Nach einem von Antipatros lancierten Verdacht klagte Herodes die Söhne der Mariamne wegen Hochverrats an. Augustus gab ihm die Erlaubnis, gerichtlich gegen seine Söhne vorzugehen, d. h., er hatte die Macht, sie zu retten, unterließ es aber. Die Gerichtsverhandlung fand 7 v. Chr. in Berytos (Beirut) vor einem römischen Gericht statt. Es war eine Art Schauprozess, bei der es nicht um den Schuldspruch, sondern um das Strafmaß ging – da war Herodes unsicher. Aber angesichts der aufgewühlten Emotionen im Reich und an seinem Hof kam weder Kerker noch Verbannung in Betracht. Die Brüder wurden in Sebaste erdrosselt und danach in Alexandreion beigesetzt. Nach Josephus war das Todesurteil für die Prinzen Folge einer Hofintrige. Es war offensichtlich, dass sie ihren Vater wegen der Hinrichtung ihrer Mutter hassten. Aber für Herodes mag es auch einen machtpolitischen Grund gegeben haben, das Brüderpaar hinrichten zu lassen: die Wahrscheinlichkeit, dass es zwischen den beiden zu einem Kampf um die Thronnachfolge und damit nach dem Tod des Herodes zum Bürgerkrieg käme. Jedenfalls präsentierte sich Herodes danach als liebevoller Großvater, der für die Erziehung und Verheiratung der Waisen Sorge tragen wollte. Antipatros setzte durch, dass Alexander und Tigranes, die beiden Söhne des Alexander, vom Jerusalemer Hof entfernt und nach Kappadozien abgeschoben wurden, von wo ihre Mutter Glaphyra stammte. Dort machten sie später beide Karriere.