Während des Dreißigjährigen Krieges wurde die Stadt mehrfach geplündert, darunter von den Truppen Wallensteins (1627). 1630 und 1632 kamen auch noch große Stadtbrände hinzu. 1631 eroberten die Schweden die Stadt. Es schlossen sich 1637 schwedische Plünderungen an. Grimmen gehörte in der Folgezeit und formell ab 1648 (Westfälischer Friede) zum Königreich Schweden. Bei der Belagerung von Greifswald und Stralsund hatte Friedrich Wilhelm (der Große Kurfürst) sein Hauptquartier in Grimmen, ab dem 22. Oktober 1659 in Barth. Von 1695 bis 1697 fanden unter dem damaligen Bürgermeister Johannes Flittner Hexenverfolgungen statt. Mindestens sieben vermeintliche Hexen wurden hingerichtet. Die Stadt Grimmen hat im Dezember 2006 ein Relief zum letzten Hexenprozess gegen Anna Kröger 1697 am Verwaltungsgebäude der Stadtverwaltung, Lange Straße 48, angebracht.