Indonesiens armé har ofta anklagats för kränkningar av de mänskliga rättigheterna under GAM:s kamp för självständighet, anklagelser som den generellt har förnekat samtidigt som den anklagat separatisterna för att ha begått rättighetskränkningar.
Indonesiens armé har anklagats för kränkningar av mänskliga rättigheter under sina tidigare strider med GAM, anklagelser som den generellt har förnekat.