Der Name ist eine Kombination aus dem Namen des Microsoft-Datenbankprogramms MS-File für Macintosh und des gerade auf den Markt gekommenen DTP-Programms Adobe PageMaker des Unternehmens Aldus. In Anlehnung an das neue Macintosh-Modell Macintosh Plus folgte 1986 die Version FileMaker Plus. Im August 1987 übernahm Microsoft das Unternehmen Forethought und dessen Produkt PowerPoint. Die mitgekauften Distributionsrechte (inklusive Dokumentation und Verpackung) an FileMaker wollte Microsoft nutzen, um FileMaker unter eigenem Namen zu vertreiben. Nashoba als Inhaber am Softwarecode entschied sich aber, FileMaker nun unter eigenem Namen zur Version FileMaker 4 (Juni 1988) weiterzuentwickeln und auch selbst zu vertreiben. Kurz darauf, im August 1988, kaufte Claris (eine Apple-Tochter) Nashoba und brachte das Programm als Claris FileMaker II auf den Markt.