Einen Schritt weg von der klassischen Bauform gehen die mikrotonalen E-Gitarren, wie sie von Firmen wie Eastwood, Yamaha und anderen produziert werden. Diese Bauform ermöglicht nicht nur das Spielen der westlichen Tonleitern, sondern auch die aus dem arabischen, persischsprachigen und indischen Raum. Zusätzlich zu den üblichen Halbtonschritten, die durch die Bundstäbe markiert werden, besitzen mikrotonale E-Gitarren weitere Bundstäbe, die Vierteltonschritte ermöglichen. Musiker wie King Gizzard & the Lizard Wizard und Steve Vai nutzen diese Bauform für neue, experimentelle Ausdrucksformen im Spielen der E-Gitarre.