Trotz der zustimmenden Erklärung von Keitel kam es ab September 1941 immer wieder zu Meldungen aus der Truppe, die die Zweckmäßigkeit und Berechtigung des Befehls bezweifelten. Die Tötung der Politkommissare sei dem Gegner nicht verborgen geblieben, führe zu anhaltendem Widerstand und verhindere eine vorzeitige Kapitulation eingekesselter Gegner. Das OKH bat das OKW mit Schreiben vom 23. September 1941 darum, „die Notwendigkeit der Durchführung des „Kommissar“-Erlasses in der bisherigen Form in Hinblick auf die Entwicklung der Lage zu überprüfen“. Hitler lehnte am 26. September 1941 ab, den Befehl zu ändern. Schließlich zeigten die Einwände aber doch Wirkung. Unter dem 6. Mai 1942 heißt es im Kriegstagebuch des Oberkommandos der Wehrmacht: