1999 erschien das einzige Control-Denied-Album The Fragile Art of Existence, auf dem Schuldiner den Power-Metal-Einfluss weiter ausgebaut und den Songs auch progressive Elemente zugefügt hatte. Die Band trat jedoch nie live auf. Schuldiner kam noch dazu, neues Control-Denied-Material zu schreiben und aufzunehmen, doch sein Zustand verschlechterte sich konstant. Trotz großangelegter Spendenaktionen (auch in Deutschland durch das Musikmagazin Rock Hard) und Benefizveranstaltungen (u. a. von der befreundeten Band Testament, in deren Reihen ebenfalls zwei Musiker an Krebs erkrankt waren) reichte Ende 2001 das Geld nicht mehr aus. Nachdem Schuldiner deswegen aus dem Krankenhaus entlassen worden war, starb er nur eine Stunde später am 13. Dezember 2001 im Alter von 34 Jahren an den Folgen seines Krebsleidens.