Durch die Hebung der Ovambo-Kalahari-Simbabwe-Verwerfung (OKZ) entstand eine neue Wasserscheide, die den Sambesi vom Limpopo abschnitt. In der Folge bildete sich im Makgadikgadi-Becken ein See, dessen höchste Uferlinie bei 995 m lag, und der in seiner Ausdehnung mit dem heutigen Viktoriasee vergleichbar, beziehungsweise teils deutlich größer war. Bisher wurden insgesamt 5 unterschiedliche Uferlinien gefunden. Gestaut wurde der See am heutigen Sambesi durch die Chobe- oder Mambova-Verwerfung. Im weiteren Ablauf änderte der Luangwa seinen Lauf nach Osten. Danach fiel der Chambeshi weg, der seither zum Kongo-Einzugsgebiet gehört. Dann verlagerte der Kafue seinen Verlauf über die Kafue-Auen in sein heutiges Bett. Und schließlich durchbrach der Sambesi die Verwerfungen oberhalb der Victoriafälle, sodass auch er nicht mehr ins Makgadikgadi-Becken floss. Als letzter wurde der Verlauf des Cuando durch eine Sanddüne zum Sambesi umgelenkt, obwohl er auch heute noch über den Savuti und den Magwekwana teils Kontakt zum Okavango hat.