Enzym im Jahr 1836 vom deutschen Physiologen Theodor Schwann. 1839 wurde von Adolph Wasmann (1807–1853) eine Anleitung veröffentlicht, wie man Pepsin durch Fällung gewinnen kann. Friedrich Heinrich Bidder konnte schließlich beweisen, dass Salzsäure für den Magen vonnöten ist, dass er verdauen kann und dass das Pepsin durch die Salzsäure aktiviert werden muss.