Beim Menschen zählen jene Mikroorganismen zu den Kommensalen, die verschiedene Mikrobiotope als Ekto- oder Endokommensalen besiedeln und in ihrer Gesamtheit dort als die jeweilige Normalflora bezeichnet werden. Teilweise handelt es sich um Mutualismus, da viele der Mikroorganismen für ein den Menschen schützendes Milieu sorgen, was bei einem  Ungleichgewicht der Flora gesundheitliche Probleme mit sich bringt. Dann können diese strenggenommen nicht zu den Kommensalen gezählt werden.