Da Enchondrome zu 95 % aus hyaliner Knorpelmatrix bestehen, stellt sich das Enchondrom im MRT auf T2-gewichteten Sequenzen homogen hell dar. Dadurch kommt insbesondere auch das typische Muster vieler Enchondrome („popcorn-like“, „rings and arcs“) deutlich heraus. Zudem ist die MRT die beste Methode, das Ausmaß eines Enchondroms exakt zu beurteilen. Dies ist zur Planung vor operativer Entfernung von entscheidender Bedeutung.