Die Entscheidungen fällt der Spieler in Steins;Gate mittels eines Phone trigger (). Die Entscheidungen stellen also Antworten des Protagonisten auf eingehende Anrufe und Textnachrichten dar. Im Falle eines Anrufs kann er sich für eine Antwort entscheiden oder auch die Annahme des Gespräches verweigern. Bei Textnachrichten sind unterdessen einzelne Begriffe farbig unterlegt, die dann die entsprechende Antwort zu dem Thema darstellen. Diese Art der Steuerung ist mit der des Vorgängers Chaos;Head vergleichbar, wobei der Spieler nicht auf jeden Anruf oder jede Nachricht reagieren muss. An einigen Stellen ist dies aber nötig um die Handlung in eine gewisse Richtung zu lenken.