Als Nachteil der Generalunternehmervergabe wird häufig ein höheres Preisniveau angegeben. Zweifellos benötigt der Generalunternehmer eine zusätzliche Vergütung für seine Koordinierungsleistungen. In der Regel wird der Generalunternehmer daher die Preise der von ihm beauftragten Subunternehmer durch einen so genannten GU-Zuschlag beaufschlagen. Häufig wird angegeben, dass der GU-Vertrag durch diesen Zuschlag zwischen 10 % und 15 % teurer wäre als die Vergütung, die sich aus der Summe aller Verträge an einzelne Unternehmer ergibt. Dem ist aber entgegenzuhalten, dass sich der Bauherr nicht unbeträchtliche Koordinierungsaufgaben erspart und Risiken (Terminrisiken, Koordinierungsrisiken, Schnittstellenrisiken) an den Generalunternehmer überträgt. Diese sind kostenmäßig zu bewerten. Außerdem ist zu beachten, dass der Generalunternehmer häufig eine größere Markterfahrung als der Auftraggeber (Bauherr) hat und daher im Allgemeinen solche Subunternehmen binden kann, die die Leistung kostengünstiger erstellen können. Dieser Einkaufsvorteil wird in der Regel an den Auftraggeber weitergereicht. Ob eine Generalunternehmervergabe den Bauherrn teurer oder billiger kommt, lässt sich nur projektspezifisch abschätzen.