Unter DOS-Versionen wie MS-DOS oder PC DOS wurde CHKDSK.COM für die Überprüfung von FAT12- und FAT16-Dateisystemen, später auch FAT32 eingesetzt. Mit MS-DOS 6.2 wurde ScanDisk mitgeliefert, welches gegenüber CHKDSK benutzerfreundlicher war, CHKDSK.COM wurde dennoch bis zur Einstellung der Windows-9x-Linie mitgeliefert.