Neben den beiden großen Kirchen gibt es auch freikirchliche Gemeinden, darunter die Freie evangelische Gemeinde mit ihrer Jugend Peter, die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde (Baptisten), die Evangelische Chrischona-Gemeinde, die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde – Freie Christengemeinde Lörrach e. V., die Christliche Versammlung Lörrach, die Gemeinde der offenen Tür und die Heilsarmee.