Die Landwirtschaftskammer Nordrhein-Westfalen ist der Meinung, dass bei stärkerem Befall eine chemische Bekämpfung mit Herbizid kaum zu umgehen ist, sofern nicht zweimal gemäht wird. Zur Vorbeugung solle für eine dichte Grasnarbe ohne Fehlstellen gesorgt werden, sodass Samen nicht zur Keimung gelangen können. Bei Fehlstellen solle laut Landwirtschaftskammer Grassamen nachgesät werden. Auch das Bundesinstitut für Risikobewertung gibt diese Empfehlung für Rinderweiden. Der Naturschutzbund (NABU) Schleswig-Holstein dagegen warnt vor Panikmache und weist auf die wichtige ökologische Rolle der Pflanze hin. Beispielsweise sind vier Arten der Flohkäfer auf Jakobs-Greiskraut angewiesen. Der NABU sieht in dem verstärkten Auftreten von Jakobs-Greiskraut einen Hinweis auf Überbesatz von Pferdekoppeln und weist darauf hin, dass die Pflanze auf herkömmlich gepflegten Viehweiden kaum Entwicklungschancen hat. Ein wichtiger Fressfeind des Jakobs-Greiskrauts ist der Blutbär, ein Schmetterling. Beobachtungen im Naturschutzgebiet Heidkoppelmoor haben gezeigt, dass dichte Bestände von Jakobs-Greiskraut innerhalb von zwei Jahren selbst zusammenbrechen.