Die Beziehungen zu Nepal sind seit der Ausweisung und Flucht (1990) von mehr als 100.000 Südbhutanern nepalischer Abstammung erheblich belastet. Die im Südosten Nepals lebenden Flüchtlinge werden durch UNHCR-Hilfslieferungen versorgt. Bilaterale Gespräche zwischen Thimphu und Kathmandu über eine zumindest teilweise Rückführung der Flüchtlinge verliefen bislang ohne Ergebnis.