Doch hatte die Abtei keinen langen Bestand, da sie wohl 920 von den herandrängenden Magyaren zerstört wurde. Nach der Schlacht auf dem Lechfeld 955 kehrten die flüchtigen Einwohner in ihre Ortschaften zurück, und es erstand auch Münster wieder, zwar nicht mehr als Abtei, sondern als Pfarre. Münster war eine Großpfarre und umfasste als Mutterpfarre das Gebiet ihrer späteren Tochterpfarren Traunkirchen, Goisern, Hallstatt, Gmunden mit Ohlsdorf und Laakirchen, auch Schörfling und St. Georgen im Attergau. In einer alten Urkunde aus dem Jahre 1236 wird Münster „antiquissima parochia monasterialis“ (alte Pfarrei Münster) genannt. Aber schon im 12. Jahrhundert bildeten sich aus dem alten Seelsorgesprengel Münster die selbständigen Pfarren Traunkirchen, Ohlsdorf, Schörfling, St. Georgen im Attergau. Nur Pinsdorf verblieb als Filiale bei Altmünster. Das Lehensrecht über Altmünster hatten zunächst die steirischen Markgrafen inne, dann ging es auf die Herren von Ort über. Albert von Veldsperg und seine Gemahlin Gisela von Ort, die Letzte ihres Stammes, stifteten im Jahre 1269 das Nonnenkloster Imbach (1782 aufgehoben) in Niederösterreich und inkorporierten diesem Kloster die Pfarrei Altmünster, sodass die Nonnen von Imbach das Patronats- und Präsentationsrecht über Münster hatten. Im Jahre 1764 brachte Leopold Ernst Graf von Firmian, der Fürstbischof von Passau, um 6000 fl diese Rechte an sich. Die dem hl. Benedikt geweihte spätgotische Hallenkirche wurde um 1470/80 errichtet. Den Mittelpunkt des Hochaltares bildet das Gemälde „Der Tod des hl. Benedikt“ von Joachim von Sandrart. In der Allerheiligenkapelle befindet sich der Allerheiligenaltar aus Sandstein aus dem Jahr 1518. Der Altar zeigt eine vielfigurige Reliefgruppe von Heiligen in einer Renaissanceumrahmung.