Auch in der Membrantechnik wird PVDF verbreitet eingesetzt (zum Beispiel in Bakterienfiltern, die zum Sterilfiltern von Lösungen in der Biochemie benötigt werden). Dabei macht man sich die chemische Beständigkeit zu nutzen, die dem Material erlaubt, intensivere chemische Reinigungen zu überstehen als einige andere Membranmaterialien. Allerdings sind bei der Filtration die hydrophoben Eigenschaften von PVDF von Nachteil.