Der Ngorongoro und das umliegende Savannenhochland wurden spätestens seit dem 18. Jahrhundert von Massai-Hirtennomaden besiedelt und für nomadisierende Viehweidewirtschaft genutzt. Der Krater selbst hatte für die Massai große spirituelle Bedeutung, unter anderem wurde der Lerai Forest auf dem Kraterboden als Grabstätte genutzt. Als der österreichische Forschungsreisende Oskar Baumann 1892 den Krater besuchte, war dieser von Massai besiedelt; ebenso, als der Farmer Adolf Siedentopf 1904 beim deutschen Kolonialgouvernement Land im Krater beantragte, um in Ngorongoro Viehzucht und Landwirtschaft zu betreiben. Siedentopfs Antrag wurde stattgegeben, einige Jahre später ließ sich auch sein Bruder Friedrich Wilhelm als Siedler im Krater nieder. Die Massai in Ngorongoro wurden 1907 unter Aberkennung ihrer Landrechte gewaltsam in ein Reservat südlich des Kilimandscharo umgesiedelt; nur einigen Wenigen war es erlaubt, im Krater zu verbleiben, um den Siedentopfs bei der Viehzucht zu assistieren. Zwischen 1912 und 1914 entwickelte die deutsche Kolonialverwaltung ernsthafte Pläne, den Krater zum Naturschutzpark zu erklären. Allerdings gelang es nicht, Siedentopf zur Aufgabe seines Pachtvertrags zu bewegen. Kurz vor Ausbruch des Ersten Weltkriegs sollte auch das restliche Land im Krater an burische Siedler vergeben werden. Allein der Ausbruch des Ersten Weltkriegs verhinderte diese Maßnahme. Während des Weltkriegs verließen die Siedentopfs den Krater.