Die für Hinrichtungen in der Oblast Moskau zuständige Verwaltungseinheit des NKWD, die so genannte Kommandantura, hatte ihren Sitz gleich in der Lubjanka. Sie war nicht nur für Exekutionen in den Kellern des Gebäudes, sondern auch im Butyrka-Gefängnis und auf dem Erschießungsplatz in Butowo zuständig. Vorsitzender der Kommendantura war Generalmajor Wassili Michailowitsch Blochin.