Qaanaaq wurde im Jahr 1953 gegründet, als die Bewohner des Ortes Uummannaq der dort angelegten Thule Air Base (Pituffik) weichen mussten. Der größte Teil der Bewohner wurde dabei nach Qaanaaq umgesiedelt. Die Zwangsumsiedlung führte zu einem jahrzehntelangen Rechtsstreit mit dem dänischen Staat, bei dem Ûssarĸak K'ujaukitsoĸ eine übergeordnete Rolle für die Durchsetzung der Rechte der Inughuit spielte.