Die Fliege befällt Früchte von Wild- und Kulturobstarten mit dünner Schale und stellt daher ein bedeutendes Risiko für Weichobstarten wie Steinobst und Beerenobst dar. Hauptsächlich wird die Süßkirsche befallen, aber auch Pfirsich, Nektarine, Marille, Pflaume, Heidelbeere, Stachelbeere, Brombeere, Himbeere, Erdbeere und Weintraube. Weitere mögliche Wirtspflanzen sind Holunder, Maulbeere, Hartriegel, Kaki, Feige, Melonen, Apfel und Nashi-Birne. Äpfel und Nashi-Birnen werden von der Kirschessigfliege nur befallen, wenn die Schale bereits geschädigt ist. Auch Winzer, speziell jene, die Rotwein-Trauben anpflanzen, klagen über einen Befall ihrer Früchte. Aufgrund der hohen Vermehrungsrate und guten Anpassungsfähigkeit kann sich das Wirtspflanzenspektrum noch erweitern. Untersuchungen des Befalls von Waldpflanzen lassen vermuten, dass diese invasive Fliegenart auch im Wald weitreichende ökologische Konsequenzen wie die reduzierte Samenausbreitung, die Verdrängung einheimischer Fliegenarten und die Reduktion von Nahrungsquellen frugivorer Tiere, insbesondere Vögel, zur Folge hat. Zudem wirkt sich diese Invasion negativ auf Ökosystemleistungen des Waldes für den Menschen aus, sodass Beerensammler gegenüber der Kirschessigfliege bei beliebten Früchten wie der Heidelbeere, dem Schwarzen Holunder oder der Brombeere das Nachsehen haben.