Ein Beispiel einer auf anatomisch-topographischen Vorstellungen beruhenden Konzeption dynamischer psychischer Abläufe ist das Drei-Instanzen-Modell. Man kann sich genannte psychische Instanzen als Elemente eines psychophysischen Systems vorstellen (Systemtheorie). Dieses psychophysische Modell beruht auf dem funktionellen Zusammenspiel solcher Elemente analog zur Methodik der Physiologie und Neuropathologie bzw. analog zur Arbeitsweise der Organmedizin. Neu an dieser psychodynamischen Methode ist die Einbeziehung subjektiv-psychologischer Tatsachen gegenüber den z. B. eher objektiv-physiologischen Methoden in der Experimentalpsychologie von Wilhelm Wundt (1879). Die Instanzen, auf die sich die Psychoanalyse im Einzelnen bezieht, sind die Strukturen Bewusst, Vorbewusst und Unbewusst (1. topische Theorie Freuds) sowie Über-Ich, Ich und Es (2.topische Theorie Freuds), die erst später zu der Bezeichnung Psychodynamik beigetragen haben.