Bei der Geburt sind die Kinder meist klinisch unauffällig, weil die Kinder noch Schilddrüsenhormone der Mutter in ihrem Blutkreislauf haben. In den ersten Lebenswochen fallen sie z. B. durch zunehmende Trinkschwäche, Bewegungsarmut, Obstipation und eine große, sichtbare Zunge auf. Auch eine verlängerte Neugeborenengelbsucht (Ikterus neonatorum prolongatus) ist typisch. Die Kinder wirken „sehr brav“, schreien wenig und schlafen überdurchschnittlich viel. Eine verlangsamte Herzfrequenz (Bradykardie), teigige Haut, Persistenz des Neugeborenenkopfhaares und ein großer Bauch mit Nabelbruch sind ebenso weitere Zeichen, wie auch ein typischer Gesichtsausdruck mit eingesunkener Nasenwurzel und ballonierter Stirn. Zu guter Letzt kann es bei Neugeborenen auch zu Erstickungsanfällen oder einer gestörten Muskelentwicklung kommen. Wächst ein Kind heran, ohne dass die Hypothyreose behandelt wurde, so sind Störungen der geistigen und körperlichen Entwicklung (z. B. beeinträchtigtes Sprachvermögen, Schwerhörigkeit, verzögerte Pubertät) zusammen mit einem verringerten Längenwachstum zu erwarten.