Melanchthons Schüler Matthias Flacius betonte die dogmatische Einheit des Kanon, die er gegen die Einzelauslegung der neutestamentlichen Schriften ausspielte. Damit schränkte er den lutherischen Grundsatz „sacra scriptura sui ipsius interpres“ stark ein. Er unterstrich die Notwendigkeit gediegener Sprachkenntnisse für das Verständnis vermeintlich dunkler Bibelstellen, deren Klärung er durch das systematische Heranziehen von Parallelstellen der Heiligen Schrift betrieb. Oft konnte er dabei an Untersuchungen des Augustinus und anderer Kirchenväter anknüpfen. Die Schwierigkeiten, die das Verstehen der Bibel stellenweise hemmten seien rein sprachlich oder grammatisch: „Die Sprache ist nämlich ein Zeichen oder ein Bild der Dinge und gleichsam eine Art Brille, durch welche wir die Dinge selbst anschauen. Wenn daher die Sprache entweder an sich oder für uns dunkel ist, so erkennen wir mühsam durch sie die Sachen selbst.“