Die Hoheitsrechte in Spaichingen besaßen im Mittelalter die Grafen von Hohenberg. Nach einer Urkunde aus dem Jahre 1381 verkaufte Graf Rudolf III. (gestorben 1389) an Herzog Leopold III. von Habsburg. Spaichingen wurde somit für über 400 Jahre österreichisch und gehörte zum vorderösterreichischen Oberamt Rottenburg und der Obervogtei Oberhohenberg mit Sitz in Fridingen. Wegen seiner strategisch günstigen Lage musste der Ort Plünderungen und Brandschatzungen bei vielen Truppendurchzügen über sich ergehen lassen. Auch die Pest von 1530 traf den Ort und die Umgebung hart. Trotzdem konnte sich Spaichingen zu einem wirtschaftlichen Zentrum entwickeln.