Auch die Kerne der Tamarinde finden in der Küche Verwendung. Gekocht oder geröstet werden sie in der Thailändischen Küche zu Mus gestampft, das als sogenanntes Tamarindenkonzentrat bzw. Tamarindenmark erhältlich ist. Es ist wichtiger Bestandteil der Thai-Küche und verleiht Currys eine dunkle Färbung sowie eine pikante herbsaure Note. Da die Kerne zudem viel Pektin enthalten, werden sie auch zur Herstellung von Geliermitteln verwendet.