Im Gegensatz zur Vergiftung steht der viszerale Botulismus, der als „Säuglingsbotulismus“ oder „infantiler Botulismus“ bei Säuglingen und als „adulter infektiöser Botulismus“ bei Erwachsenen mit seltener Prädisposition als Infektion vorkommt. Sie tritt vorwiegend bei Säuglingen auf und ist in den USA mit 1442 Fällen von 1976 bis 1996 relativ häufig. Bei Säuglingen werden dabei allgegenwärtig vorhandene Sporen über die Nahrung aufgenommen und aufgrund fehlender Magensäure nicht unschädlich gemacht. Die Sporen keimen und bilden im Dünndarm Botulinumtoxine. Dabei treten die oben beschriebenen Vergiftungserscheinungen auf.