Seit 1951 ist der Krater Teil des Nationalpark Serengeti. 1959 wurde außerhalb des Kraters ein besonderes Schutzgebiet (Ngorongoro Conservation Area) eingerichtet, in dem den Massai Ansiedlung und Weidewirtschaft erlaubt ist. 1975 wurde Landwirtschaft im Krater endgültig verboten. 1979 wurde er auf die UNESCO-Liste des Weltnaturerbe aufgenommen und 1981 als Biosphärenreservat ausgezeichnet. Zusätzlich wurde der Krater 2010 zum Weltkulturerbe erhoben.